由于澳门的通商地位为香港所取代。葡萄牙人迫不及待要把澳门变成自由港。1845年11月20日，葡萄牙女王玛丽亚二世下令，宣布澳门为自由港，不受中国管辖，允许所有外国商船到澳门自由贸易。由于葡萄牙女王宣布澳门为自由港，葡萄牙的澳门海关撤销，澳门政府的财政收入受到影响。澳门总督阿马留（Amaral）向澳门居民征收地租、人头税和不动产税，把葡澳的行政权强加到中国居民的头上。道光二十九年（1849）年3月5日，阿马留封闭清政府设在澳门的海关，停止向中国政府交纳租金，两广总督提出强烈抗议，阿马留强行驱逐中国海关官员，葡人不仅不纳地租，反向华人征收田赋。1849年8月， 葡萄牙人又强行将在望厦村的香山县丞衙门捣毁，将县丞汪政赶往前山寨。阿马留作恶多端，被中国义士杀死。葡萄牙殖民者以此为借口，以武力强占关闸，绑走中国士兵，正式对澳门实行占领。这是葡萄牙人利用鸦片战争后清政府国势衰微，乘机图谋永久占领澳门的实际步骤。（注：周景廉：《中葡外交史》，商务印书馆，1991年，第76页。）自此，葡萄牙殖民者一改以往的“恭顺”态度，变本加厉，在澳门逐步蚕食扩张，扩大侵略，于1851年、1864年完全占领凼仔岛和路环岛。但是当时澳门归属中国的名义还没有变。
    第二次鸦片战争后，英法与清政府签订《天津条约》，葡萄牙也趁机迫使清政府签订有关澳门的条约。1862年曾草签《中葡和好贸易章程》，内中条款虽有清政府有权设立官员驻澳门，但其地位与法、英、美的领事官员相同。两广总督薛焕发现该约有使中国丧失主权的危险，因此拒绝了葡方换文的要求，致使该草约没有生效。
    1867年，在清政府海关任总税务司的英国人赫德，曾提出用100 万两白银换取葡人交还澳门的计划，实际费用高达150万两。 当时主持洋务的恭亲王已答应这一计划。只是由于1868年西班牙革命，葡萄牙卷入，葡局势混乱，这一计划搁浅。
    1884-1885年中法战争结束后，清政府决定创建水师、大办洋务。为解决资金问题，李鸿章听从了赫德的建议，在进口洋药的名义下，对进口的鸦片的海关关税和地方关卡厘金合并征收。1885年的《烟台条约续增专录》对此种办法实施作了具体规定。1886年6月， 赫德以清政府代表的身份，与香港英国当局和澳门葡萄牙当局谈判鸦片税厘合并征收的问题。赫德利用李鸿章对他的信任，提出将澳门永远租给葡萄牙人的建议，同时怂恿澳门总督提出永远驻扎管理澳门、清政府割让对面山（拱北）和大小马瘤州三岛、关闭澳门附近的水卡的要求。赫德不顾清政府总理衙门众大臣的反对，于1886年8月10 日与葡萄牙澳门总督达成了《拟议条约》和《续订洋药专条》，几乎满足了葡萄牙人的全部要求。1886年11月，赫德的心腹、海关总税务司总理文案（秘书长）金登干，作为清政府的代表前往里斯本，与葡萄牙外交部部长巴罗果美谈判澳门问题。光绪十三年（1887年）3月26日， 中葡在里斯本签订《中葡会议草约》，共计4条，规定：中葡签订友好通商条约； 中国允许葡萄牙永远驻扎管理澳门；葡萄牙不经中国同意，不得将澳门转让他国；葡萄牙同意帮助进行鸦片税厘并征。1887年12月1日，清政府派奕劻和孙毓文为全权代表，与葡萄牙澳门总督罗沙在北京正式签订《中葡和好通商条约》，共计54款，将草约中标的2、3条列入其中，同时规定“未经定界一切事宜，俱照依现时情形勿动，彼此均不得有增减改变之事。”（注：《“一国两制”法律问题研究》（总卷），法律出版社，1997年，第106页。 ）这一条约使葡萄牙达到了迫使清政府正式承认其占领管理澳门的权利，但澳门名义上的主权仍属中国。1888年4月 28日，罗沙在天津与李鸿章换约，条约生效，有效期10年为限。这是“葡萄牙殖民者占据澳门三百年来中国政府对澳门地位作出规定的第一个条约，也是至今唯一的一个条约，使中国的主权受到极大的侵害。”（注：王俊彦：《澳门的故事》，世界知识出版社，1999年，第320页。）清政府就这样以“葡萄牙人帮助进行鸦片税厘并征”这一“属于中国主权范围之内的事情”，就允许葡萄牙“永驻管理澳门”。（注：王俊彦：《澳门的故事》，世界知识出版社，1999年，第317页。）
    综上所述，从明朝万历朝（1573 年）开始，到清朝光绪十三年（1887年）中葡签订《里斯本协定》，期间300多年， 葡萄牙人虽占领澳门经历3个多世纪，葡萄牙人一直是借租澳门，“通过遣使和交纳贡金，一再表示对其最高宗主权的臣服”。（注：王俊彦：《澳门的故事》，世界知识出版社，1999年，第92页。）1888年4月28 日《中葡和好通商条约》生效后，从法律意义上，澳门始脱离中国管辖权，葡萄牙人才获得对澳门拥有暂时的管理权。
    二、中葡对澳门主权问题上的交涉
    清政府承认葡萄牙占领澳门的现实后，葡萄牙人不顾1887年条约中关于“澳门界址未划定之前”“维持现状”，“不得改变”的规定，试图扩大对澳门管理的版图。1889年12月11日，即是《中葡和好通商条约》签订刚过两年，葡方就将自己炮制的地图强塞给澳门同知蔡国祯，遭到拒绝。1890年葡人不顾中国的反对，悍然占领青州，迫使青州水师移驻前山。1896年澳葡又在大小横琴岛设立军营，公开索要这两个岛屿。两广总督拒绝。1902年，葡萄牙再派员向清政府递交照会，索要对面山和大小横琴岛。清政府外务部拒绝了葡萄牙的索地要求。1908年2月5日，因日本商船二辰丸号偷运军火，被中国水师截获。日本与葡萄牙勾结，借口是在葡萄牙管辖的领水内，反要清政府赔礼道歉。这一事件激起中国人民的愤慨，纷纷上书，要求与葡人划定澳门界址。1909年2 月，中葡决定派员勘查界址。香山县各界人士成立“广东勘界谈判维持总会”，担任澳门划界谈判的后盾。在香港进行的谈判，由于葡方坚持索要“澳门属地”，经九次会议，争持不下，陷于僵局，最终划界谈判失败。1910年中葡在北京恢复谈判，因为葡萄牙发生革命，谈判又中断。因此澳门界址终未确定。
    中华民国成立后，澳门划界问题再次成为中葡外交交涉的主要问题。1913年葡萄牙公使照会北洋政府，要求划定澳门界址。第二年，葡萄牙公使与北洋政府谈判划界问题，葡方仍坚持在香港谈判的立场，因此没有结果。在划界谈判未果的情况下，葡人采取不断扩充澳门地界的行动。1910年8月葡萄牙人在路环岛大肆烧杀。1911年，葡萄牙人强迫路环九澳地主纳租。1919年，葡萄牙人筑青州堤，试图开辟青州北部地区，经中国政府抗议而作罢。葡萄牙再次要求会同勘界。在陆地界址未果的情况下，葡萄牙又提出澳门水界问题。1928年4月28日， 中葡北京条约第4次期满，国民政府外交部正式照会葡萄牙公使，声明该条约作废。当年12月19日，由国民政府外交部部长王正廷和葡萄牙驻华公使毕安祺另签订《中葡友好通商条约》，条约主要是规定关税问题，没有涉及澳门主权问题。抗日战争中，葡澳当局宣布中立，日本军队没有占领澳门。抗日战争胜利后，中国人民盼望收回澳门。1945年12月，国民党第二方面军司令张发奎命令15师师长刘绍武率领军队封锁澳门。1947年广东省参议会通电全国，敦促国民政府收回澳门。