第三，严令办案人员依法办案。4月4日， 贝利亚发布了《关于禁止对被捕人员采取任何强制和体罚措施的命令》。《命令》指出，经调查，在原国家安全部机构的侦查工作中存在着粗暴歪曲苏联法律、逮捕无辜公民、肆意伪造侦讯材料、大量采用各种惨无人道的刑讯手段等情况。“这种残暴的‘审讯方法’造成的结果是，许多无辜被捕者被侦讯人员搞得体力衰竭，心力憔悴，其中有些人被折磨得不成人样。作伪的侦查员利用被捕者的这种状态，把事先炮制好的所谓反苏、间谍、恐怖活动的‘供词’偷偷塞给他们。这种恶劣的侦查方法把办案人员的工作引上了歧途，国家安全机构也转移了与苏维埃国家的真正敌人作斗争的注意力。”有鉴于此，命令在内务部机构中对被捕人员不得采取任何强制和体罚措施，在侦查中严格遵守刑事诉讼法准则。办案人员“今后若违反苏联法律将最严厉地追究责任，直至不仅将直接责任人而且将其领导者送上法庭”。
    第四，严格限制内务部特别委员会的权力。6月15日，贝利亚向中央主席团提交了《关于限制苏联内务部长下属特别委员会权力的报告》和《苏共中央主席团关于苏联内务部长下属特别委员会的决议草案》、《苏联内务部长下属特别委员会条例草案》等几个文件。在《报告》中，贝利亚首先指出了1934年11月5 日苏联中央执行委员会和人民委员会决定在国家保安机关内设立特别委员会时所授予给它的几项权力，接着又一一指出了在此后的岁月里由国家最高权力机关和中央政府所授予它的其他诸项权力，然后他写道：“这种情况导致的结果是，苏联原国家安全部滥用授予它的广泛权力，在特别委员会上不仅审理了出于办案和国家利益考虑不能移交司法机关审理的案件，而且制造了没有充分证据的假案。考虑到从国家利益出发没必要保留授予特别委员会的权力，苏联内务部认为必须限制苏联内务部长下属特别委员会的权力，只允许它审理出于办案和国家利益，考虑不能移交司法机关的案件，并依据现行的苏联刑法，采用不超过10年的在监狱、劳改营关押或流放的惩治措施。同时，苏联内务部认为，应当重新审议由联共（市）中央、苏联最高苏维埃主席团和部长会议最近几年颁布的与苏联刑法相矛盾的苏联主管机构的命令和决议，以及授予特别委员会的广泛惩治职能。”
    在《条例草案》中， 贝利亚写道：“出于办案和国家利益考虑不能在司法机关审理的案件，经检察长批准后送特别委员会审理”；“若苏联总检察长不同意特别委员会的裁决，他有权向苏联最高苏维埃主席团提出抗诉。在此情况下，特别委员会的裁决在审议总检察长的控诉之前暂停执行。”
    然而，当中央主席团开会讨论贝利亚关于限制特别委员会权力的建议时， 赫鲁晓夫却在莫洛托夫和卡冈诺维奇的支持下公开表示反对这一建议。他说：“我坚决反对这样做，因为这样就要修改整个逮捕、审判和侦查体系。它是随意性的。而关于判决20年或者10年的问题，并没有特别的意义，因为可以先判10年，然后再判10年。已经有过这样的事。我们收到一些文件说，实际上有这种方法存在。因此，我坚决反对。”在此情况下，贝利亚只好收回自己的这一建议。一个月后，赫鲁晓夫在揭批贝利亚的七月中央全会上发言时解释说，他之所以“坚决反对”，是因为“贝利亚没有提出撤销特别委员会，而要保留它”。
    大赦百万犯人
    3月26日，贝利亚向苏共中央主席团提交了《关于大赦的报告》，第二天，又提交了《苏共中央主席团关于大赦的决议草案》。《报告》说，目前在劳改营、监狱和劳改队关押的犯人共为2526402人， 关押的数量之所以如此之多与过去一些不合理的法令有关。实际上，“他们当中有很大一部分人并不是因为对社会造成严重危害的罪行被判刑的，其中包括妇女、少年、老人和病人”。报告指出，长期的关押使犯人脱离家庭和习惯的工作与生活条件，使他们和他们的家庭、亲人处境非常困难，“常常造成家庭破裂，严重影响他们今后的整个生活”。此外，大多数犯人在劳改营表现良好，劳动态度认真，可以回到诚实的劳动生活中去。鉴于上述，从关押地释放约一百万名犯人是适当的（多为刑期在五年以下的犯人）。
