更有甚者，上级机关无偿调拨公社财物也在全国蔓延开来。公社已包含有若干全民所有制的成分，并且公社实行政社合一的管理体制，那么同为全民所有制的上级机关上调社队的财物就成了顺理成章的事情了。县以上国家机关平调社队财产主要有两个方面。一是用于兴办和支援各种工业事业。1959年4月3日谭震林向毛泽东报告：“陶鲁茄（时任山西省委第一书记）同志谈，他们摸了一个底，去秋以来农副产品收购总额四亿二千万元，县级扣留了一亿八千万元，公社一级扣留了三千万元，这些钱主要用于钢铁亏损，县和社办工业投资，县社举办的水利工程投资，购买了一批农业机械和修公路、小铁路的投资。这种情况可能是全国性的，估计全国从农业社手上扣去的这样性质的钱可能有二十至三十亿元。”这仅仅是1958年平调公社的数字。二是从1959年始，各级党政机关、部队、工厂、学校在农村举办农副产品基地。仅在河北省，就有312个部队和中央机关单位办副食品生产基地，共占耕地107万亩。有些单位不仅要地，还要种子、肥料、劳动力，收获后全部拿走，并由当地农民替交公粮[6]（P789）。
        由上可知，公社所有制为“共产风”的肆虐提供了制度保障。这种明显超越社会发展水平的所有制度，从根本上打破了原来农村的所有制结构和建筑其上的各种经济关系；其对农业生产力的破坏是制度层面上的和带有根本性的。公社所有制对农业的破坏与负面影响，在公社建立之初就已显现出来。毛泽东、党中央也较及时地注意到了这种所有制的弊端。但囿于“人民公社将是建成社会主义和逐步向共产主义过渡的最好的组织形式”的认识，对于公社所有制的改革是极其缓慢和曲折的。
        毛泽东最早觉察到了公社所有制的问题。在1959年2月27日至3月5日的第二次郑州会议上，毛泽东专门谈了对公社所有制的认识。他说：“我们在生产关系的改进方面，即是说，在公社所有制问题方面，前进得过远了一点”；很多人“误认为人民公社一成立，各生产队的生产资料、人力、产品，就都可以由公社领导机关直接支配。他们误认为社会主义为共产主义，误认为按劳分配为按需分配，误认为集体所有制为全民所有制”。其结果，便是“公社在1958年秋季成立之后，刮起了一阵‘共产风’。主要内容有三条：一是贫富拉平。二是积累太多，义务劳动太多。三是‘共’各种‘产’”。毛泽东否定了单一公社所有制，主张“目前公社所有制，除了有公社直接所有的部分以外，还存在着生产大队（管理区）所有制和生产队所有制”。进而提出：“公社应当实行权力下放，三级管理，三级核算，并且以队的核算为基础。”[4]（P124-134）这样，毛泽东就准确地找到了“共产风”的风源，并试图通过建立公社内的三级所有制，把基本核算单位由公社降到生产大队，以此来消除“共产风”的进一步蔓延。上述毛泽东的认识，得到了八届七中全会的肯定，会议原则通过的《关于人民公社的十八个问题》明确规定：在“公社的三级所有制中，基本上是生产队所有制，这种情况不能很快改变”[4]（P163）。至此，人民公社三级所有、以生产大队为基本核算单位的新体制开始在全国推广开来。
        庐山会议的严重后果之一，是人民公社所有制的改革遭到了严重挫折。自1959年底始，在反“右倾”、“新跃进”的鼓动下，我国农村又掀起了新一轮的向公社所有制过渡的高潮。与之相伴随，渐趋平息的“共产风”又陡然刮起，由此引发的农村大混乱、大饥荒也很快降临。
