“永远的校长”
    1948年12月，北平即将解放。梅贻琦搭乘国民党的飞机南下。国民党政府再三邀请梅贻琦入阁，梅贻琦维持了一贯的中间立场，他对新闻记者谈话说：“不出来对南方朋友过意不去，来了就做官，对北方朋友不能交代。”所以始终婉谢。他依然属意教育。
    梅贻琦在为数不多的论著中充分表达了自己的通才教育思想，“学问范围务广，不宜过狭，这样才可以使吾们对于所谓人生观得到一种平衡不偏的观念。对于世界大势文化变迁，亦有一种相当了解。如此不但使吾们的生活增加意趣，就是在服务方面亦可以加增效率。”
    1943年，在由他拟纲，潘光旦代笔的《工业化的前途与人才问题》中，梅贻琦表示，真正工业的组织人才，对于心理学、社会学、伦理学，以至于一切的人文科学、文化背景，都应该有充分的了解。令他忧虑的是，“近年来国内工业化运动的趋势，似乎过去侧重技术之用，而忽略了理论之用和组织之用。流弊所及，一时代以内工业人才的偏枯是小事，百年的建国大业受到不健全的影响却是大事。”
    1955年，梅贻琦由美国飞台湾，开始用清华基金会利息筹办“清华原子科学研究所”，也就是台湾新竹清华大学的前身，诺贝尔奖获得者李远哲曾在这里就读，梅贻琦因为一手奠定了台湾的清华基础，被称之为“两岸清华校长”。
    1962年5月19日，梅贻琦病逝于台大医院。他逝世后，秘书把他在病中一直带在身边的一个手提包封存了。
    两个星期后，在有各方人士参加的场合下启封。打开提包一看，原来是清华基金的账目，一笔笔非常清楚。
    梅贻琦后来葬于新竹清华大学校园内，取名为“梅园”，园内有校友集资兴建的花木，曰“梅林”。梅贻琦纪念奖章成为台湾新竹清华大学毕业生的最高荣誉。
    教育思想概述
    从清华大学到西南联大，梅贻琦的教育思想是变化的，其在西南联大时期发表的《大学一解》中，体现了梅贻琦教育思想定型之后的核心观念。
    在那篇梅贻琦拟纲，潘光旦执笔的文章中，梅贻琦首先提出了“通才教育”这一核心观念。这种“通才教育”并非西方“LiberalEducation”的简单搬移，而是一种以中国古代儒家“大学”教育思想为基础，博采近代中外大学教育思想的精粹融合而成的具有独立性的思想体系。梅贻琦认为，大学阶段的直接培养目标应该是“通才”，不应该也不可能负担起直接为社会各行各业培养“专才”的任务。这种任务应该由其他教育机构来承担。而大学应着眼于为学生们通向高深而做基本训练。
    其次，梅贻琦针对当时教育部所提倡的“只重专才，不重通才；重实科不重文理”的教育方针指出，大学应该着眼于对学生“人格”的全面培养，至少应该有知、情、志三个方面。在这篇他的教育思想代表中，他还用了足够的篇幅论述教师在高等教育中的作用问题，梅贻琦认为，教师不单要能“以己之专长之特科知识为明晰讲授”，而且要为学生的“自谋修养、意志锻炼和情绪裁节”树立楷模。其中的一段话至今多为人们所征引：“学校犹水也，师生犹鱼也，其行动犹游泳也，大鱼前导，小鱼尾随，是从游也。从游既久，其濡染观摩之效自不求而至，不为而成，反观今日师生关系，直一奏技者与看客之关系耳，去从游之义不綦远哉！此则于大学之道，体认尚有未尽实践尚有不力之第二端也。”此即为著名的“从游论”。
    最后，在《大学一解》中，梅贻琦着重论述了学术自由在大学教育中的特殊重要性。这也是他们那一代的教育家们的共识，1945年11月5日，梅贻琦在日记中写到：“对于学校时局则以为应追蔡孓民先生兼容并包之态度，以克尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校，应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大；而将来清华之为清华，正应于此注意也。”
    德育观念
    梅贻琦先生是清华大学历史上任期最长的校长（1931年-1948年）。梅先生的教育思想体现在他所提倡的“五育”中，即德、智、体、美、群。这是对蔡元培先生教育思想的继承和发展。和蔡先生一样，梅先生也是把德育作为五育之首的。
    在德育中，梅先生非常重视教师的师德，他有一句名言：“大学者，非有大楼之谓也，有大师之谓也。”许多人对“大师”有片面的理解，仅看到学问的一面，而梅先生讲的“大师”则是学问道德都好的楷模。他说：老师不但要“以己之专长之特科知识为明晰讲授”，而且要为学生的“自谋修养、意志锻炼和情绪裁节”树立榜样。为此，他提出了“从游”这一生动的比喻，以老师为大鱼，学生为小鱼。认为“学校犹水也，师生犹鱼也，其行动犹游泳也。大鱼前导，小鱼尾随，是从游也。从游既久，其濡染观摩之效自不求而至，不为而成。”以教师的高尚品行来自然地引导学生，达到“不为而成”，是很高明的教育方法。
    在德育中梅先生和蔡先生一样也强调人格与爱国。他对即将出国留学的学生说：“诸君在国外的时候，不要忘记祖国；在新奇的社会里，不要忘掉自己；在求学遇到困难问题的时候，务要保持科学态度，研求真理。”
    重视体育
    清华大学一向重视体育，并把体育作为德育的重要途径之一，这与梅先生的倡导很有关系，他认为这是学生“养成高尚人格的最好方法”。梅先生说高尚人格具体体现在“团体精神”、“急功好义”、“遵守纪律”上，要借团体的运动“去练习舍己从人，因公忘私的习惯”。并在学籍管理上明确规定“体育不及格，不得毕业”。这些十分值得我们借鉴与深思。1928年，梅贻琦还是教务长的时候，就曾明确告诉学生：“须知体育之目标，不单是造就几个跑多快，跳多高，臂腿多粗的选手，不单是要得若干银盾、锦标，除此之外，也许可以说在此之上，还有发展全人格的一个目标”。后来有人提出，要想提高学生“服务社会，团结合作”的精神，就应该在德育、智育、体育之外再加一个“群育”。对于这种提法，梅贻琦显然不大同意。1934年，已经担任校长的他对自己的学生说：今天我们提倡体育，不仅是为了锻炼个人的身体，更是为了养成团结合作的精神。我们要借团体项目，去练习“舍己从人，因公忘私”的习惯。他还说：体育比赛的目的不在于能不能取胜，而在于是不是各尽其能，使本队团结合作的精神得到有效表现。在体育比赛中，“胜固大佳，败亦无愧。”假如在比赛之前，有人因为没有取胜的可能就放弃比赛，那是完全错误的。因为他忘记了在团体中应尽的任务。