因为他很清楚，要征服信仰伊斯兰教的埃及，”最大障碍“是宗教问题。法军”要么乘船班师回国，要么迁就这种宗教思想“，决不能成为”伊斯兰教的反对者“（注：《拿破仑文选》下卷，第19-20页。）。一到埃及，他就宣布自己是”真正的穆斯林“，尊敬真主、先知和《古兰经》。他甚至公然宣称正是他推翻了穆斯林的敌人罗马教皇和要同穆斯林作战的马耳他骑士团。连法国士兵对此都感到好笑。他又宣称，他是受天命支配和最高权力领导的，他做的事都是《古兰经》上早已规定的，因此无人能与之作对。为了博得穆斯林的信任，他装模作样地向阿訇们请教《古兰经》，参加他们的一些活动，下令修缮清真寺，派兵保护朝圣者，等等。对信仰其他宗教的居民，他也一律尊重其信仰。正确的宗教政策是他在埃及的统治比较巩固的重要原因之一。晚年他说：“我在埃及能取得成功，是因为我在先知的信徒面前象一个穆斯林。”（注：吉尔贝·马蒂诺：《拿破仑的最后岁月》，世界知识出版社1988年版，第356、357、369、270、280、270、357、270、269页。）
    宗教是外交上的筹码
    拿破仑在和各国打交道时，一直把宗教问题作为外交上的一个重要因素和筹码来利用。他往往巧妙地利用它来为自己捞到好处。在这方面，他采用的手段和旗号是多种多样的。
    第一种是“狐假虎威”。他很清楚，罗马教皇一直是法国革命的敌人，他总是站在反法同盟的一边反对法国革命，企图复辟波旁王朝，恢复法国天主教和罗马教廷在法国的原有地位。所以他在第一次进军意大利时，曾两次进攻教皇军队，并强迫教皇签订了割地赔款的条约。但他也同样清楚的是，尽管教皇不是什么上帝在人间的代表，教皇制度纯粹是一场骗局，是对群众的愚弄，但罗马教廷是历史上长期形成的，是一个强大的政治力量，在广大天主教徒中有崇高的地位。如果他象督政府所指示的那样，推翻教皇，灭掉教皇国，不但会遭到欧洲广大教徒的反对，也会使自己在意大利陷于困境，所以他没有那样做。
    后来，他成了法国的最高统治者，在对待教皇问题上，眼光更远大了。他考虑到要在国内巩固自己的政权，要重新征服被督政府丢掉的意大利，以至征服整个欧洲，只要有利和有可能，都应当利用教皇这个力量和影响。于是，他采取了与教皇修好以便加以利用的政策。由于他的主动，双方终于签订了政教协议，后来教皇又屈尊来巴黎为他称帝加冕。这两项外交杰作使他充分利用了教皇的影响，在国内巩固了自己的政权，在国外提高了法国的国际地位。总之，在政治上为自己捞到了很大的好处。
    拿破仑利用教皇的外交指导思想、彼此立场的不同和内心的互相憎恶，使双方不可能永葆友好的关系。后来，当他认为军事上需要时，就派兵占领了教皇的领地安科纳港，于是双方关系恶化，教皇又公开站在反法同盟一边。拿破仑进而派兵占领了罗马城，并把教皇软禁起来。他甚至一再谈到要把教皇贬为自己的陪臣和臣民。但在晚年，他认为为了使他的家族东山再起，“必须在罗马与各个高贵的家族--那些诞生了历代教皇的家族--结成联盟……他们可以去吻教皇的驴子”（注：《拿破仑死亡之谜》，第229-300页。）。就是说，必须再一次利用教皇。这和他在给儿子的遗嘱中赞扬教皇的目的是一致的。
    第二种是“替天行道”。从1807年11月起，拿破仑陆续派兵占领了西班牙，这自然遭到欧洲各国的反对。为了取得俄国的谅解和支持，他给沙皇亚历山大写信为自己辩护，说出兵的目的之一是为了扫除该国那些“占有国内一半土地”的“胡作非为”的教士，和“在这个国家兴风作浪的”宗教裁判所的歹徒（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）。因此，出兵是正义之举。他达到了目的，俄国很快承认了新的西班牙政府。几年后，当他驱动60万大军东侵俄国时，又致函亚历山大：“这件事情和其他许多事情一样，已由冥冥中的神明作出了决定，我从不否认神明的权力和超越一切的统治权力。”“上帝本身不会取消已经做的事情。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）这就是说，他侵犯俄国，是奉天旨意，替天行道。他的战争是神圣的、正义的，也是必胜的！
