另一方面，针对上述指控，出现了一系列以这样或那样方式为庇护十二世辩解的著述。综观这些著述，其论点大致可分为三类。一类是强调教廷对于交战双方采取不偏不倚的所谓“中立”政策，因此不能轻易表态。比利时学者克萨维埃·德蒙特克洛斯在《面对纳粹主义和斯大林主义的基督徒--极权的考验（1939～1955年）》一书中（巴黎，1983年）认为，那个时期梵蒂冈外交政策的基调之一乃是“和平的渴念”。也就是说，教廷当时竭力避免有偏袒交战某一方之嫌的表态，从而保持有可能作为双方调停人的中立立场，以有利于停止战争，结束一切暴力和恐怖。充当各国政府之间的理想的调停人，历来是梵蒂冈和教皇外交政策的一个基本信念。不介入各国之间的争端，不偏不倚地在它们之间进行斡旋，这几乎是作为一个超国家实体的梵蒂冈教廷的怀旧情结。在教廷和教皇看来，从1939年开始把世界各国卷入其中的第二次世界大战恰恰需要这样一种超国家权力来发挥不偏不倚的仲裁者的功能。这样的理念十分明确地见诸于庇护十二世和先后出任教廷国务卿的加斯帕里和塔蒂尼的许多言论之中。例如，德国法西斯占领波兰后，波兰教会和主教们强烈呼吁教廷公开表态，谴责纳粹暴行。教廷对此的反应是坚持不发表公开声明。塔蒂尼在当时辩解道：“首先，教廷以某种公开文件来谴责和抗议如此多的不公正行为，看来是不适宜的。并非是因为缺乏证据，也并非是因为这样的谴责不属于教廷（作为自然法的最高维护者）的权利和义务范围，而是现实的种种理由要求--至少是现在--避免这样的公开声明。事实上--鉴于当前的环境--教廷的某种公开谴责很可能被冲突的一方广泛用于政治目的。而且，感到受伤害的德国政府毫无疑问可能会做应该做的事情，亦即进一步加强对于波兰天主教的迫害，从而用一切方法阻止教廷同波兰主教团有所接触和实施现在可能完成的--不论其形式多么微弱--仁爱行动。”
    惟其如此，意大利历史学家安德列亚·里卡尔迪在《教皇的权力--从庇护十二世到约翰-保罗（天主教会通译为若望-保禄）二世》（罗马-巴里，1993年）一书中认为，不应把对于纳粹屠杀犹太人或者战争恐怖保持沉默的历史责任归咎于庇护十二世个人。正如一位美国历史学家所说，在屠杀犹太人事件上，美国的政策本身有纵容之嫌，也应负多方面的责任。当时的环境要复杂得多。教皇庇护十二世没有选择直接捍卫人权的途径，而是选择中立，从而使教会成为一个避难空间，要求各地主教团肩负起直接的责任，以利于和平，构建结束战争的道德和政治条件的框架。这种态度是同梵蒂冈的外交传统完全一致的，虽然直到战争结束之时不能不说这种政策和态度是失败和不得人心的。
    另一类辩护观点是强调面对嚣张一时的德国法西斯，教皇和教廷本身也是岌岌可危，如果发表公开声明对纳粹暴行进行谴责，不但无济于事，而且可能使事态更加恶化。从实际效果来看，教廷的沉默反而使各国的教会成为犹太人和其他受迫害者的名符其实的避难所，保护了众多犹太人的生命。例如，恩格尔－雅诺西的《在法西斯主义与纳粹主义之间的梵蒂冈》一书（佛罗伦萨，1973年）就是此类观点的代表性著作之一。他强调需要以比较符合实际的观点来解释教皇的政策。恩格尔－雅诺西写道：“存在着说明庇护十二世的‘外交’方式极为有效的某种令人惊异的证明：由于这种方式在罗马将近90%的犹太人能够得到拯救；而在局势有所不同的荷兰，那里圣俗人员反对纳粹暴政的公开抵抗比较激烈，却有79%的犹太人殉难。”即使一些犹太人作者也持这样的观点，例如曾经当过以色列驻米兰总领事的E.拉皮德在《最近三任教皇与犹太人》（伦敦，1967年）一书里强调，教廷在第二次世界大战期间给予犹太人的帮助比包括红十字会在内的任何一个西方人道主义组织都多。根据他的计算，庇护十二世直接或者间接地拯救了86万犹太人的生命。
