1953年3月21日，美民主党总统候选人史蒂文森“访问”台北，约孙立人会面。孙立人对史蒂文森说，马歇尔1946年对国民党贪污腐化、没有效率、众叛亲离的批评“绝对正确”，他表示：“国军”仍然是不错的，亦有望“反攻”大陆，但其领导层不行，台湾政府是一个充斥个人权力的老迈政权。孙立人的一番慷慨陈词并没有获得史蒂文森的任何承诺，相反，却为蒋经国的特务提供了“谋叛”的又一证据。1954年6月24日，孙立人被调为“总统府”参军长，实际上脱离了军队。同年12月，美台签订了“中美共同防御条约”，台湾成为美国封锁中、苏的“环太平洋岛屿链”中不可或缺的一环，蒋介石不再担心会因为清除个别亲美异己人士而与美国决裂。于是，“久蓄异志”的孙立人已成为他可以随时处置的俎上肉。

1955年5月25日，台湾陆军少校郭廷亮被捕，经审讯，他承认，时任“总统府参军长”的孙立人指使他在军中联络了大批军官，并派人侦察台北阳明山西子湾、“总统”官邸等敏感地区的地形，企图以武力实行“兵谏”。5月28日上午，蒋介石召见孙立人，说：“你以后少跟政客们来往。”孙说：“是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。”蒋说：“这次我要把你给孤立起来。”双方话不投机，不欢而散。6月6日，蒋介石在孙立人等人陪同下，前往屏东机场阅兵。阅兵后，立即产生流言，说有人企图在现场发难，扣留蒋介石，实行“兵谏”，以排除腐败，巩固台湾。

8月20日，蒋介石下令成立以陈诚为首的“九人小组”调查孙立人。同时，为了向舆论、特别是美国舆论显示公正，又下令成立监察院“五人小组”进行调查。1955年10月31日，台湾“陆海军军事法庭”对孙立人作出判决。从此，孙立人被软禁33年之久。这就是国民党退台初期轰动一时的“孙立人案”。1988年3月20日，台湾“国防部长”郑为元来到孙立人家中，告诉他：此后，他享有充分的自由了。3月22日，郭廷亮发表声明，说他当年是在“保密局”局长毛人凤的指使下诬陷孙立人的。1990年11月19日，90高龄的孙立人，在“总算在死前亲得以平反”的慰叹中与世长辞了。

2001年1月8日，台湾“监察院”通过决议，称孙案乃“被阴谋设局的假案”。领公款六十万台币充作孙案专门研究经费的“中央研究院”近代史研究所朱泫源教授，“进驻孙公馆翻遍了孙立人将军保存的所有文件，和国防部与总统府的所有机密档案文件，并未发现孙立人有任何不法行为”。台湾当局给孙立人“平反”，这是基于政治斗争的需要。事实上民进党处心积虑用张学良、孙立人这些几十年前的旧案来丑化国民党，这是历史研究为政党斗争服务的新鲜一例。孙立人是美国对台阴谋策略的牺牲品，目中无人的他处在那个年代，迟早要出事，何况他毕竟萌生过谋反念头。当时谷正文判断孙立人的部属郭廷亮等人有兵变企图，但为避免牵连孙立人受军法审判，当局使用了“匪谋自首”的罪名处理郭廷亮，这只是处理不当而已。因此，谷正文认为孙立人案并非罗织。然而，真正冤枉的是因孙案受株连的一百零七名旧部，其中三十五人判监十年以上，而被迫提前退役的部属更是数以千计。真正要平反的只是受株连者，而非孙立人本人。

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