这里，钱氏用“入其室而操其戈”，以其人之道还治其人之身的方法深深地刺中了康有为一派今文家治学的理不符实，“知”、“行”相分的要害，足令康有为辈为之掩口无对。又如钱氏讥弹康有为倒填《大同书》著书年月，称此为“篝火狐鸣”，“所谓国师公（指刘歆）欲篡圣统而伪造经典，正不啻其自供状也。”（注：《中国近三百年学术史》第701页。）所论极酣畅淋漓。语虽尖刻，理却平实，康有为辈确是有可讥弹之处的。
    然而，钱著从学术上对晚清今文经学所论者多，从政治上对晚清今文经学派的批评却嫌不足。而晚清今文经学派恰恰是著眼于学术为政治服务的基本信条，以学术干政的。即是说，若仅仅或主要从学术本体出发，对晚清今文经学进行评论，而忽略了晚清今文经学的社会政治效果，那是有失全面的。在这一点上，梁启超似乎比钱穆看得要准。梁著论龚自珍谓：
    “晚清思想之解放，自珍确与有功焉。光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。初读定庵文集，若受电然。稍进，乃厌其浅薄。然今文学派之开拓，实自龚氏。”这就是完全从政治宣传而非学术的角度对龚氏进行的评论。而龚氏之价值，亦恰恰是在或曰主要是在政治宣传而非学术的一边。又如梁氏论康有为《新学伪经考》的影响有二：“第一，清学正统派之立脚点根本动摇；第二，一切古书，皆须重新检查估价，此实思想界之一大飓风也。”这也是主要从政治而非学术对康氏所作的评价。而当时反对康有为《新学伪经考》的人，无论是最早提出毁禁《新学伪经考》奏劾的余联沅（1894年），还是王先谦、叶德辉，（注：见《翼教丛编》卷四、卷六王先谦、叶德辉文。）他们也主要是著眼于《新学伪经考》的政治效果而非学术优劣立论的。这就从反面证明了康有为《新学伪经考》的主要价值确实是在政治而非学术的一边。从政治效果来看，康氏借《新学伪经考》和《孔子改制考》，找到了宣传其变法维新的政治主张在经学上的根据，维新变法运动亦缘此而起，对此当然应给予足够的重视和公允、全面的评价。钱著在这一方面所论甚少，表现了钱穆对晚清今文经学认识的不足。
    如所周知，钱穆对“疑古”思潮报着否定的态度。因为他看到了“打倒孔家店”口号的提出，否定中国传统文化思潮的兴起，实与疑古思潮有着密切的联系。事实上，以顾颉刚为代表的“古史辨派”疑古健将，亦确实都对晚清今文经学派，都对康有为报有相当的好感。他们的理论根据，也多从晚清今文经学而来，多从康有为而来。因此，钱著主要著眼于学术的价值而非政治的意义，揭示晚清今文经学派治学的武断难据，此亦“拔本塞源”之举。然而钱穆虽然著眼于“学术”论晚清今文经学，而其底蕴实乃亦仍然由“政治”而起，此与晚清今文经学之以学术论政干政，非貌异而神同者耶？