1899年7月20日，与李福基等创设保皇会，以保救光绪帝，排除慈禧太后、荣禄、刚毅等顽固势力为宗旨，成为保皇派首领。次年，义和团运动发生，他主张“助外人攻团匪以救上”，策动唐才常等人主持的自立军“勤王”，虽言定在海外筹办经费，却迟迟不寄。自立军因宗旨模糊，经费无着，旋即失败。康亦再无作为。
    1901～1903年间，他在印度撰《大同书》、《中庸注》、《论语注》、《春秋笔削微言大义考》诸书，阐述“循序渐进”、“不能躐等”的改制说，反对资产阶级革命运动。
    1907年，改保皇会为国民宪政会（后正式定为“帝国宪政会”），成为推动清政府实施宪政的政治团体。辛亥革命成功后，康仍以为“共和政体不能行于中国”，鼓吹“虚君共和”。1913年返国，在上海主编《不忍》杂志，发表反对共和、保存国粹的言论，并任孔教会会长。1917年和张勋策划溥仪复辟（见张勋复辟），迅告失败。
    晚年在上海办天游学院，讲授国学。康有为生平撰述宏富，据《万木草堂丛书目录》记载，共有经部18种、史部62种、子部22种、集部26种，共计137种，主要著作为《新学伪经考》、《孔子改制考》、《春秋董氏学》、《长兴学记》、《戊戌奏稿》、《大同书》和《论语注》、《中庸注》、《孟子微》等。