抗战爆发后，石璋如率领殷墟发掘团撤离安阳返回南京，不久又撤离南京，与史语所的同仁们精心护卫着15次殷墟发掘所获得的珍贵文物和科学资料，辗转万里由南京、长沙、昆明，最后迁至四川南溪李庄。在极为艰苦恶劣的条件下，大家坚持殷墟发掘资料的整理与研究。1945年石璋如发表《小屯后五次发掘的重要发现》、《河南安阳后岗的殷墓》等论文。
    抗战胜利后史语所迁回南京。1947年石璋如发表《殷墟最近之重要发现附论小屯地层》，该文记载了自1932年殷墟第七次发掘以来，历次发掘的主要收获，并论述了小屯的地层关系，这一部分成为重要论文《小屯的文化层》一文的初稿。
    1948年底，石璋如随同史语所搬迁到台湾。石成为台湾中央研究院院士、史语所研究员。到台后由于没有更多的田野考古发掘任务，史语所得以对殷墟发掘资料进行全面系统的整理与研究。1952年石璋如发表《小屯C区墓葬群》。1955年发表《殷代的铸铜工艺》，该文根据殷墟出土的大量青铜器，探讨了青铜铸造从选矿冶炼、治模造范到浇注成型的全部工艺。1959年出版《小屯第一本·遗址的发现与发掘乙编·殷墟建筑遗存》。1961年发表《小屯殷代丙组基址及有关现象》。1968年发表《小屯第四十墓的整理与殷代第一类甲种车的初步复原》。1970年到1976年先后出版《小屯第一本·遗址的发现与发掘丙编·殷墟墓葬》之一至之四：《北组墓葬》、《中组墓葬》、《南组墓葬附北组墓补遗》、《乙区基址上下的墓葬》。1982年发表《殷墟文字甲编的五种分析》，公布了《甲编》所收甲骨的坑位，为甲骨文的考古考察提供了极大方便，更加提高了甲骨文的利用价值。
    晚年的石璋如先生对安阳殷墟、对故乡河南偃师、对母校河南大学十分怀念。近年偃师发现著名商城遗址，更增加了他的思乡之情，渴望能回大陆探望。1982年，胡厚宣、夏鼐、张政烺诸先生赴美国参加国际学术会议，与出席会议的石璋如、高去寻先生不期而遇。安阳殷墟一别已近半个世纪，当年参加殷墟科学发掘至今仍健在者已为数不多，他们亲切交谈，互致问候，石、李先生表达了对家乡、殷墟和母校的深切怀念（李去寻先生系河北人）。他们对祖国科学文化事业的发展，对殷墟考古的新发展十分关注，并希望在今后学术研究中加强合作与交流。（注：中国殷商文化国际讨论会上胡厚宣访谈记录。）
    1987年经国务院批准，在安阳召开了中国殷商文化国际讨论会。石璋如得知这一消息后非常重视，他给在美国的亲友通电话，通过亲友与在美国进行学术活动的中国社会科学院历史研究所的人员联系，了解会议筹备情况，表达参加这次会议的愿望。后来虽因种种原因未能成行，却反映了已是耄耋之年的石璋如先生对殷墟的怀念之情。（注：中国殷商文化国际讨论会筹备记录。）
    （1997年母校河大校庆85年初稿；1998年殷墟科学发掘70年修订。）