这中间固然有为动员封建士子起而投身镇压太平天国的策略宣传成分，把太平天国利用拜上帝教指认为所谓“窃外夷之绪，崇天主之教”亦不准确，但无论如何，鉴于太平天国当时对若辈心目中正统文化的破坏，惊呼此乃“名教之奇变”，已不仅仅是他个人的一种观感，而且可以说也是代表清朝统治阶级发出的卫道社会动员。当时，在这个方面清朝君臣上下呼应配合，形成一种浓烈的政治文化氛围。清廷屡屡发布有关谕令，下面举同治二年（1863年）岁末的一谕为例。当时正当太平天国被镇压灭亡的前夕，形势对清朝方面已十分有利，清廷布谕说：
    方今大江南北渐就肃清，一切抚绥安辑叠经降旨，责成地方官吏妥为办理，教养兼施，使百姓革面洗心，不致再为教匪邪说所煽惑。（注：《大清十朝圣训·穆宗毅皇帝》，卷十三，《文教》。）显然，是把辟“邪”作为抚绥安辑的要事。
    对所谓“教匪邪说”者的指称，其范围应该说是颇为宽泛的，不消说太平天国自在其列，同时，也包括中国土生土长的各种秘密会社、教派，如不乏被利用来组织反清起事的像白莲教、八卦教、天地会、小刀会等。即使对于在当时中国不断加强势力的真正的“洋教”，清方也是存防邪之心、辟邪之意的，只不过不好公然宣明罢了，情况比较特殊。
    鸦片战争以后，西方列强把“传教”作为侵华手段之一，通过一系列有关不平等条约，不断扩大攫取在华“传教”特权，特别是通过第二次鸦片战争胁迫清政府订立《北京条约》之后，中国从沿海到内地都被迫向外国传教士开放，但教方所受到的中国绅民的抵制也是强力的，双方冲突激烈，教案迭出，不但给西方列强方面以羁绊和打击，而且使清朝统治者陷于一种两难境地：一方面，不论从有悖中国传统的文化观念还是列强的借教干政来说，他们对“洋教”都是宁愿认其“邪”而不愿认其“正”的；另一方面，由于被迫在条约中承认了外国在华传教的“合法”性，并且在办理教案的实践中越来越体察到外国在华传教的不可抗拒性，又不得不遵约行事，对“洋教”不但不能公开倡言“辟邪”，而且还要加意保护，对反教臣民进行限制乃至镇压。如果说，他们试图在这两者之间寻求一种折衷调和境界的话，那么“明保暗防”、“不禁之禁”之类的策略思想便应属之。
    同治年间清朝统治集团在关于教案问题的大讨论中，上述策略思想表现得就颇典型。总理衙门在所颁发的供有关大员讨论的函件中就强调：“自议款以来，传教已奉明文，欲于此时禁止，势万难行”，虽然教方迭生事端，但亦惟有“平日联络绅民，阳为抚循而阴为化导，或启其误，或破其奸，是亦不禁之禁也”（注：《筹办夷务始末》，同治朝，卷五十五，页十六。）。其时曾国藩持论：“周孔之道万古不磨”，“但使中国修政齐俗，礼教昌明”，夷教“虽百计开拓，亦终鲜尊信者”（注：《筹办夷务始末》，同治朝，卷五十四，页三一四。）。李鸿章则提出“明为保护，密为防闲”的原则。按其意思，“明为保护”是鉴于外国在华传教“久立专条”，不得违约，只好采取暗中防范，而其要项之一便是要“崇礼明儒，以资劝化”（注：《筹办夷务始末》，同治朝，卷五十四，页三一四。）。这是当时清朝统治集团中洋务派大员们的典型观点。至于顽固派官员们，因为他们比较坚决地持守着“夷夏之辨”，以“以夷变夏”为大防，更是明火执仗地反对洋教，高扬“崇正辟邪”的旗帜，甚至直接充当反洋教的倡率者。顽固派与洋务派在这方面的表现上似乎大相径庭，其实，从真切政治文化观念上寻根究底，两者间并没有根本性差异，心里坚持的还都是“官学”、“正学”的文化本位。
    这个时候，外来文化事物对中国传统文化的冲击，并不仅限于洋教，更有从器物、技艺到政教层面的世俗性内容。正是由于对此的反应不同，遂有洋务派和顽固派的分野，其间产生论争。像同治年间在同文馆问题上的论争即颇典型，此事为人所熟知，不复赘述。这个时期中体西用思想已在雏型初具阶段，并且在官方主持进行的洋务运动中开始得以实际贯彻。总之，当时官学文化所受到的冲击致变因素不仅来自中国内部，而且也来自外洋。不过，这个时期西学的冲击层面还相对表浅，冲击力度还不是特别巨大，而清朝在镇压太平天国和捻军起义暂时挽救“内忧”危机，走向所谓“中兴”的过程中，维护其官学文化，从主观到客观都还具备一定的现实条件。而后，随着西学东渐势头的不断加强，同时传统官学文化自身的“异化”因素也在不断发生，到头来，它无可挽回地走向没落，对此，拟另文论述。