由于钱穆主张古史体系为自然的演进而非人为的造伪，所以他对当时的疑古派采用今文家说把大规模的作伪统统诿之古人的作法进行了批评，“传说来源非全无因”，“后人不得其说，而缘饰之以理想之高义。更后之人益不得其说，则谓全属古人之妄造。古今人不相远，岂应古之学人专好造谣乎？”（注：钱穆：《唐虞禅让说释疑》，《古史辨》（七）下册，第295页。）“近人全认传说为伪造与说谎， 此所以治古史多所窒碍也。”（注：钱穆：《唐虞禅让说释疑》，《古史辨》（七）下册，第295页。）
    第四，关于上古史的研究方法。
    30年代，钱穆执教北京大学，主讲上古史。面对弥漫学术界的疑古思潮，他在讲台上却宣称，讲上古史“若亦疑古，将无可言。”钱穆认为研究上古史应“通观大体”，不可对古史作“过细推求”。因为自西周逆溯而上，历商夏唐虞，乃至远古，人物无可详说，年代亦渺茫难稽，故不能仅凭年代、人物、制度学术去细推古史。为此他作了如下分析：
    （一）因古代文化演进尚浅，不够按年逐月推求。
    （二）因古代文化演进尚浅，人物个性活动之事业尚少，若专从人物言行上研求古史，则仍是三皇五帝禹汤文武周公一套旧观念，不免多带有神话教训之意味，亦不得古史真相。
    （三）因古代文化演进尚浅，并不如后代有种种政治制度学术思想等与之并起，若从此方面来研寻古史，仍不脱汉代经学家三代质文相禅种种假想之范围，所谓儒者托古改制，亦不能得古史之真相（注：参见《国史大纲》上册，第5页。）。
    那么如何来研究上古史呢？钱穆主要从如下几个方面作了探讨。
    其一，古籍所载的神话传说经过史家主体的重新审订和解释可以用来研究上古史。钱穆认为对古籍所载的神话传说过于迷信固然不妥，但也不应轻易否定。因为“传说之来，自有最先之事实为之基础，与凭空说谎不同”（注：钱穆：《唐虞禅让说释疑》，《古史辨》（七）下册，第294页。），故研究上古史“从散见各古书的传说中去找寻， 仍可以得一个古代中国民族情形之大概。”（注：参见《国史大纲》上册，第5页。）钱穆虽然主张用神话传说来研究上古史， 但他又反对对神话传说不加分析地全盘采用。因为上古的神话传说虽然包含有可信的成分，但是由于经过多次演变，许多已逐渐失去了原来的含义，加之又经过后人各以己意粉饰说之，遂致多歧。因此，史家应对古籍所载的神话传说加以重新的审订和解释。诚如所言：“上古神话为一事，历史真相又为一事。决不能以上古传说多神话，遂并其真相不问。若上古史之真相不显白，则以下有无从说起之苦。”（注：钱穆：《评夏曾佑〈中国古代史〉》，《大公报》1931年3月11日，署名“公沙”。）
    其二，通过考察古人活动的地理区域来推寻我民族古代文化活动之大概。钱穆指出：“治古史，考详地理是一绝大要端。春秋以下，尚可系年论事。春秋以前，年代既渺茫，人事亦精疏，惟有考其地理，差得推迹各民族活动盛衰之大概。”（注：钱穆：《提议编纂古史地名索引》，《禹贡》第1卷第8期（1934年）。）所以他又十分重视古史地理的研究，力主把先秦古籍所载的古史地名具体落实到地面上，从古代历史上异地同名来探究古代各部族迁徙往来之迹，从山川形势来解说和分析当时各氏族的活动区域以及各族间离合消长之情势，进而论证各地区政治、经济、人文演进的古今变迁，为研究上古史提供一些“至关重要应加注意”之证据。
    钱穆虽然十分重视古史地理特别是古籍所载的地名、方位对于古史研究的重要性，但是他又认为对之绝不可盲目全信，也应作“审细考订”，以便重新作出合理的解释。早在1934年钱穆在《提议编纂古史地名索引》一文中，不仅从地名来历、地名迁徙、地名演变等方面论证了探检古史地名的基本原则和方法，而且还强调指出：“治古史的应看重考地的工作，而考论古史地名尤关重要的一点，即万勿轻易把秦以后的地望来推说秦以前的地名，而应该就秦以前的旧籍，从其内证上，来建立更自然的解释，来重新审定更合当时实际的地理形势。”（注：钱穆：《提议编纂古史地名索引》，《禹贡》第1卷第8期（1934年）。）钱穆以《史记》所载黄帝活动的地理区域为例对之作了具体的考察。据《史记》记载，黄帝部落的活动范围“东至海，西至空桐，南至江，登熊湘，北逐荤粥，合符釜山，而邑于涿鹿之阿。”后人“疑其行踪之超，近于神话”。钱穆对此具体解释道：“崆峒本在河南境，熊湘与崆峒同在一省。釜山即覆釜山，一名荆山，与华潼为近，所谓黄帝采首山铜，铸鼎荆山是也。黄帝又与神龙战于阪泉之野，阪泉在山西解县盐池上源，相近有蚩尤城、蚩尤村及浊泽，一名涿泽，则即涿鹿矣。然则黄帝故事，最先传说只在河南、山西两省，黄河西部一隈之圈子里，与舜禹故事相差不远。司马迁自以秦汉大一统以后之目光视之，遂若黄帝足迹遍天下耳。此就黄帝传说在地理方面加以一新解释，而其神话之成分遂减少，较可信之意义遂增添，将来若能与各地域发掘之古器物相互间得一联络，从此推寻我民族古代文化活动之大概，实为探索古史一较有把握之方向也。”（注：《国史大纲》上册，第5页。 又见钱穆：《黄帝故事地望考》，《禹贡》第3卷第1期（1935年）。）
    其三，用地下出土的实物材料来研究古史。自王国维提出二重证据法以来，用地下出土的实物来研究古史风靡学界。钱穆对此方法也颇为推崇，认为“最近数十年来地下发掘的古器物与古文字，大体上是用来证明……古史记载的。”（注：钱穆：《中国文化史导论》，上海三联书店1988年影印本，第20页。）