首先，“西学中源”论混淆了西学与中学两种不同质文化的界限。认为“西学中源”者，多非学者，典籍史实均乏考证，神话、传闻、伪书之类掺杂于间，概据为信史，有可靠根据者亦缺乏确切考究，粗疏武断，是他们的“西学中源”论的通病。由于他们是推崇西学的成就的，因而大多数人--从李鸿章到郑观应，在阐发“西学中源”论时，都还注意到把此说限在就“源头”立论，只说今日之西学的源头是在中国，同时强调西人的创造性贡献，指出今日之西学大大发展了中国之古学，是所谓“发新奇，遂几不可及”。毫无疑问，只有认可西学的先进性，才有提高西学的合理性之可言，因此强调西人对中国古学的发展，是运用“西学中源”论在中国提倡西学的前提。可是，洋务派的思想家们思维并不严密，在他们从实用目的出发，夸张地大讲西学原本是“中国之学”这一论点时，时常做出绝对化判断，把西学说得完全等同于中国的古学，把西学说成都是在中国古籍上可以找到的东西，纯粹是中国遗失了的古代文化遗产。这种错误，不止是暴露出洋务派对于西方文化的发展史还几乎是近于无知，不懂得西方文化有自身长时期的积累，更重要的是，这种绝对化的“西学即中学”论，必会合乎逻辑地导出西学不足学、无须学的结论。提倡西学、主张改革，并且建议采用西方议院制的汤震，在这个“西学中源”问题上，就陷入了混乱的逻辑迷宫。他认为，不能把一切新事物都说成是西学所创，这当然是不错的，但能否反过来就断定所有新事物都不是西学所创呢？汤震先以西人把借根方叫做“东来法”为例，断言“所有西法罔不衍我绪余，因我规矩。”更进一步，则说：“余若天学、物学、化学、光学、艺学、电学、重学、矿学、兵学、法学、水学、声学、医学、文学、制造等学，皆见我国载籍”。只要今天能把中国古代的计里之鼓、指南之车，或者木鹊木鸢、木牛流马之类，拿出一件来，必定会震动西人：“西人必望尘而拜，必舍业而从，复何敢教我以奇创，形成之顽钝哉？”质言之，汤震认为中国比西方强，西学不必学。但是，汤震毕竟是主张改革之人，在实践上他又赞成汲取西人“形下之器”的专长，以谋求国家的富强，并反对守旧派“不自议振新，而唯以用夷为汉；不自愤积弱，而唯以变夏为愤”。换言之，他又主张学西学。这样，汤震一方面认为西学中源，中国强于西方，不需学西方；另一方面又反对守旧派的不学西学，自相矛盾。为了解脱这个难题，汤震借助于西学等于中学的程式，兜了个圈子，自圆了其说。他说：“如以西学为不必学，岂中学亦不必学乎？如以西学为不屑学，岂中学亦不屑学乎？”（注：汤震《论中学西学》，《危言》光绪十六年本，卷1第8-9页。）照这样说来，学西学无非就是学中学， 不学西学就是不学中学，对待西学的态度就等于对待中学的态度。似乎借着这种逻辑上的小技巧，就可以打马过桥，并和守旧派划清界限。事实上，使用这种逻辑游戏进行诡辩，恰好暴露出洋务派“西学中源”论在学理上存在着严重漏洞。其实，“西学中源”的主要缺陷，在于过分强调文化的传承关系，过于忽视或者根本不懂得社会状况于文化发展程度的决定性影响。因此，即使能够确凿无误地证明西学确实源出中国，那仍然解释不出何以形成现今西学如此先进而中学如此落伍的根本原因。
    其次，在实践上，“西学中源”论把近代西学混同于古代中学的倾向，说近代西学的一切成就均是中国古代已有之，说西学未超出中国典籍所载的范围与水平，更使得守旧派得以用子之矛攻子之盾，振振有词地斥学西学为故意生事多此一举。汤震在《危言》中引以为据的张自牧所著《瀛海论》，就是一部搜罗例证借“西学中源”以反对洋务的著作。张自牧本人则是一个连船舰、机器、铁路等都一律反对引进中国的顽固守旧人士。其实，早在同治年间发生同文馆之争时，杨廷熙攻讦设立天文算学馆“师敌忘仇”，触了“天怒”，主要理由之一就是说西方的天文算学都本是中国之法，而中国之法本来就比西法文明得多。他说，中国的古圣先贤仰视俯察，做出的学问“广大悉备，幽冥可通”，“所以历代言之天文者，中国为精；言数学者，中国为最；言方技艺术者，中国为备。”中国的各种仪器、机器之制造，更是西方无法达其精微。据此他发问道：中国的这些成就，在《四库全书》里都收了，“何不令天下举而习之，而必自卑尊人，舍中国而师夷狄？”（注：杨廷熙《奏请撤销同文馆》，《筹办夷务始末（同治朝）》卷49，第16-17页。）洋务运动中，洋务派的每一举措，守旧派都进行掣肘，其基本的因素就在于洋务派的“西学中源”论在逻辑上的弊端太明显。
    “西学中源”论的出现及其引起持不同政见的人士的广泛赞同，表明了这种说法蕴含着一种尊崇本民族情愫。中国这样有着悠久而辉煌的文化遗产的文明古国，在受到外国列强欺凌的情况下，民族自尊和自豪感的高涨，是情理之中的事。但是，这种民族的自尊自重之情，如不能很好地与科学的态度相结合的话，很容易误入歧途，产生狭隘、盲目的倾向。有关“西学中源”论的许多议论中多带有这种苗头，汤震的议论就是将其发展成了一种极端偏执之见。这样，不仅有碍于中西文化的交流与中国文化的发展，而且不利于中国近代化运动的深入发展。洋务运动中因学习西方所采取的一系列措施而引起的辩论即证明了这一点。
    “西学中源”论虽然证明了中西文化可以交流，可以相容，可以互补，但是并没有能够阐释清楚中西文化的全部关系。要全面阐释清楚西学和中学的关系，只靠“西学中源”论是不够用的。仅仅从文化源头上做解释，而不从文化观性质上做分析，是难以充分说明中西文化交流的必要性的。也难以推动近代化运动的向前发展。
    洋务运动初期，冯桂芬依据《海国图志》所收录的《四库全书总目提要》中对待西学评估的基调，在《校弢庐抗议》中提出：“以中国伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”的论断。从那时起，“中体西用”思想的基本构架已经成型。其最基本的特征是：在中学和西学兼蓄并容的文化结构中，以突出中学的主导地位为条件，确认西学的辅助作用之价值。换言之，“中体西用”论是在信誓旦旦地确保“伦常名教”所代表的既有政治秩序和伦理信念不变的前提下，主张破除成规习见，采用西方近代文化成果以为富强之术。形式上的重点是在强调中学之为体，事实上的重点却在强调西学之需“用”，--从洋务派创导这种文化新观念的主旨而言，应当说，中体西用，意在“西用”。
    事实证明，不论是洋务派的“西学中源”论还是“中体西用”论，虽对于传播西方近代文明起了积极作用，因自身的局限性和内在的矛盾，无法构成一种严整的新型文化观念体系。这也恰恰表明，中国社会发展的实际，需要创造一种既符合时代进程又符合中国国情的新文化的时代使命，已经提上了中国近代历史发展的日程。