其次，岛内隔离面临挑战。14世纪欧洲黑死病大流行，城市隔离被广泛采用。但人群隔离是西方的防疫方式，中国传统并无此法，国人对此不太适应。还因为港英政府的种族歧视，港督曾宣布"所有受病之华人须立时移至病医船中"。只将华人转送于临时拼凑的医船中，而不包括西人，理所当然遭到华人抗拒。报载："前数日差弁麦伊华赴吉祥街某屋查搜，见一女子患疫，欲舁（yú，抬）往医院，而亲属不允。"强制的结果是"人心惶惶未定，如疫症不退，恐不免滋生事端也"。
    再次，搜查政策遭到华人社会的强烈反对。港督罗便臣（William Robinson）曾语带讥讽地说：中国人的"看法是盲目的偏见和迷信的产物，驱使他们东躲西藏，最终必须组成搜索队，挨家挨户地寻访。发生了一些令人痛心的情况：当一支搜索队进入一座有数名患者的房子时，仓促间想尽办法躲藏……华人的聪明才智从未经受过如此严重的考验"。华人与港府交涉"求免入屋查搜"，并进行民众请愿，"忽有太平山东街居民手持呈词入院，诉称查搜屋宇人员突如其来，致惊吓小孩，实为不便，恳官于此事留意"。却遭港府严拒，罗便臣等"传见洁净局官绅"，根本不容华人代表置言，"罗制军询问刘绅曰：‘医院绅董此次之禀，其意何居？’刘（渭川）君未及详答。罗制军即言曰：‘稽查屋宇所以防疫症传染，东华医院应协力襄办，何遽反为禀请停止此等要事，碍难允如所请’"。罗便臣旋即发布公告"不许挠阻洁净各总差入屋巡查"。华商代表再赴港督府请求"免入屋查搜"，遭罗便臣呵斥："至入屋搜检不能间断"，罗声称"各华人行为殊属不好，此次因何阻止各差入屋查搜……汝等亦各宜帮助官场，免至疫病传染，切勿多端阻止。谕毕，众俱唯唯而退"。
    又次，拆除房屋遇到激烈抗争。港府为隔离疫源，"计划拆除不合卫生的中式房子，数目约为全港民房的十分一"。6月7日，洁净局官绅会议："将太平山有疫之屋三百五十间一概封闭，着令现居之人尽行迁徙"。但如何处置这些房屋，意见并不一致，极端者主张全部烧毁，但不同意烧屋的占多数，最后改为拆除。毁房却未盖新房，人散四处，居无定所，更易传染，遭到华人社群特别强烈反对，抗争浪潮甚至波及广州，"广东省垣，时有人粘匿名帖，略谓如港官欲毁太平山房屋，则沙面租界当纵火焚烧云"。拆屋行动还面临华人工友不愿从事的困境，"收拾屋宇及殓尸之工人日给洋银一元，尚不乐于从事"。伴随拆屋，港府决定推行人口登记，遭全港两万多人的罢工抗议，罗便臣称"这次罢工不是经济罢工，实际上是对抗该项法令和政府"。他警示香港总商会："华人确实像孩子。父母不与孩子讨论问题，他们只是说明要做的事情，坚持要把事情做完。"于是，在港府支持下，香港资方从大陆招募新工人替代，轻易瓦解了罢工。
    最后，中医与西医严重对立。在那个时代，绝大部分生活在香港的华人还是信服中医。民众对西医的一些治疗手段并不了解，对"用西法调理，啧有烦言。盖一则恐以西药治华病，脏腹各有不同；一则恐一旦病亡，首丘（比喻归葬故乡）莫正，死者含冤，生者抱恨"。在这样的情况下，当时香港唯一的中医院--东华医院承担着格外繁重的华人医疗任务，1893年住院病人达2857人，门诊病人135608人次，平均每天376人次，但全院只有4名中医。1894年，面对疫病流行，大大超过平时病员入院，压力更可想见，因病员太多，无法应对，于是另谋设立新的分院。因为部分华人对西医的不信任，有些华人甚至避开官方自建医院，"华人在九龙荔枝角建一医院，抬病人入内治之，以致或生或死，西人不得而知"。可见中西隔阂之深。
    总括看来，香港被英国占领后，华人反对殖民的斗争从未停息。而港岛的英国统治者有种族优越感，歧视华人。鼠疫来临时，港督罗便臣即称华人不愿对预防措施给予合作，是因为"他们养成了不卫生的习惯，从婴儿时代起就群居混处，不了解隔离的必要。他们非常乐意像羊一样死去，只要他们不被打扰，疾病就在他们当中传播"。这些都使得港岛族群严重割裂，导致出现华洋、官民全面对立的情况，使得港英政府颁行的每项措施几乎都遭到华人社会的反对。
    1894年香港面对鼠疫侵袭损失惨重，还与当时鼠疫未能在病源学上得到完整的科学解释有关。直到1897年，奥斯塔M.Ogata首次提出腺鼠疫的传播媒介是跳蚤，鼠-蚤-人的传播链条开始串接，而完全清晰的鼠疫传染机制是1914年才由巴科（A.W.Bacot）揭示的。所以，在未发现鼠疫病源前，只能进行漫无目标的防疫，香港是从1904年才开始大规模灭鼠的。故而公共性、全民性防疫居于特别重要的地位，为了公共利益，公共卫生不得不牺牲个体的自由度，如在大部分民众能够理解的基础上进行，则社会动员会比较好。香港鼠疫流行期间，因种族歧视政策的影响，华人群体多不理解港府的作法，在得不到广大民众支持的情况下，港府只得独自采取措施，动用巡捕警察等工具来强制实行，造成了大的社会震荡。
    公共防疫虽是近代的产物，但并非完全与近代性成正比，不是说，愈是近代化程度高的社会，公共防疫就必定搞得越好。这除了政府的支配外，还有民众的配合。防疫能力，一方面与社会的近代化成正比，更与民众的参与程度成正比--因为这是一项公共性的事业，如没有全民参与，将是很难推行的。