    第三类辩护观点是强调庇护十二世和教廷的沉默同反犹主义没有关系，而是出于这位教皇个性怯懦。例如，英国学者瓦尔特·拉克尔的《骇人听闻的秘密》（伦敦，1980年）一书一方面表示坚信梵蒂冈通过“高层组织与十分广泛的国际接触”，“比欧洲其他任何机构消息更加灵通”，对纳粹屠杀犹太人的所谓“最终解决”计划不可能不知情；另一方面又申述教廷之所以不公开表态，乃是庇护十二世有不得已的苦衷。这位英国神甫和历史学家写道：“这种情况也许是怯懦所致，而非反犹主义。如果说梵蒂冈连对于数以百计的波兰神甫也没有能伸出援助之手，听任他们惨死在奥斯维辛集中营里，那么企望它为了犹太人而表现得更加勇敢和积极，显然是不现实的。”在同样的意义上，英国著名的教会史专家欧文·查德维克在《二战期间的英国与梵蒂冈》（剑桥，1986年）一书中认为：“庇护十二世远不是一个冷酷无情的（我是想说，意味着冷血和毫无人性）外交家，而是我有幸在漫长的一生中见到的最有热血人性的、仁慈的、富有同情心的（而且也是圣徒般的）人物。我深知他那敏感的人性尖锐地不断体验着战争所造成的人类痛苦的全部悲剧，他会毫不犹豫地准备为人类免遭其后果之害而乐于献身。而且，这同民族和信仰完全无关。但是，他实际上能够做什么呢？”在查德维克的笔下，庇护十二世的形象虽然生性怯懦，但敏感而高尚，其所作所为无不怀着善良的动机，无奈陷入了一个无法预料的困境之中，进退维谷。
    尽管存在着不断的争论，梵蒂冈教廷却一直在为庇护十二世“封圣”进行积极准备。为庇护十二世“封圣”的过程无论在教会内外都是一个有着强烈政治色彩的行动。如果庇护十二世的“封圣”能够如愿以偿，那么庇护十二世的政策将得到明确的肯定，不但认可了现代教皇权力意识形态，而且为庇护十二世在第二次大战时期的举动抹上了圣光。这个动议始于1964年，当时梵蒂冈第二届大公会议中主张教会改革的神甫们提出一项动议，起立鼓掌要求为梵蒂冈第二届大公会议的筹备和组织者、刚刚去世不久的教皇若望二十三世“封圣”，试图以这样的方式来绕过可能需要几个世纪的过长的封圣过程。这些神甫将此视为梵蒂冈第二届大公会议的改革精神的体现。当时的教皇保罗六世为了阻止这个动议的实施，通谕由教廷册封圣人部正式启动同时为前两任教皇--庇护十二世和若望二十三世封圣的准备工作。由圣方济各会负责为若望二十三世立传，而耶酥会则负责为庇护十二世立传。尽管正式的“圣传”还未面世，但“教皇永无谬误”的原则似乎依然是不可动摇的。这从现任教皇约翰-保罗二世关于庇护十二世及有关争论的多次表态中已见端倪。约翰-保罗二世虽然在改善教廷同犹太人的关系方面采取了若干主动步骤，曾两次访问罗马的犹太教会堂，并在其1998年3月12日发表的《我们铭记不忘：关于大屠杀的反省》的讲话中为基督教反犹的历史表示忏悔，但同时又为庇护十二世在第二次世界大战期间的行为竭力辩护，声称庇护十二世没有任何事情需要道歉，他所做的一切皆光明磊落，值得自豪。约翰-保罗二世说道：“教皇庇护十二世的外交睿智，在许多场合得到富有代表性的犹太人组织和人士的公开承认。例如，代表意大利犹太人委员会的约瑟夫·纳坦博士于1945年9月7日发表声明：‘无论如何，我们承认教廷和执行教皇指示的基督教善男信女们清楚地认识到是他们的兄弟在遭受迫害，他们努力而无畏地急忙向我们伸出援助之手，全然不顾他们面临的可怕风险。’”