第二阶段：全面贯彻条约，制定完善政策（1871-1895年）
    1870年的天津教案是1861-1870年间教案多发期的最大教案。结案后，总理衙门也自知此案太偏袒教会而使中国方面大受屈辱，民愤难平。为从长计议，“顾全各国和好大局，力求补救之法”，新的更完善的政策法规应运而生。其中，关键的是以下四条：
    1、1888年10月、12月，废除法国政府对意大利、 德国教会在华的保护权。一般认为1858年中法《天津条约》签定后，法国即取得了天主教在华保教权。此后不管何国天主教会在中国的纠纷案件均归法国政府处理，传教士在各地游历传教，也只有持法国护照才有效。但随着十九世纪七十年代，意大利、德国的国家统一，要摆脱法国的控制，他们向清政府要求废除法国对这两国在华教会的保教权。1888年10月9 日和12月22日，总理衙门分别照会两国政府公使，同意废除法国政府对这两国在华教会的保教权，分别划归各国自己保护。这虽然削弱了法国政府长期以来在中国的宗教干涉权力，但并未能根本废除外国政府在华保护权，对改善中国政府的基督教管理没有影响（注：《中外约章汇编》，王铁崖编，第158、第738-740页。）。
    2、1891年7月29日，总理衙门通饬《各省清查教堂式样处数造册咨部》。1890年至1891年间，长江一带从上游的四川大足、重庆，湖北宜昌、武穴到下游的安徽芜湖，江苏扬州、丹阳、无锡，教案风起云涌，此起彼伏。教会借机对中国敲榨勒索，因此总理衙门在1891年7月29 日特别通饬各省县地方，速将境内共有教堂几处、大小如何、属于何国、是洋式抑或华式、教士是何名姓、何国之人、堂内有无育婴施医各事分别确查，并按季册极总理衙门，以凭稽核。这道“普查教堂”政策是总理衙门总结多年审理教案经验后，对晚清传教政策的及时补充完善（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    3、1892年1月，总理衙门通饬各省《查禁匿名揭贴》。60年代起教案进入多发期。无论是由教士教民不法而导致，或是民间谣言误解所引起。总理衙门从消弭教案、稳定内政、缓和外交角度出发，不能允许这些“教案的导火索”存在，特于1892年1月发布公文，指令匿名揭贴等攻击基督教的宣传材料“不独有碍邦交，即中国内治亦宜严惩”，故通饬各属一体查禁（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    4、1895年9月23日，总理衙门向各省通饬《通行革除禁教明文》。1870年，刑部在重刻《大清律例》时，已经遵照“开禁”政策，剔除“禁教”条款（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。但是在1893年民间书坊编纂的《大清律例刑案统纂集成》中仍然刻有“禁止天主邪教”，引起了天主教士、教徒的极大不满。法国驻华全权公使施阿兰为此照会总理衙门。总理衙门在1895年9 月23日，通饬各省督抚即刻“出示晓谕各城乡书坊，将坊刻律例书内所载禁习天主教各节，一律查明销毁，以符约章”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    第三阶段：制定防护性政策，保护、 限制并行（1896 -1899年）
    1871-1895年间，全国民教矛盾并未因清政府所推行的这一套管理政策而和缓，教案继续不断发生，为扭转以前只是教案发生后被动应付的局面，1896年后对在华基督教新制定的政策主要集中在事前防范措施和事后结案标准两方面。
    （一）防范措施
    1、1896年10月7日，总理衙门向各地方官通饬《民教不能相安，亟宜设法消弭办法》。此《办法》分析历年来教案发生愈来愈频繁的重要原因是教民良莠不齐，不法之徒入教后，自然容易滋生事端。一旦出事，教士又不顾历次禁令，纷纷帮助教徒，要挟官府，曲断是非，促使民教矛盾更加尖锐。因此为了防止发生教案，此《办法》提出三条措施。除第一条教士所纳教徒，应择良善、黜奸莠和第二条教士不干预地方一切行政、词讼是老生常谈外，第三条建议今后派懂洋务交涉、知国际公法的人管理基督教事务。文件参照了当时御史潘庆澜的奏章，决定在以后分配同文馆毕业生和英、法、俄、德各国归来的留学生时，“视其所造，果能精熟律例公法者发往各省量才试用，使用于教案不无裨益”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。同文馆学生和归国留学生既懂外语又懂国际公法、外国民情，在当时对民教纠纷、中外交涉可谓是“专业人才”。总理衙门用他们来分管基督教事务，体现了“重视人才，学以致用”的特点。
    2、1897年2月，总理衙门向各地方官通饬《传教洋人遵约章，请申明条约》。此文件是总理衙门对翰林院侍读陈秉和一份奏折的回复，主要是认为教案层出不穷，难以控制的原因仍是教士不能全部领会、遵守有关政策，以致干涉公审，地方官不能公平断结。要“各直省将军督抚将各国条约，广为印刷，分颁各属。遇有教案，照约办理”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。
    3、1890年7月4 日，总理衙门通过《通商口岸防营弹压办法》。 1895年后，教案向东部集中，给沿海通商口岸众多的教堂和外国人生命财产带来威胁。为了不由此引起更多的外交纠纷，防微杜渐，总理衙门于1898年7月4日咨行各督抚、各地防营，在遇到有人攻击教堂时“弹压解散，消患未萌”。真的发生案情，即将该统将营官以弹压不力罪“指名参奏，以示惩儆”（注：《教案纪略》卷三（章程）第1、第2、第5、第14、第15、第16、第16、第23、第25、第28、第29-30、第22、第22、第29-30页。）。这道指令是第一次命令中国军队镇压教案，保护教堂。可见清政府种种措施都无法消除民教矛盾，已是穷途末路，不得不明文动用军事力量了。