重建海军的另一个重要举措就是整顿福州船政局和江南船坞，建造舰船。但原有的经营体制弊端加之长时期的耽搁磨耗，福建马尾船厂和江南船坞造船所锐气不再，弊病横生，根本无法承担重建海军的重担，清政府只能耗费大量的资金向国外订购。尽管甲午战后的十余年里，清政府派专员对二者进行了大力整治，但由于积重难返，十余年间只造成“建成”、“联鲸”等寥寥数舰，无论质量和数量都无法媲美外购军舰。
    清末新政以后，随着清廷经济的渐次回升，财政紧张的状况有所缓和。1909-1910年，清政府两次派遣筹办海军事务处大臣载洵、萨镇冰出国，赴欧美考察海军。载洵、萨镇冰一行先后到意、德、英、美、日等国，参观海军基地、海军大学以及船炮等厂，并向各国订购各种舰艇12艘。旋即辛亥革命爆发，这些舰船除了在意大利订造的“鲸波”炮舰、在奥地利订造的“龙瑞”炮舰和在美国订购的“飞鸿”巡洋舰因船款纠纷始终未交给中国外，其余舰艇到民国时期也逐渐加入到中国海军的行列。甲午战后至辛亥革命爆发之前的10余年间，清政府先后订购了29艘舰艇，为重建中国海军奠定了主要的实力基础。
    军港是海军的根据地，也是海军的命脉。中国虽有1.8万公里的海岸线，天然良港众多，但在甲午战后列强的瓜分狂潮中，胶州租于德，威海让于英，旅大陷于俄而复夺于日，昔日优良的海军基地丧失殆尽。清政府着手重建海军之后，军港缺乏问题日益凸显，由于北部沿海良港尽为外人所占，只得在东南沿海另觅军港。1909年9月，浙江象山军港工程正式破土动工，但由于财政困难，开工后经费迟迟不能到位，工程进度受到影响，至辛亥革命爆发时，该港建设仅完成了很小一部分。1899年，意大利曾索取浙江三门湾为军港，遭到清廷拒绝。此后，三门湾的价值亦逐渐为国人所重视。1909年，翰林院侍读荣光和驻意大利大使钱恂先后奏请以三门湾为军港。清政府虽予以重视，但直至灭亡亦未能实施。1907年5月，清廷还命令练兵处提调姚锡光草拟海军当前和未来十年或二十年的发展计划。姚锡光按急就、分年两种建军办法完成了三个文件，即：《拟就现有兵轮暂编江海经制舰队说帖》、《拟兴办海军经费五千万两作十年计划说帖》和《拟兴办海军经费一万二千万两作十二年计划说帖》，以备当局选择。但由于其耗资巨大和理念超前，清政府没有采纳。1909年，清政府制定了一个规模颇为宏大的发展海军的七年规划，内容包括订造各种类型的舰艇，发展海军教育并设置海军大学，查勘并建成各洋军港，编定各洋舰队，制定海军经费预算等等。为实现此项规划，清政府拟在前四年内筹拨海军开办经费一千八百万两，常年经费每年二百万两。由于清政府的迅速垮台，此项计划未及实施。
    随着美国军事理论家马汉的“海权论”思想的传播，清政府对海权的维护也开始重视起来。1907年，清政府派遣“海容”、“海筹”等舰到西贡（今胡志明市）、新加坡、曼谷、巴达维亚（今雅加达）等地宣慰华侨。1909年，清政府派海军“伏波”、“飞鹰”舰赴东沙巡查，并通过外交途径，恢复对东沙岛的主权，接着又对西沙群岛进行调查，并拟订了开发经营办法。1911年，派“海琛”舰赴西贡及荷属各埠宣慰华侨，又派程璧光乘“海圻”参加英王乔治五世加冕典礼并访问美国、古巴，彰显了晚清海军的实力。当革命党在武昌发动起义时，载洵在北京与美国贝里咸钢铁公司订立了借款造船合同，总额合银2500万两，期望由美国政府帮助发展海军。这是清廷发展海军的最后一个行动，但合同由于辛亥革命的爆发未能实施，海军已经改旗易帜了。清政府苦心经营重建的海军在宣布起义后，积极参与到推翻清政府的革命中，成为清廷的掘墓人。
    甲午战后，在内忧外患的不利形势和各种废除海军言论不断鼓噪的环境下，清廷依然缓慢而坚定地迈出了重建海军的步伐，并采取了一系列措施，使海军重现生机。海军的重建不仅是清末新政的重要组成部分，标志着当时国人自上而下海权意识的增强，同时也是清王朝加强中央集权，巩固其统治的重要手段。通过海军建设，清政府有了维护自己统治和捍卫国家权益的重要力量，在晚清剧烈变动的政局篇章中，书写了不可磨灭的一笔。然而海军重建急需巨额经费，但甲午和庚子两次赔款使清政府经济几乎陷入绝境，海关关税等重要财政来源被列强控制更是雪上加霜，加之清末新政，国家百废待兴，用钱的地方数不胜数，清政府对海军的投入实在是有心无力。尽管清末海军重建取得了相当的成绩，但是受财政困难和时局动荡等因素的影响，与世界先进海军仍有很大差距。