黄埔军校创办时期困难重重，孙中山这次能够回广州建立政权，用廖仲恺在国民党中央干部会议的说法：是“各军逐陈（按：指陈炯明），请先生（按：指孙中山）仍回粤。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第683页。）因此，政府受制于依附孙中山大元帅府的各军。廖仲恺当时担任大元帅府财政委员会主席委员，但从1923年初至1924年夏，“迄今两载，财政命令，不出署门，财厅五易长官也都束手无策。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第723页。）廖仲恺在国民党的中央干部会议上曾经很有信心地说，依靠办军官学校，“一年之内，可以成两师真正党军。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第604页。）但蒋介石却似乎不相信在广州这种险恶的环境下能弄出个什么名堂。军校筹办才10多天，蒋介石就以“环境恶劣，办事多遭掣肘”为由向孙中山提出辞呈。看来，蒋介石做梦也想象不到黄埔军校以后的发展。
    当时，筹备处许多人是蒋介石邀请来的，准备散伙。（注：《黄埔军校史料》，广东人民出版社1985年5月版，第31页。）但参加筹办工作的粤军第二师参谋长叶剑英等人，主张问问廖仲恺再说。廖仲恺来后，说明军校是一定要办的，筹备工作要照常进行。军校教务长王柏龄是蒋介石邀请来筹备处的，本来想离开，但经廖仲恺再三劝说，于几天后致电已回浙江奉化的蒋介石：“仲公力挽，现此事（按：指黄埔军校）非办不可。”（注：台北中华民国史料研究中心编：《中国国民党第一次全国代表大会史料专辑》，1984年版，第333页。）但蒋介石并没有返回黄埔之意。蒋走后，孙中山派廖仲恺任黄埔军校筹备委员长。廖仲恺一面进行筹备工作，一面致电浙江奉化蒋介石：“党事讵可因兄而败，已代告假半月。来沪之军官学生，请即就近考验，事竣即归。”（注：台北中华民国史料研究中心编：《中国国民党第一次全国代表大会史料专辑》，1984年版，第333页。）在孙中山、廖仲恺的一再催促下，蒋介石于军校开学前夕的1924年4月26日返回黄埔。5月5日，黄埔军校开学。孙中山5月3日任命蒋介石为校长，5月9日任命廖仲恺为驻军校国民党党代表，孙中山亲任军校总理。纵观黄埔军校开办的过程，廖仲恺是真正的筹建者，蒋介石也称廖仲恺“襄助总理，手创本校。”（注：《蒋介石祭廖仲恺文》，载《廖仲恺先生哀思录》，广州，1925年印。）
    据周恩来回忆，第一期黄埔军校有600多学生，大部分是我党从各省秘密活动来的左倾青年，其中党团员五六十人，占学生的1/10。（注：《黄埔军校史料》，广东人民出版社1985年5月版，第60页。）但许多高级教官，如王柏龄、何应钦等，是蒋介石邀请来的。苏联顾问鲍罗廷和巴甫洛夫将军等，也经常参与指导黄埔军校的工作。中共党员包惠僧、周恩来先后担任军校的政治部主任。
    廖仲恺曾在黄埔军校的演讲中说：“俄国的军事学校，军事政治是并行的，而且是并重的。偏重于军事，是不可以的，偏重于政治而轻于军事，亦是不可以的。”“现在我们这个军官学校，关于训练方面与他们的军官学校是相同的。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第585页。）
    蒋介石1924年6月对黄埔学生的讲话中，也说俄共产党员“个个肯负责任、守纪律，始终努力奋斗，视死如归”，“俄国共产党员只愿为国家，为群众谋幸福，”“他们的一举一动都以主义为前提，都以精诚来团结。”（注：《蒋介石生平》，吉林人民出版社1987年版，第81页。）这说明蒋介石在黄埔军校初期还是执行了孙中山关于“以俄为师”的建军思想的。
