李贽评价历史人物，有他自己的标准，有他自己的思路。作为一个思想家，他是儒家思想的叛逆者，是宋明理学的激烈批判者。自汉代董仲舒提倡独尊儒术以后，儒家思想成了封建社会的主流思想。历代思想家、史学家对历史人物的评价，多以儒家思想为准绳。李贽作为一个“叛逆”者，在对待历史人物的评价时，就必然是反其道而行之，与传统历史观唱反调。他客居黄安时，在给焦竑的一封信中曾这样写道：“山中寂寞无侣，时时取史册披阅，……尝谓载籍所称，不但赫然可纪述于后者是大圣人；纵遗臭万年，绝无足录，其精神巧思亦能令人心羡。况真正圣贤，不免被人细摘；或以浮名传颂，而其实索然。自古至今多少冤屈，谁与辩雪！故读史时，真如与百千万人作敌对，一经对垒，自然献俘授首。”[1]（《续焚书》卷1）他认为过去评价历史人物，造成不少冤屈，而他评价历史人物就是想替这些受冤屈的历史人物“辨雪”，把被颠倒的历史重新颠倒过来。历史的传统观念，往往从对历史人物的褒贬表现出来。李贽读史时和“百千万人作敌对”，正是想对历史人物一一审查。也正是因为这一点，刺痛了封建传统势力，击中了反动理学的要害。封建专制主义者在逮捕他入狱时，把重新评价历史人物当成主要罪状，说他“以吕不韦、李园为智谋，以李斯为才力，以冯道为吏隐，以卓文君为善择佳偶，以司马光论桑弘羊欺武帝为可笑，以秦始皇为千古一帝，以孔子之是非为不足据。狂诞悖戾，未易枚举。”[2]（《张问达劾李贽疏》）从这里所举被李贽重评的历史人物看，主要有两个基本点，即如李斯、吕不韦、秦始皇等是属于垂功于历史的人物，应予肯定；而肯定卓文君善择佳偶，则旨在反对假道学对妇女的歧视，提倡婚姻自主，具有进步意义；至于孔子之是非不足据，则是他反对封建传统思想的一例。在封建道学家们看来，这简直是大逆不道，当然不能允许。不过，也正因为李贽因评价历史人物而受到专制政权的迫害，才更显出李贽在评价历史人物方面的独到之处，以及他的胆略，下面想举几个例子。
    其一，非孔的矛头主要指向假道学。孔子是封建社会的大圣、先师，他的学说是封建社会的精神支柱，人人都必须以孔子的思想来规范自己的行为，以孔子之是非为是非，这几乎是两千多年来知识界共同信守的原则。对此，李贽却大不以为然。他认为评价历史人物，应有自己的观点，即自己的是非观。他在《藏书·世纪列传总目前论》中说：“谓予颠倒千万世之是非，而复非是予之所非是焉，亦可也。则予之是非信乎其可矣。”[3]也就是说，各人有各人的是非观，如果各有的是非观被别人所接受，不也可以吗？他指出，千百年来“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳”[3]。历史是随着时代的发展前进的，任何人的观念都是受到历史和时代局限，孔子也不能例外，怎么能都以孔子的是非为是非呢。
    李贽反对以孔子之是非为是非，冲击了封建社会的传统势力，使封建意识形态失衡，动摇了封建社会的是非标准。可知李贽所反对的是一种以不变应万变的传统惰性，并不是刻意反对孔子个人。例如，理学家倡言“存天理灭人欲”，说什么“修身”时要有大公无私之仁。能做到这些的自然是那些被认为能点化人间的“圣人”，即那些讲空话的理学家。李贽针锋相对，指出人都是有私欲的，都有趋利避害之心。他在《藏书·德业儒臣后论》中指出：“夫私者人之心也。人必有私而后其心乃见。若无私则无心矣”，“故官人而不私以禄，则虽召之，必不来矣。……虽有孔子之圣，苟无司寇之任，相事之摄，必不能一日安其心于鲁也决矣”。[4]这是一般道理，连孔子也无法否认。理学家鼓吹“灭人欲”，并不是孔子的本意，而是拿着孔子做招牌，进行骗人的苟当。李贽抨击的仍然是理学家的假道学。
    李贽对假道学打着孔子的旗号，招摇惑众，十分反感。理学家们鼓吹孔孟之道“天下遵之则治，违之则乱”[5]。对此，李贽在《答耿中丞》中进行了有力的反驳，他指出，人“不侍取给于孔子而后足也，若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为人乎？”[1]（《焚书》卷1）在《答耿司寇》中，李贽指出：他们的所作所为，“皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者”，但却硬说是什么“我为他人”，并以此标榜他们的行为是孔孟之意。李贽针锋相对地指出，“所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲”，使那些自诩为秉承孔圣教训之徒的两面派丑行暴露无遗。李贽指责那些自称孔孟高徒，实际上竟连被他们瞧不起的“市井小夫”都不如。至少那些市井小夫“身履是事，口便说是事”，并不弄虚作假。[1]（《焚书》卷1）
    其二，肯定武则天，意在于宣扬男女平等。李贽针对儒家“男尊妇卑”，“唯女子与小人为难养也”的说教，宣传男女平等的思想，赞扬卓文君善择佳偶，赞扬武则天当政时的政绩，批驳了封建儒家对卓文君、武则天的非议。武则天当皇帝之所以受到儒家道统的非难，主要原因是武则天是个女人。他们为了丑化武则天，无所不用其极，尤其是她的私生活受指责更多。在封建社会，男人当皇帝，可以有成百后妃，女人当皇帝有点私生活为什么就是丑行。对此，李贽认为武氏的所谓丑行，也不过是那些“拘守圣人名教”的贤人制造出来的。其实，这些人的丑行并不比武氏好多少，但这些人为了贬斥武则天，闭口不谈武则天的政绩。而李贽对武则天的政绩却给予很高的评价：“诚观近古之王，有知人如武氏者乎？亦有专以爱养人才为心、安民为念如武氏者乎？此固不能逃于万世之公鉴矣。”[4]（《藏书》卷56）这些评价是公允的，但和封建道统比较却是相悖的。其实，李贽对武则天的肯定，除了和传统历史作敌对之外，更重要的是和他主张男女平等相关联的。李贽对历史上的一些女杰，如无忌母、班婕妤、从巢者、孙翊妻、李侃妇、海曲吕母等等，都称之为“真男子”。他又愤然指出：“然天下多少男子，又谁是真男子者？”[6]（《初谭集》卷4）所以，“男尊女卑”是圣人、名教造成的，是没有根据的。
    李贽既肯定女权，对卓文君自择佳偶，他自然大加赞赏，他说：“相如、卓氏之梁鸿也。使当其时，卓氏如孟光，必请于王孙，吾知王孙必不听也。嗟夫！斗筲小人，何足计事，徒失佳偶，空负良缘，不如早自抉择。”[4]（《藏书》卷37）李贽对武则天、卓文君等的评价，说明李贽不但尊重女权，主张男女平等，而且提倡个性解放，反对女子在社会上处于受支配地位。这一点是封建道统、儒家之徒所不能做到的。这也说明李贽思想在当时是高出时人，具有一定进步性的。