4、1898年9月14日，总理衙门通行各省《设立保甲，认真保护教堂并定绅董处分办法》。都察院左都御史裕德上奏，从清朝政府立场出发提出自己消弭教案的三条主张。经总理衙门审议，上报光绪帝“硃批”后通行全国，成为清政府对基督教的一项固定政策。这三条主张分别是：防范宜周。现有教堂之处，由地方官择地设立保甲，成立保甲局（或董事局），负责保护教堂、教士，并调解教士、教徒和当地绅民的矛盾。劝导宜力，设局选董，将历来处理教案办法剀切讲说，使民间转相传述，家喻户晓。并实施奖惩：即对民教相安，和平共处之地的绅董予以奖励；对民教不和，发生教案之地的绅董以“保护不力”责任予以惩罚（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    5、1899年3月4日，总理衙门通行各省《地方官接待主教教士事宜》。1896年以后，教案愈来愈频繁，赴京告状的传教士愈来愈多，各国公使接案后都转照总理衙门。总理衙门为此穷于应付，不得已于1899年3月4日颁发《地方官接待主教教士事宜》，提高外国传教士在华社会地位，确认他们分别和各级地方官享有同等品级，以便与各级地方官一起就地解决教案纠纷。文件共分三部分，主题集中于第一部分：“分别教中品秩。如总主教或主教其品位既与督抚相同，应准其请见督抚。摄位司铎大司铎准其请见司道。其余司铎准其请见府厅州县各官。自督抚司道府厅州县各官亦按照品秩以礼相答”。这条政策既标志着基督教自传入中国以来政治权力、社会地位的明显提高，也标志着清政府自1844年12月14日第一次宣布对基督教“有限驰禁”以来向层层让步、逐步投降政策迈出的关键一步，终于承认把原来被“禁止”的对象纳入了现在的统治集团。基督教自此在中国近代史上走过了由“遭禁”变为“合法”再变为“参政”三个阶段。《接待事宜》的第二部分对第一部分补充说明：“凡请见地方官及专派办事之各司铎，均应泰西人充当”。刻意提高了外国传教士的地位，把中国司铎排除在外。第三部分是规定了教士和地方官相见时的一些具体礼仪（注：《东华录》（光绪朝）总第5861页。）。1899年这份《地方官接待主教教士事宜》成了基督教在中国活动史的转折点，也是晚清政府对在华基督教政策的大让步、大投降。它过于提高外国教士在中国的地位，只会激起中国官绅士民对他们的更大反感，激化原有的民教矛盾。因此这道政策不仅不能缓和矛盾，消减教案，收到预计结果，反激起更大更激烈的反而教斗争的爆发，正在蓬勃而起的义和团运动便是很好的证明。
    （二）结案标准
    1896-1899年间，清政府对基督教不仅制定上述防范性措施，而且确立了几条如若发生教案，如何审结的标准。这既是为了所谓“公正”议结，避免教会的任意指责，也是为了向地方官明确自身所担负的职责，迫使他们认真有效地保护教会利益，以免争端。措施共有三条：
    1、1896年5月24日，总理衙门向各省通饬《严定教案处分章程》。章程认为许多教案之所以越闹越大，牵涉面越加广泛，地方官员难辞其咎。“事前不能照约保护，临事又不能拿犯办凶”，这是许多地方官员的严重失职，是“每酿巨案”的重要原因，因此对他们明定章程，严加处罚是十分必要的。为此总理衙门依据御史陈其璋的建议，制定《严定教案处分章程》（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。从此，地方官辖内有教案就要被处罚已成明文定论。地方官在教会面前的地位威望实际被大大降低了，有的省甚至出现了“教士、教民与地方官并坐公堂”的现象（注：《张文襄公全集》第117卷第30页。）。山东巡抚李秉衡在“章程”颁布第二年，因巨野教案被革职，并“永不叙用”（注：《清史稿·帮交志》第4606页。）。
    1896年5月24日，总理衙门令各省通行《赔款章程》。
    每次教案结果，一般都集中于“惩凶”和“赔款”两方面。总理衙门在颁布《严定教案处分章程》的同时，还就今后赔款方式特别颁布了《赔款章程》。《章程》由两江总督刘坤一于1892年审理“芜湖教案”后的“赔款”方式转化而来。决定不管多少教案赔款，国家不再承担，悉数划给各地方政府，何处发生教案，何处自己负责赔偿。这种地方分赔之法既可减轻中央户部的财政支出，又可迫使地方官更加留神关心各地教会事务，避免教案发生。事与愿违，这种“赔款分担法”只能直接加剧当地农民的经济负担，从而导致他们对教会更大的反感和排斥，导致后来更多教案的发生和1900年义和团运动的大爆发（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    3、1890年7月，总理衙门咨行各省《嗣后办理教案，就案议结，不准旁索利益》。1897年，山东发生巨野教案（又称曹州教案）。德国借机占领胶州湾。次年3月，强迫中国签订《中德胶澳租界条约》，将胶州湾地区主权“以九十九年为限”租与德国，山东全省铁路矿务等事也尽被德国独揽（注：《中外约章汇编》，王铁崖编，第158、第738-740页。）。巨野教案成为德国侵华的直接军事行动、政治计划的一部分，成为外国列强直接干涉，瓜分中国的借口。1897年4月21 日，广西永安教案发生，三名法国传教士先后被村民击毙。法国政府也趁机以德在山东巨野教案中获利为例，取得了除“办犯、劾官、赔偿、建堂”四项好处外，又获“将北海至南宁铁路定由中法合办”的特权，为它瓜分广西做好准备。德法两国“教案先行、瓜分随后”的新做法引起清政府的重视。1898年5月，出使法国大臣庆常奉总理衙门三次指示，与法国外交部哈诺德反复商讨，最后迫使法国外交部于6月7日向庆常送递照会，答应“嗣后遇有应办教案，自应就案议结，不及他事。一切工商利益皆不籍端旁索。特为申明”。此照会当即被电传回国，总理衙门随后申请“谕批”，通咨各省，遵照执行（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    清政府自1861年以来的所有这些法制措施都是在各帝国主义国家的外交、军事压力下和中国人民反帝运动逐步高涨中制定的。所以这些措施始终不可能在管理基督教事务上发挥主动性、有效性，不能被确实贯彻执行，效果不明显。在清政府层出不穷的“防范性”政策一一出台同时，全国各地特别是四川、华北地区大小教案、民教纠纷也层出不穷，最终导致1900年义和团运动的大爆发，打断了自1861年以来，清政府对基督教所有政策、办法的执行。