元朝时，土族地区归元廷封授的土官管辖。明朝统治者继承元朝“封土司民”的政策，对他们“待之以礼、授之以官”，命其 “各统其部落，以听征调、守卫、朝贡、保塞之令”(《明史·职官志》)。
    清灭明后，土族地区的各土司先后率部归附于清朝，清承明制，发给其号纸印敕，准其照旧承袭，是为土司。清顺治十二年(1655年)，又授予东李土司李化龙之弟李化鳌世袭百户之职，是为小李土司。据清代部分史志记载，清代甘、青土族地区的土司共有十八家之多，其中青海土族地区十六家，即：东祁土司、西祁土司、东李土司、西李土司、吉土司、纳土司、陈土司、赵土司、辛土司、阿土司、冶土司、甘土司、朱土司、喇土司、汪土司、小李土司(李南哥后代)。甘肃卓尼勺哇土族原共有三大部落，藏文史籍中称为勺哇三族。明、清至解放前夕，勺哇土族属杨土司管辖，为上治三旗的勺哇旗，由力吾、拉代、的力、汇十那、萨迪、拉叭等七族组成。
    清代自雍正、乾隆以后，土司权威有所削弱。到了清末，土司已处在名存实亡的境地。明、清时期，藏传佛教格鲁派传入土族地区后，青海互助土族地区出现了一种与封建土司制度并存的土官制度，这是西藏地方政教合一制度在青海互助土族地区的延续和发展。
    
    明、清时期，土族的经济、生产有了较快的发展。土族已从一个主要从事畜牧经济的民族，发展成了一个以农业经济为主，兼营畜牧业、手工业的民族。由于河湟一带原有的农业基础较好，加之中原先进耕作技术的不断传入，促进了该地区土族农业经济及与之相伴随的手工业(如酿酒、纺织等)的发展。明、清时期是土族社会发展史上的一个重要时期，为以后土族社会的进一步发展奠定了基础。
    辛亥革命以后，随着甘、青地区马家军阀势力的不断扩大和发展，除一少部分土族仍归封建土司统治外，大部分土族则由马家军阀所控制。
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