孙中山联俄联共政策遭到国民党内一些人的反对。1923年11月29日，邓泽如、林直勉等人联名上书孙中山，声称：国民党的“组织法及党章党纲等草案，实多出自俄人鲍罗廷之指挥，全为陈独秀之共产党所议定”，“其方略：（甲）则使吾党丛生国际之仇怨。（乙）则使吾党在国内断绝实力派之协助。乃以打倒帝国主义、打倒军阀为标语。”又说：“又党章草案，定总理一职为选举职，窃恐事实环境变迁，5年后，将见陈独秀被选为总理矣。”（注：台北中华民国史料研究中心编：《中国国民党第一次全国代表大会史料专辑》，1984年版，第518-521页。）
    孙中山看完邓泽如、林直勉的上书后批示：“此稿为我请鲍君所起，我加审定。原为英文，廖仲恺译为汉文，陈独秀并未与闻其事，切不可疑神疑鬼。”（注：台北中华民国史料研究中心编：《中国国民党第一次全国代表大会史料专辑》，1984年版，第518-521页。）
    广州的一些国民党人反对国共合作，上海也有许多国民党人反对国共合作。1923年11月29日，廖仲恺和鲍罗廷、谭平山到上海推行改组工作时，国民党内的谢持、张继、居正等都表示反对国共合作。廖仲恺在会见居正时，“谓总理之意甚坚，即使一般同志反对，亦照预定计划进行。”经过廖仲恺的努力，上海一带国民党改组工作按时进行。稍后，他在回答记者的谈话中说：“国民党改组问题中连带而发生的事务，办理甚为完满。即如各省选举代表一事，今已次第举出。”“而国民党近日之活动，甚有朝气，国内各小党，如共产党为较著者，亦一致加入吾党，以图合作，则前途之顺遂，可预卜也。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第594页。）
    在廖仲恺和鲍罗廷到上海期间，蒋介石也于1923年12月15日结束访问苏俄使命，回到上海，并于当日返回浙江奉化。12月30日，廖仲恺致电奉化蒋介石：“前途（按：指苏联）要件寄到，鲍君有事与商，学校（按：指军官学校）急待开办。无论如何，乞即买舟来沪，同伴南行为荷”（按：这时廖仲恺在上海的事务已完成，准备赴广州。）。（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第586页。）两天后，廖仲恺又与汪精卫、胡汉民写信给蒋介石：“鲍先生及弟等待商之事甚多……鲍先生事，尤关重要，彼每见弟等，必问兄来未。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第587页。）
    12月26日，胡汉民、廖仲恺、汪精卫再次联名写信给蒋介石：“鲍先生日盼兄至，有如望岁，兄若不来，必致失望。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第588页。）12月28日，廖仲恺又写信给蒋介石，谈及黄埔军校的筹备情况：“军校教务长，当俟兄就职后定人。至于政治部长，虽由中央执行委员会以鲍君当场介绍，决定委弟。然季陶允任，较弟为佳。到粤后，当将此意报告中央执行委员会，改任季陶。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第589页。）从这几封信可看出，廖仲恺为筹办黄埔军校操尽了心。
    二
    1924年1月8日，廖仲恺从上海返抵广州，1月16日，蒋介石从奉化来到广州。
    1月20日，国民党第一次全国代表大会在广州召开。出席大会的代表165名，共产党员占23名，其中有李大钊、毛泽东、王烬美、谭平山、林伯渠、李立三等。
    廖仲恺是大会的代表和重要组织者。1924年1月28日，在国民党“一大”会议上，许多国民党员反对共产党员加入国民党。廖仲恺和共产党人一起给予反驳，使破坏国共合作的提案被否决。这是廖仲恺对国共合作的一个重要贡献。（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第604页。）胡汉民在主持大会时，把宣言草案中的关于“收回租界、收回海关，废除不平等条约”等反帝国主义的政纲都抽了出来，而代之以笼统抽象的词句，并提交大会表决通过。孙中山事后得知，即指示廖仲恺提出临时提案，要求在政纲中加上以下三点：1.取消一切不平等条约，收回租界。2.在中国领土上的外国人应守中国法律。3.庚子赔款完全划作教育经费。（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第605页。）廖仲恺的提案虽然遭到许多人的反对，但当孙中山亲自发言要求通过这一提案时，大会还是一致举手通过。
    国民党“一大”后，孙中山为避免更大的分歧，把胡汉民派往上海。廖仲恺则担任大元帅大本营秘书长、国民党中央常委等重要职务。
    在国民党“一大”期间，1924年1月24日，孙中山正式下令成立黄埔军校筹备委员会，任命蒋介石为筹备委员会委员长，廖仲恺以大元帅府秘书长身份指导军校的筹备工作。1月30日下午，当国民党“一大”即将闭幕时，廖仲恺委托参加大会的各省代表回原藉招收军校学生。他特别强调学生政治素质的重要性，说：“各代表对于介绍青年军官学生特别注意，必其人明白本党主义，且诚实可靠，方可入选。”