四明山和太仓的造反者很快就被清朝官府镇压下去。朱慈炯的真实身份也被告发，官府赶往湖州长兴县逮捕朱慈炯的儿子和孙子，朱慈炯的妻女六人在家上吊自杀。抛家弃子的朱慈炯成为官府的通缉犯。而朱慈炯自出逃后，用“张用观”的名字在山东汶上李方远家隐匿躲藏起来，直到两年后被抓。

朱慈炯被捕后，押回浙江审讯。康熙皇帝非常重视“朱三太子案”，派侍郎穆丹作为钦差大臣前往杭州负责审讯。钦差穆丹和两江总督等高官亲自出面审讯朱慈炯。

问：“现在江南有两处叛逆谋反案，都说要扶立你为帝，恢复明朝。你知罪吗?”

朱慈炯答：“我今年已经七十五岁，血气已衰，须发皆白，哪还有力气造反啊?再说，我不在三藩作乱时造反，却在如今太平盛世造反，于情理不通。我平日对占据城池、积蓄屯粮、招买军马、打造盔甲等事情一无所知，从无参与。还有，我曾在山东教书度日，那里距京师很近，如果我有反心，怎敢待在那里?”

清朝官员又押解生俘的大岚山造反首领，让他来“拜见”朱三太子。这位造反首领看了半天朱慈炯，说：“我不认得此人，他是谁啊?”

官员大怒：“他不就是你拥戴的明朝三太子、定王朱慈炯!”

造反首领说：“嗨，我们只是假借朱氏皇子名义鼓动百姓而已，并不知三太子真假。”

最后穆旦等人也不能确定这个朱慈炯是否就是真的朱慈炯，只好将朱慈炯押解到北京，由康熙皇帝定夺。康熙亲自翻阅卷宗，钦定这次抓住的就是朱慈炯。康熙皇帝御批说：“朱三者乃明代宗室，今已七十六岁。伊父子游行教书，寄食人家。”可见康熙皇帝相信了朱慈炯的供状，但是康熙皇帝置朱慈炯年逾古稀、苦苦求饶的现实情况于不顾，判定朱慈炯有罪。刑部因此做出结论：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。”(朱慈炯虽然没有参加造反，也有想造反的心思。)最后清朝以“通贼罪”仍将朱慈炯父子全家处死。朱慈炯三代同堂，共赴黄泉。

包括康熙皇帝在内的多数人认为这个“朱三太子”是真的朱慈炯。他生于崇祯四年，死于康熙四十七年，终年七十八岁。但也有人认为此次抓住的朱慈炯也是假冒的。康熙皇帝为了早日将“朱三太子案”结案，匆匆找了个情况接近，稍微可信的人当替罪羊。在民间，百姓们依然相信朱三太子还活着，躲在某个乡间角落。康熙末年，台湾朱一贵发动大起义，一度控制全岛。朱一贵起义仍然尊奉朱三太子的名号。康熙皇帝的如意算盘落空了。

雍正二年，清朝找出一个名叫朱文元的镶白旗汉人，宣称朱文元就是明太祖第十三子、代简王的后裔。出于“政治团结”的需要，清朝封这个朱文元继承明朝皇室血脉，享受优厚的待遇，四时祭祀明朝皇陵。朱文元这一系，世代成了清朝的“政治花瓶”。雍正搬出一个朱文正后，仍然没有杜绝“朱三太子”的出现。雍正七年，有个叫李梅的人声称朱三太子没有死，而是流落到了海外。清朝广东总督亲自带兵抓捕李梅，李梅不知所终。此后国内的浙江、广西，国外的越南、吕宋等地都出现了朱三太子的踪迹，让清朝头痛不已。一直到乾隆年间，清朝入关超过百年，百姓对明朝的记忆已经淡忘，“反清复明”的号召起不了什么作用了，“朱三太子”才慢慢销声匿迹。

清朝早期有关“朱三太子”的风风雨雨，反复告诉后人：亡国太子必须死。不论是投奔哪一方，不论身处何时何地，没有人愿意他们出来分享政治权力，也没有人愿意他们隐居在民间成为政治隐患。

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