1831年12月是贝格尔号第二起航，菲茨·罗伊舰长要为测量大地岛的南岸去作一次旅行，然后要访问南海中的许多岛屿，再经印度群岛返航。历时五年，从英格兰出发，穿越北大西洋到达南美洲，沿着南美洲的西岸航行，绕过南美洲的合恩岛后后进入南太平洋，再沿着南美洲的南岸航行，然后驶向加拉帕戈斯岛，之后再向南半球出发，到达澳洲的悉尼，沿着澳洲的南岸行驶到达霍巴特(澳大利亚塔斯马尼亚岛东南岸港市)，绕过澳洲后进入印度洋，绕道非洲的好望角进入北大西洋回英国。伟大的生物学家，进化论的创始人达尔文乘此船进行科学考察。
    
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    贝格尔号上有两个尉官：季·韦克姆和布·谢利万，一名医生，十名军官，一名水手长，四十二名水兵 和八名少年见习水手。此外，舰上还应有一名博物学家(查理·达尔文)，其次还有一个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，一名美术家和一名绘图员埃尔德，一名曾去过火地岛的传教士和三名火地岛人。
    这次探险的任务之一是研究和详细勘察南美洲的东西两岸。但是政治和经济任务则是这次航行的基本原因。当时的英 国，力求夺取南美洲的市场，力求促使英国的资本渗透到这个洲的各个国家的经济中去。因此，这次探险的所谓科学目的，只是英国用来掩盖自己在南美洲进行扩张的一个最方便的借口而已。
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