1918年1月9日，孙中山在元帅府会见各界人士，揭露桂系军阀阻扰护法罪行，解释炮击督军署的初衷是：“当陈炳焜督粤时，……谓听军政府自生自灭。……今则愈逼愈紧，只许自灭，不许自生。”日前炮击督署“实所以表公道，伸不平，而使军政府自辟其生路者也”。孙同时还表示，鉴于事变中，地方当局未还击，又能接受各项条件，军政府未有其他苛求，为减轻广东人民负担，准备督师北伐。1月底，滇、粤、桂各部分数路讨伐北洋军。到4月间，两广威胁解除后，桂系倍感军政府在广东如芒刺在背，欲瓦解其而后快。于是他们反过手来，拆军政府的台。

桂系在1918年1月15日倡议成立“护法各省联合会”，准备藉以分孙中山之权，但未成功。此后则企图通过改组军政府来达到目的，并且说动伍廷芳、唐绍仪、程璧光三总长及部分国会议员附和他们的提议。桂系串通非常国会中政学系和益友社两派议员，以及众议长吴景濂、副议长褚辅成，欲通过议会手段来合法倒孙。正如《中华民国军政府组织大纲修正案》中所规定，改大元帅一长制为七总裁合议制，政务总裁地位平等，责任同负。这就剥夺了孙中山以原有大元帅名义统领政府的职权。孙中山也洞悉了桂系的政治阴谋，由于部分议员被串通，他也无可奈何。愤怒之下，他想去武鸣山找陆荣廷理论，被革命同志所劝阻。

4月10日，非常国会通过将改组军政府案交付审查的动议。5月4日，非常国会以97票对27票通过了所谓“修正军政府组织法案”，改大元帅一人制为总裁七人合议制，这实际上是桂系“合法倒孙”取得了胜利。在“法案”表决前后，曾经引起一些纠纷。为保证通过该议案，表决前议长吴景濂以有人组织“公民团”准备围攻非常国会为由，请代理粤督莫荣新派军警对议员进行监视。国民党左翼议员在会上指责吴景濂未经大会许可，擅自调来军警监视议员行动，并且指使国会警卫人员殴打议员，请求对肇事者进行惩戒。“法案”通过后，军政府陆军总长张开儒公开发表谈话，表示在护法省区内居然发生武力干涉国会，强迫改组合法政府的行径，“如此护法，不如投降段祺瑞为好”。孙中山气愤难当，当天向非常国会提出辞去大元帅一职，并于5日发表辞职通电，斥责桂系军阀：“吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉，虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。故军政府虽成立，而被举之人，多不就职，即对于非常会议，亦莫肯明示其尊重之意。”

5月20日被滇桂军阀收买的非常国会召开会议，选出孙中山、唐继尧、伍廷芳、唐绍仪、林葆怿、陆荣廷、岑春煊七人为总裁，尽管孙中山也名列七总裁之一，但实际权力已被西南军阀所纂夺，不可能再贯彻他的护法主张。第二天，孙中山在没有辞去军政府总裁职务的情况下，偕朱执信等革命党人，怀着悲愤而黯淡的心情离开了广州，奔赴上海，为探索救国救民道路而继续奋斗。

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