1860年第二次鸦片战争结束至1900年八国联军侵华战争爆发，这中间的四十年，是清政府对在华基督教被迫实行宽容政策时期，也是基督教在中国遭受长期禁止后全面恢复活动的最早四十年。教士、教徒的数量激增，民教、政教联系普遍加强。在这段时间内，清政府对基督教采取了许多新的管理政策。这在中国政府整个基督教管理史上是前所未有的。本文试就这些政策的具体内容、特点、分期和执行效果作一探讨。
    从1844年中法《黄埔条约》签订起，持续到1858年《天津条约》，特别在1860年中法《北京条约》签订中，清政府在无可奈何中承允了在中国信仰、传播基督教的自由。中法《北京条约》是1860年整个晚清政府管理在华基督教事务的根本原则。
    1860年后，法国传教士和仿效法国的各国传教士深入中国沿海内地的广大乡村城镇，以合法身份活动，足迹几乎无所不至。各地教民也取得合法地位，日趋活跃。传教士和教民的这些权力都是依仗两次鸦片战争中西方列强对中国的武力征服而取得的。这种在不平等条约保护下的活动，必然会刺伤中国地方官员和民众的民族感情，双方的矛盾、冲突不可避免。再加上当时国门初开，西风新渐，除了上海、广州等开放较早的口岸外，全国绝大多数地方民众对基督教这种迥异于中国传统文化的外来文化现象很难接受，精神上的反感和行动上的抵触也就不可避免。这两个“不可避免”实质上是中华民族和帝国主义民族矛盾的具体表现，它导致层出不穷的教案，使当时的地方治安和中外关系都受到极大冲击。这就是十九世纪最后四十年清政府对基督教管理政策的社会背景。当时的晚清中央政府为求得内无动乱、外无战争、确保统治地位，就不得不以企求国内社会状况的稳定和国际外交关系的融洽，作为管理基督教政策的基本原则和主要目标。在此指导下晚清政府不再满足于只靠1844-1860年间外交条约上基督教事务的几条粗线条相关条款和几道弛禁上谕，而是逐步制定出更细致周密、具体完善的制度章程。
    清政府在这段时期（1861-1899年）对基督教的管理政策主要集中于制定条款、确立法制上。大致可以1870年天津教案、1896年总理衙门“严定教案章程”和“教案赔款章程”为界线，分为三个阶段。
    第一阶段：初步管理，制定指导政策（1861-1870年）
    1861年以后是基督教“信仰自由”开始时期，各地教会初步恢复，教案不断出现，清政府对此没有防备，未及重视。加上这段时期国内阶级斗争炉火炽热，太平天国和捻军的斗争前赴后继，清政府为保住自己的江山，无暇顾及相对细小的宗教问题，但总得过问，进行的是初步管理。主要内容是由总理衙门向各省颁布的三次章程性文件，其主要特点是确立一些指导性政策。
    1.1861年4月11 日总理衙门的《通行传教谕单并咨行教民犯案办法》，次年2月7日总理衙门的《发给传教谕单样式并禁止摊派教民迎神演戏等费及教士不干予公私事件》。前者是由法国公使起草，总理衙门加盖公章，交付给各处传教士，以为在各处传教的凭证。除转载了《天津条约》、《北京条约》的相关内容外，还注明了教士在中国只能劝人为善、专心传教，不得干予公私事件的限定。咨行教民犯案办法就是总理衙门针对于此而授权各地官员的依据，遇有“教士干予公私事件者，亦应照谕驳斥不准”。并“尽咨本衙门援办，以便移法国驻京公使惩治”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。这份通报是《北京条约》后，清政府对在华基督教的第一份专题处理意见，其中教民犯法与非教民同罪，教士不得干予地方行政两点成为后来几十年间处理民教纠纷的基本要求。后者除重申内容外，还根据基督教的宗教特性，参照酿成教案的原因，特别申明今后各地“除差徭一切公费仍应令教民一律应差摊派外，如迎神演戏等事不必与该教民深为计较，强行摊派”。这条规定是从尊重基督教宗教感情出发，是明智和正当的。但由于当时民风尚较闭塞，很多群众一时不能接受，加上不法教徒对此趁机加以滥用，民间祭祀庆典等风俗还是在许多地区继续引发许多教案纠纷。如同年2月13日发生的贵阳开州教案即缘于此（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    2、1862年10月17日，总理衙门制定《保护教民章程》。 这部章程共三条，着重在教徒的身份、素质和教会的权力上作了限制。第一条规定“以后实系良民，方许入教”。这样是为了保证教会“劝人为善”的纯洁性，以防歹徒依教作恶，于民于教都有利益。巴黎外方传教会邓明德神父在云南就依此规定，在收录教徒前严格甄别，为其传教和当地民教相安创造了条件（注：《中国天主教史人物传》，方豪著，第290页。）。但这样的事例是少数。 第二条是为了维护各地统治秩序，规定教士教徒必须尊重各地礼仪，不得因教会而藐视地方官员，不服从管理。第三条是再次重申民教纠纷，地方官必须持平公断，教士不得干预地方词讼（注：《筹办夷务始末》（同治朝）卷九第27-30页。）。
    3、1865年3月，总理衙门颁布《教士买地建堂契内应载明卖作本地天主堂公产》和《柏德美协定》。外国传教士于1860年以后往往曲解中法《北京条约》，大肆逼还、强购、抢占田地房产，侵占了中国大量财产，激化了各地民教矛盾，造成众多教案。为此总理衙门在和法国公使柏德美商定后，于1865年2月20 日给法国公使发出《法国教堂入内地买地照会》（即《柏德美协定》），并于3月给各地官员发布专文。 内容都是要求“传教士如买地建堂，其卖契内只应载明卖作本处天主教堂公产字样。若系洋人在内地置买私产与条约不符合，仍应禁止”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。 这条要求在后来具体执行中并未能确实阻止外国教会侵吞中国房地产，到十九世纪末，天主教在江南一带占地共约二百万亩（仅松江县属的佘山即有六万余亩）（注：《传教士与近代中国》，顾长声著，第100页。），1910年时，法、英、美、 德国教会在四川占地17386亩，房屋864所又419间（注：《近代中国教案研究》，四川社科院出版社1987年版，第348页。）。