        1960年1月，在上海举行的政治局扩大会议提出，用8年左右的时间完成从基本队有到基本社有的过渡。4月6日，谭震林在全国人大二届二次会议上提出：“我们的前途是从队基本所有过渡到社基本所有，然后再从社基本所有过渡到全民所有。”实现前一个过渡的重要条件，是“社有经济部分在全社经济中占了优势”和“穷队赶上了富队”[1]（P604）。为了发展社有经济，各地大办社有工业，大办养猪场，大办水利，大办交通，各种“大办”一起上；为了扶持穷队赶富队，在资金、劳力、生产资料等方面搞“共产主义大协作”。一时间，“共产风”又重新大刮起来。湖北省沔阳县通海口公社，“刮‘共产风’的单位，上至省级，下至小队”。“县级直属机关和派出机关在这里刮‘共产风’的有41个单位，公社的25个直属企业，没有不到生产队刮‘共产风’的。‘共产风’的范围大自土地、粮食、房屋，小至镰刀、筷子、夜壶，什么都刮。全公社算了一笔账，共乱调劳动力349个，土地8020亩，房屋1512栋，资金（包括分配未兑现的）53万元，粮食53万斤，农具35040件，耕牛84头，木料等84万斤，砖瓦147万块，家具24906件”[8]（P364）。
        重新刮起的“共产风”，给农村社会带来的直接后果，是农业生产的大衰退和严重饥荒。1959年全国粮食产量只有1700亿公斤，降至1954年的水平；1960年粮食产量1435亿公斤，比1951年还少2亿公斤。人均粮食消费由1957年的203公斤降到1960年的163.5公斤，减少了19.4%，其中农村人均消费量下降了23.4%；猪肉的年均消费量下降70%。事实上，从1958年冬开始，一些地方就出现了公共食堂停火，社员逃荒的现象。次年2月，开始出现人员浮肿和非正常死亡。据推算，1959-1961年非正常死亡和减少出生人口在4000万人左右[9]（P338-339）。
        严重的经济衰退和饥馑，使毛泽东、党中央清醒地认识到，“共产风”再次刮起的根本原因，是试图在近期内完成由大队基本所有到公社基本所有的过渡。于是从1960年下半年开始，党中央重新调整人民公社的所有制结构。这次变革的方向，是进一步降低公有制程度，把基本核算单位下放到生产小队。实际上，早在1年多以前，毛泽东就敏感地注意到，除公社、管理区、生产大队三级所有之外，“生产小队（生产组和作业组）的部分所有制问题……我认为有理，值得讨论”[7]（P32）。《关于人民公社的十八个问题》的第三个问题，就是专谈生产小队部分所有制问题的。然而，生产小队的基本所有，意味着农村公有制水平的再次降低，意味着暂缓实现建成社会主义、尽快向共产主义过渡的理想；这将是对社会主义、我国国情乃至农村社会发展水平的一次重新审视和反思，是一次思想政治领域的深刻变革与飞跃，这在人民公社发展史乃至共和国史上都是具有划时代意义的。
        在这一重大历史关头，毛泽东以无产阶级革命家的勇气和魄力，率领全党完成了这一历史性的变革。他在1961年9月29日给中央常委的信中深刻指出：“我们对农业方面的严重平均主义的问题，至今还没有完全解决，还留下一个问题……就是生产权在小队，分配权却在大队。”解决的办法是，“‘三级所有、队为基础’，即基本核算单位是队而不是大队”。他说：“在这个问题上，我们过去过了六年之久的糊涂日子（1956年，高级社成立时起），第七年应该清醒过来了吧。”[7]（P284,285）根据毛泽东的指示，经过反复论证和试验，党中央1962年2月13日正式下发了《关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示》，郑重宣布：“在我国绝大多数地区的农村人民公社……实行以生产队为基础的三级集体所有制……将是在一个长时期内……实行的根本制度。”因为，“以生产队为基本核算单位……更适合于我国农村的生产力水平，更适合当前农民的思想觉悟，同时，也更适合于基层干部的管理才能”[10]（P178-180）。
        至此，农村人民公社的所有制变革，终于走完了从公社基本所有、到生产大队基本所有再到生产队基本所有的演变过程。我国农村从此步入了近20年的“三级所有、队为基础”的相对稳定时期。