    三
    国民党“一大”闭幕不久，1924年3月13日，香港《华字日报》发表了《孙政府进行共产之趋势--共产政府期三个月成立》的长篇报道。由3月14日至22日，又分7次刊出《国民党反共派聚讼之悬案》的特长文章。文章说国民党“24名中央委员，已有14人系属共产党或社会主义青年团员”，“广州共产首领廖仲恺，有东山洋楼约值2万余金。”（注：《廖仲恺年谱》，湖南出版社1991年版，第305页。）这说明廖仲恺已成为国共合作的关键人物。
    1924年8月9日，当商团购买的大批枪械运抵广州时，孙中山即下令黄埔军校校长，广州长洲要塞司令蒋介石率军舰将其扣留。同时廖仲恺奉孙中山命，以广东省省长名义发布了《扣留商团枪械布告》，《禁止商团成立联防总部令》。以后，廖仲恺又发出了《劝告商民切勿罢市布告》和《通缉陈廉伯陈恭受电》。（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第750页。）中共广东区委负责人周恩来也在《向导周报》上发表文章严厉遣责商团。（注：见《向导周报》合订本，第92页。）
    但在商团的胁迫下，广州市及广东省有100多个城镇罢市。商团且策划更大的暴动，到处张贴标语攻击孙中山、廖仲恺，有的写着“假三民行真共产，教猱升木鲍将军（按：指鲍罗廷）。”当时，投身于革命政府旗帜下的滇军范石生、廖行超等部没有执行革命政府的命令。廖仲恺于8月底写信给滇军师长廖行超，力促他出兵镇压商团，廖仲恺称商团“刁顽已极。若不制止，必至酿成大祸。似此今日之事，不能不以快刀断麻之法处之。否则滋蔓难图矣。”（注：《双清文集》上卷，人民出版社1985年版，第681页、697页。）
    当广东革命政府准备动员各方力量镇压商团叛乱时，滇军军长范石生、师长廖行超且以武力助迫革命政府，接受对商团有利的调停条件。由于受到军阀的巨大压力，国民党内的胡汉民等人，也主张与商团妥协。廖仲恺被迫向孙中山辞去广东省长职务。孙中山委任主张调停的胡汉民接任广东省长。
    9月25日，蒋介石对黄埔军校师生作政治演讲，严厉谴责商团和滇军军长范石生等军阀。（注：《蒋介石生平》，第86页。）
    1924年10月10日广州的工农群众团体在广州集会，中共广东区委负责人周恩来在会上讲话说：“我们不要以为反革命派的势力很大，反革命的气焰日涨，我们只要下我们团结的决心，我们有工人可以武装，有农民可以自卫，有士兵可以做先驱。”（注：《中国大革命史》，中山大学出版社1993年版，第511页。）会后工农群众举行游行，遭到商团军的枪击，接着商团军在广州市内布置军队步哨，准备勾结陈炯明军夺回广州。
    这时，中国共产党力主坚决镇压商团，孙中山也电令成立由许崇智、廖仲恺、汪精卫、蒋介石、谭平山组成的革命委员会，孙中山亲自担任会长。12月，孙中山从韶关电令广东省长胡汉民将全权托付于革命委员会。15日，廖仲恺等向范石生、廖行超等部军队进行说服，要求他们守中立，由革命政府派粤军等部镇压商团，这时范、廖也恐怕所占地盘被商团和陈炯明军夺去，表示同意政府决定。15日，革命委员会下令进攻商团，商团叛乱在几个小时内即被平定。在广州商团事件中，廖仲恺是力主坚决镇压商团的。
    从1923年初孙中山到广州重建革命政权，到1924年10月平定商团叛乱，在不到2年的时间里，孙中山和廖仲恺由于得到共产党人的支持，排除各种干扰，保卫了广州革命根据地，为以后国民革命军的两次东征、平定刘杨、统一广东革命根据地创造了条件。