    第三种是“扶弱锄强”。英国一直是反法同盟的组织者和金钱、武器的供应者，是拿破仑在欧洲最痛恨的敌人。为了搞垮英国，他采取了一切手段，也包括宗教手段。1805年，爱尔兰人民展开了争取爱尔兰天主教徒权利的斗争，遭到了英国政府的残酷迫害和镇压。1807年4月21日，拿破仑抓住这个机会，指示警务大臣富歇：“我要你组织一次大规模的鼓动”，在报纸上大造舆论，“必须使人民看到英国反对爱尔兰天主教徒所显示出来的残酷和侮辱，近百年来，他们一直对爱尔兰天主教徒”实行“大屠杀”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）。这次大揭英国疮疤的宗教攻势，在政治和外交上给英国造成了一定损害。
    第四种是“尊王攘夷”。为了拉拢土耳其从东边牵制俄国，拿破仑致函土耳其素丹，建议法土结盟。为取悦于这位穆斯林君主，他对真主大肆颂扬：“世界上万事俱变，万物俱逝，唯有真主永存。因此，我祈求真主使陛下延年益寿，使您享受繁荣昌盛，永远降福于您。”并指出俄土宗教不同来进行挑拨：“俄国人是您的真正敌人……因为他们信奉希腊教”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）。似乎他是一个虔诚的穆斯林，是希腊教的敌人！似乎他在国内公开宣布信仰的天主教与希腊教不是共有一个上帝和基督耶稣！
    为了联合波斯反俄反英，他还给穆斯林国家波斯国王写信，又一次要借助于真主和上天的神威来达到外交目的：“我有理由相信：主宰万邦命运的真主希望我支持您为保持您的帝国的势力所做的种种努力”。“依靠上天的启示是正确的；因为上天设立君主以造福于人民；当一代又一代造出少数伟大人物时，要他们承担进行合作的义务。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）可见，真主既令拿破仑支持波斯，波斯自当不负真主之意，与法友好，更何况法波两国“合作”也是真主的旨意呢！拿破仑的此番高论，真是“绝妙好辞”！
    拿破仑利用宗教为自己的内外政策服务，的确取得了巨大的成就，但也遭到一些失败。政教协议签订后，法国仍然有不少教士并不真心为他服务，或怀有不满情绪。波旁王朝复辟后，大多数教士就一心为旧王朝服务了。在封建的罗马天主教势力极强的意大利，在他统治该国时就有大批教士抵制和反对他。在西班牙，由于他在政治和外交上公然不讲信义的欺诈行为和军事上的赤裸裸的侵略行为，遭到广大教士和人民群众的一致反抗，掀起了全国性的反法武装斗争，这就使他在正确的进步和宗教政策无法实施。而早在1799年，他从埃及出发远征土耳其统治下的叙利亚、黎巴嫩和巴勒斯坦时，为了对付作为穆斯林的土耳其人，他既以上信徒的身分联合当地的基督教徒，又要争取当地穆斯林的支持。但是由于双方都知道他在埃及已宣布信仰伊斯兰教，知道他在宗教上的前后矛盾和耍的把戏，所以这些把宗教信仰看得重于生命的人们都不或不完全信任他，使他的宗教政策受挫。他在外交上所使用的宗教手段有时也没有结果。
    拿破仑的宗教观和宗教政策，在很大程度上代表了近代西方资产阶级的宗教观和宗教政策，因而带有一定的历史普遍性。而在西方宗教史上，政教协议则具有划时代的意义。他的宗教政策，总的来说，从长期来看，是进步的，对于摧毁封建主义、推动资本主义的发展起了一定作用。