钱穆先生的《中国近三百年学术史》，就理论体系的严密性和论证过程的逻辑性而言，有略胜梁启超同名专著一筹之处。但钱氏之评史论事亦每有容商榷处。今试指其瑜中小疵数点，此亦不为尊者讳之意。
    1.从谋篇布局上看，钱著之体例编排最容商榷处，是他漏列了崔东壁（述）。崔述集四十年之精力撰成《考信录》一书，堪称我国古代疑古史学的集大成之作。以顾颉刚为首的现代“古史辨”疑古思潮，亦因藉对崔东壁的介绍和《崔东壁遗书》的标点刊行而勃兴发达。关于崔述对当代思想界的影响，钱氏一九三五年为《崔东壁遗书》作序时曾说：
    “初，胡君适之自海外归，倡为新文化运动，兴世奔走响应惟恐后。胡君于古今人多评骘，少所许，多所否，顾于东壁加推敬，为作长传，曰《科学的古史学崔述》。流布仅半篇，未完稿，然举世想见其人，争以先睹遗书为快。胡君友钱君玄同，读东壁书，自去其姓而疑古，天下学人无不知疑古玄同也。而最以疑古著者曰顾君颉刚，……深契东壁之治史而盖有进，为《古史辨》，不胫走天下。”
    钱氏此《序》与他的《中国近三百年学术史》撰于同一时期。《序言》所论东壁对于现代思想界之影响，颇中肯綮。从中也可知崔东壁对于现代学术思想发展的影响，钱穆原也是承认的。但钱氏在《中国近三百年学术史》中竟不列崔述，原因何在？这是否与钱氏在总体上对疑古思潮不以为然甚至反对有关？此不得而知。但崔东壁及其对当代思想界的影响，这是一个客观存在的事实，作为一部反映中国近三百年学术总体发展的学术专著，钱著漏列崔述，这不能不说是一个较大的缺陷。这与梁著的所列崔述相比，后者所列虽然简短，其论亦浅，但比起钱著的漏列崔述来毕竟要好。钱著之失是显而易见的。
    2.钱著之论戴东原。戴震这个人，在他的《孟子字义疏证》中坚持反对宋儒，力排程、朱，对于宋儒“存天理，去人欲”的“以理杀人”，戴震的批判尤其不遗余力。因此之故，胡适于一九二五年写了一部《戴东原的哲学》来表彰他。胡适在该书的《引论》中说：
    “中国近世哲学的遗风起于北宋，盛于南宋，中兴于明朝的中叶，到了清朝，忽然消歇了。清朝初年，虽然紧接晚明，已截然成了一个新的时代了。自顾炎武以下，凡是第一流的人才，都趋向到做学问的一条路上去了。哲学的门庭，大有冷落的景况。”（注：《戴东原的哲学》第1页。商务印书馆1927年版，下同，不另赘。）
    胡适的这个论点，与梁启超的“反动说”相似，即都认为宋明理学到清代就中断了。胡适的这个论点，与梁启超的反动说也同样名闻遐迩。二人之说是当时持此种论调最有代表性的两家，一如钱氏绝对不能同意梁启超的“反动说”一样，钱氏亦绝对不能同意胡适的“消歇说”。与此相关联，钱著之评价戴东原，便多有针对胡适所论而发者。例如，胡适认为，“我们为他（戴东原）的两部哲学书--《孟子定义疏证》和《原善》--不能不疑心他曾受著颜李学派的影响。”“我个人推测起来，戴学与颜学的媒介似乎是程廷祚。”“我们研究戴震的思想变迁的痕迹，似乎又可以假定他在三十二岁（一七五五）入京之后。”（注：《戴东原的哲学》第22页。）针对胡适此说，钱著谓：“戴望为《颜氏学记》，尝谓乾隆中戴震作《孟子绪言》，本习斋说言性而畅发其旨，近人本此，颇谓东原思想渊源颜李”。这里的所谓“近人”，即指胡适。钱穆认为，胡适之说并无确据。“东原与绵庄（程廷祚）虽相知，而往来之祥已难考。”东原思想之最要者，一为自然与必然之辨，一为理欲之辨。此二者“虽足与颜李之说相通，而未必为承袭。”“思想之事，固可以闭门造车，出门合辙，相视以莫逆，相忘于无形者。”（注：钱穆《中国近三百年学术史》第355页。）钱穆指出，东原游扬州而结识惠栋，此后东原论学宗旨即由徽学之尊宋述朱一变而为近于惠栋的反宋诋朱。因此，结识惠栋当为戴震思想转变之至要者。钱氏又指出，惠栋的《易微言》言“理”字与戴震甚近，故云“惠戴至近，何必远寻之颜李耶？”（注：钱穆《中国近三百年学术史》第357页。）
    今按，胡适、钱穆二人所考戴震《孟子定义疏证》及《原善》之思想源起，从思想内涵分析的角度看，似以钱氏所论差近实耳。但胡适据段玉裁《年谱》所论戴震与程廷祚之交往，而谓东原受绵庄影响，此亦并非无稽之谈。问题在于，厘清戴震的思想渊源固然重要，但如何评价戴氏的思想似更为重要。我们看胡适从分析戴震的天道观入手，绵延而及戴氏的性论，并时时以之与宋儒的理气二元论以及从中引发出来的“天理人欲之辨”相对比，胡适的要旨，在于伸张戴震所批判的“以理杀人论”。戴震说：“六经孔孟之言以及传记群籍，‘理’字不多见。今虽至愚之人，悖戾恣睢，其处断一事，责诘一人，莫不辄曰‘理’者，自宋以来，始相习成俗，则以理为如有物焉。得于天而具以心，因此心之意见当之也。于是负其气，挟其势位，加以口给者，理伸；力弱气慑，口不能道辞者，理屈。呜呼，其孰为以此制事，以此制人之非理哉！”“呜呼！今之人其亦弗思矣！圣人之道，使天下无不达之情，求遂其欲而天下治。后儒不知情之至于纤微无憾是谓理。而其所谓理者，同于酷吏之谓法。酷吏以法杀人，后儒以理杀人，浸浸乎舍法而论理，死矣！更无法救矣！”胡适据此批评宋儒道：
    “理学家把他们冥想出来的臆说认为天理而强人服从。他们一面说存天理，一面又说去人欲。他们认人的情欲为仇敌，所以定下许多不近人情的礼教，用理来杀人，吃人。譬如一个人说：‘饿死事极小，失节事极大’，这分明是一个人的私见，然而八百年来竟成为天理，竟害死了无数无数的妇人女子。又如一个人说：‘天下无不是的父母’，这又分明是一个人的偏见，然而八百年来竟成为天理，遂使无数无数的儿子媳妇负屈含冤，无处伸诉。八百年来，‘理学先生’一个名词竟成了不近人情的别名。理与势战时，理还可以得人的同情；而理与势携手时，势力借理之名，行私利之实，理就成了势力的护身符，那些负屈含冤的幼者弱者就无处伸诉了。八百年来，一个理字遂渐渐成了父母压儿子，男子压女子，君主压百姓的唯一武器。渐渐造成了一个不人道，不近人情，没有生气的中国。”（注：《戴东原的哲学》第56页。）