办法报告给蒋介石，蒋介石接到电报后，只在上面批了一个字：“存”，实际上是默许了南京方面的计划。

15日凌晨，蒋介石仍旧3点钟就已醒来，再也不得安眠，令他焦虑的依然是孙科和东北问题。眼见军事接收东北受阻，迫不得已，蒋介石思考再三后决定，将东北行营从长春迁移至山海关待命，同时撤回空运部队，并且由国民政府外交部照会苏联驻华大使，寄希望于通过外交交涉完成接收任务。在东北有可能落入苏联和中共之手的不利形势下，蒋介石将孙科“离渝飞京”的行为看作“行同潜逃”，在日记中批评孙科是“党内左倾”，指责他“待机取巧，企图组织傀儡”，以和苏联及中共互相利用为荣。

在蒋介石看来，当时“俄共夹攻，各方反动分子蠢动思逞”，孙科潜行是非常危险的，“如其果到上海，则东北对俄与华北共匪之形势”，就不易改变了，“甚至第二伪满傀儡之出现，即在最近之将来”。蒋介石担心孙科跑到上海后再到东北，组织亲共亲苏的政府，于是他下令给手下，无论如何要把孙科给“请”回重庆。蒋之命令既出，下属们劝说孙科无效，只能想出个近乎于“劫持”的方法，把孙科弄回了重庆。

15日下午，吴铁城来向蒋介石报告，孙科已回到重庆，但是他“不平、不愿、不服”。

孙科擅离重庆，除了与蒋介石政见不同这一原因外，还因为不满于他的二夫人蓝妮被捕却不允许他交保一事。

蓝妮是云南人，年轻、漂亮、聪明，是上海滩一朵著名的交际花。两人相识于1935年在上海的一次社交宴会，孙科对蓝妮一见钟情，先是让蓝妮担任自己的机要秘书，不久即决定娶蓝妮为二夫人。抗日战争爆发后，蓝妮与孙科前往重庆。1940年，蓝妮为照顾女儿独返上海。在上海交际圈里，蓝妮广泛地与社会各界人士进行交往，也曾和大汉奸陈公博、周佛海等人过从甚密。大概因为这个缘故，抗战胜利后，蓝妮被当成汉奸抓了起来，她自己则说是受命潜入敌后，为党国进行特殊工作。心爱的二夫人被捕，孙科要求保释却不被允许，只能亲自前去解救。

孙科既已被带回重庆，蒋介石决定在蓝妮交保一事上有所让步。16日上午，蒋介石召见吴铁城，嘱咐他转告孙科，蓝妮可以保释，但不能让她留在上海，以免“丧失公私威信”;如果把她押来重庆交保释放，那么孙科今后“不得再与其同居”。孙科潜行一事，最后就以这样的处理方式而告终。

孙科回到重庆了，山海关也于1945年11月16日被国民党军队攻占，进出东北的门户重新开启。此后，苏联因为受到《中苏友好同盟条约》的约束以及美国的压力，也做出了一定的让步，同意国民政府接收东北若干省份及城市的行政权力。这时，蒋介石才感到松了一口气。对于“孙科潜行，由京折回”一事，蒋介石认为“此乃本党内部转危为安之关键”，“此一大阴谋，竟能无形消弭，若非上帝佑华之恩”，决不能如此容易改变。

孙科所谓“潜行”、“另组政府”的“阴谋”是消除了，蒋介石是安心了，然而，国民党内主张和平解决国共问题的政治派别却由此受到打压，蒋介石从此一意孤行，在东北、苏联和中共问题上都采取强硬的对抗立场，最终挑起了内战。历史已经证明，蒋介石坚持反共、反苏，是极大的错误和反动，这不是其幸，而是其大不幸!

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