    《报告》还建议对判刑五年以上的人减少一半刑期，同时建议，重新审议刑法，即用行政性和纪律性措施取代经济罪、渎职罪、日常生活方面的罪行以及危害性较小的其他罪行的刑事责任。“如果不重新审议刑法，一两年之后，被关押人员的总数又会达到250万至300万人。”
    3月27日当天，苏联最高苏维埃主席团召开会议，专门讨论了“大赦”问题，并颁布了根据贝利亚的“报告”和“决议草案”写成的《关于特赦的命令》。根据这项命令，共有1201738人获得大赦，另有40万人的案子停止了侦查。
    反对个人崇拜
    斯大林去世后还不到一个月， 贝利亚便和马林科夫在揭露斯大林的罪行和批判个人崇拜问题上达成了默契。于是在复查“克里姆林宫医生间谍案”和为其平反的过程中，贝利亚就让中央委员们阅读了自己有关这一案件的复查报告，《报告》中引用了前国家安全部侦查人员的供词和斯大林要求毫不留情地殴打囚犯的指示。4月2日他在《就米霍埃尔斯被害问题致苏共中央主席团的报告》中，更是直接指出斯大林是刺杀犹太人反法西斯委员会领导人米霍埃尔斯的主谋。《报告》写道：“关于这次犯罪行动的进行情况阿巴库莫夫供称：‘据我所记得的，在1948年苏联政府领导人约·维·斯大林给了我一个紧急任务--由苏联国家安全部工作人员迅速安排干掉米霍埃尔斯，此事可委派专门人员执行。当时已得悉，米霍埃尔斯已经同他的一位其姓名我不记得了的朋友一起到了明斯克。当将此情况报告约·维·斯大林时，他立即指示就在明斯克以不幸事故为掩护干掉米霍埃尔斯。也就是说，让米霍埃尔斯及其同伴死于汽车轮下。在这次谈话中还逐个精选了可以委派去执行上述行动的苏联国家安全部领导工作人员……当米霍埃尔斯已被干掉并将此情况报告约·维·斯大林的时候，他高度评价了这一措施并吩咐奖以勋章，此事业已照办。’”而马林科夫则打算在这个月份（4月）召开中央全会来谴责个人崇拜，在保存下来的马林科夫的讲话初稿中有这样的文字：“……出于这些原则上的考虑，苏共中央主席团提请苏共中央全会审议以下决议草案：‘苏共中央委员会认为，我们的报刊和口头宣传中存在着不正常的现象，其表现是，我们的宣传工作者迷失了方向，对个人在历史中的作用产生了非马克思主义的认识，开始宣传个人崇拜。有鉴于此，苏共中央委员会认为，必须谴责和彻底消除我们宣传工作中这种非马克思主义的、实际上是社会革命党的倾向，其表现形式是宣传个人崇拜，同时轻视党和政府团结一致的、统一的集体领导的意义和作用。’”
    然而，这次中央全会最终并没有召开， 马林科夫还是没有勇气去损害斯大林的形象。但贝利亚却没有停止行动，就在这个月份（4月），根据贝利亚的指示，报刊停止了对斯大林的歌颂，以至前几年每天每页40次至60次提到斯大林的《真理报》，自此难再见到斯大林的姓名。5月9日，苏共中央主席团根据贝利亚的倡议，通过了《关于国家节日期间游行者纵队和企业、机关、团体建筑物装饰的决议》，其中规定，在国家节日期间不再用领袖画像来装饰游行者的纵队和各种建筑物。但在揭批贝利亚的1953年七月中央全会上，贝利亚反对个人崇拜的言行却遭到了激烈抨击。米高扬说，贝利亚这个恶棍“在斯大林死后的最初日子里就主张反对个人迷信”。安德烈耶夫说：“不知从哪里冒出了一个个人崇拜问题。为什么要提这个问题？要知道它在马克思主义的著作中早就解决了……而现在却冒出了关于个人崇拜的问题。这是贝利亚搞的鬼。”这时伏罗希洛夫在座位上大声喊：“对。”于是7月2日，苏共中央主席团作出决定，撤销它5月9日作出的那个决议。