但是，在征南之战中立下大功的奢香的没有得到应有的回报，在朱元璋和他的明帝国眼中，水西安氏永宁奢氏这种边远落后地区的少数民族地方首领，无论如何尽忠和示诚，都无法改变明政府妄图将其消灭，集大权于手中的念头。从朱元璋建立明帝国的那天起，在西南，他的最大梦想就是“改土归流”。把一切权力集中到明政府的手中，平南胜利第二年(洪武十五年)，朱元璋的平南大军在归途中在安氏水西势力范围内的毕节、赤水、七星关、黑张(赫章)、瓦店等地纷纷设卫，令傅友德以大量兵力控制水西，称“霭翠之地，必以十万众方可定也”。
     而发生在洪武十七年的奢香事件，更是朱元璋与大明帝国对水西安氏的第一次试探。
     都指挥史马晔“欲尽灭诸罗，代以流官”，竟公然敢公开扣押并裸挞当时贵州的最高女统治者——贵州宣慰使奢香。一个二品都指挥使，竟然有这样的胆子。对于都指挥史马晔历史资料上没有过多的记载，只是他有一个显赫的背景，他是马皇后的侄儿。
     “尽灭诸罗，代以流官”恐怕一个小小的都指挥使是没有这么大的理想的，这恐怕是朱元璋的理想，而马晔是皇亲国威，自然得到了姨父皇帝的诸多指示。
     面对明帝国公然的挑衅，水西水东两位年轻的女政治家极为冷静，奢香被马晔关押期间，宣慰同知刘淑贞四处走动，在安抚深觉受辱而欲起兵的水西及其它彝族各部的同时，并亲自上京上访，向朱元璋为奢香讨个说法。朱元璋看水西水东各部未被激怒，而自己明显也太过理亏，于是先召奢香进京，得到奢香愿意服从明朝监管，加强与中央政府的紧密联系的承诺后，以厚礼安抚奢香。后召马晔进京治罪。当然，治什么罪，明史上没有交待，估计是另外换个地方做官罢了。

     奢香返回贵州后，信守了对朱的承诺，修建了两条驿道，一条经水东、乌撒，乌蒙，一条经草塘、陆广、谷里抵毕节，沿设九个驿站(史称龙场九驿)，加强了贵州与中原的联系，促进了贵州经济文化的发展，为后世所称道和颂歌。
     奢香的忍辱负重，朱元璋的小心谨慎，避免了明帝国统一西南来该地区第一起政治危机。但是明帝国派出的官吏公然敢裸挞当时西南彝家的精神及政治领袖，无疑于在奢安两氏人民在心里烙下耻辱的印记，仇恨的种子已经悄悄埋下。
     到了明代中后期，明帝国吏治日益腐败、内忧外患，而在西南，明统治者无论是与广大少数民族百姓还是土司阶层，矛盾都日趋复杂化与尖锐化，中央政府所派出的流官不但渔肉百姓，苛收重赋，对当地的土司们也是苛责打骂，视为贱民，常常以改土归流这把刀子举在土司们的头上。(贵州提学道刘锡玄曾书载“官兵渔肉黔人，既极残酷。有过苗仲寨者，苗仲具鸡黍，称主人甚谨，临行，辄破算器，加楚折焉。……流官之脧削土司，真可痛恨。然土司之孱弱忠顺者尤被困。……纵衙隶脧土司者十人而九，弱怒色，强怒言久矣”)。而长期以来的世袭的土司制度，流官们也加以干涉，凡世袭者必向流官上私纳黄金已为不成文之陋规。如天启初年，水西安位继承祖父职位，光是贵州分守兵备副使邵应祯一人就向安氏“索该酋金银常例，不下两、三千金”。而不纳金者，“承袭有积至二三十年不得职者”，与水西安氏世代为姻亲的永宁奢氏是为例，万历年间奢氏首领奢效忠死后，奢氏陷入了效忠亲弟奢崇明与效忠庶子奢崇周的土司位置争夺战，而永宁总兵郭成，马呈文竟然利用双方混战之机，出兵赶火打劫，将“奢世九世积财，搜掠一空”。而在奢崇明成为代永宁宣抚使后，当地流官却以“行堪未定”为由(估计是奢氏财产被掠，又经战乱，纳金数量上满足不了流官们的胃口)，拒绝承认，并多次向朝延议请将永宁地区“改土归流”。长期高压的政治，使奢崇明日益滋生叛意。
     天启元年，明政府在后金战线上吃紧，要求水西永宁二土司征兵赴辽作战，这成了奢安之乱的导火线，奢崇明调集兵马两万至重庆，但一方面，明政府拒不发放军饷军粮，本应发放的40万两饷银也只给了4万两，另一方面，重庆巡抚徐可求又指责奢崇明所调之兵大都老弱病残，毫无战斗力，要求遣回永宁重新征调。
     奢崇明以此为机，扯起了反旗，率领二万徐可求所说的“老弱病残”永宁军攻占了重庆，杀巡抚徐可求及其它官员二十余人，并分兵攻占了合江、纳溪，遵义等重镇，后来还围攻成都达一百多天。之后，奢崇明建立大梁国，自号大梁王。
     奢安两氏虽然也有利益冲突(之前奢崇明之子奢寅与安尧臣就有领土之争)，但其世代联姻，整体利益是根本一致的，此时水西安氏首领安尧臣刚死，其子安位年幼，尧臣妻奢社辉(奢崇明的亲妹妹)摄事，水西大权掌握在奢社辉与安尧臣之弟贵州宣慰司同知安邦彦手中，奢社辉和安邦彦听到奢崇明起事的消息后，没有过多的犹豫，也举起了反旗。速度的占领了毕节、安顺、沾益等地。
     在西南水西安氏的影响力量巨大的，此次战乱因为安氏的加入而升级，一时间西南地区土司纷纷响应。水东土司宋万化亦起事自称罗甸王，占据龙里。天启二年二月，安宋两氏为主的十万起义军包围了贵阳，将贵阳围了整整一年之久，城中军民男妇四十万，至是饿死几尽，仅余二百人(这是中国历史上最惨烈的一次围城之战，恐怕只有唐代安史之乱时的睢阳之围可以与之相比了)。
     天启三年，贵州巡抚王三善率兵解贵阳之围后，安邦彦率部回水西，与奢崇明的永宁军合流，与明政府打起了持久战，期间，奢安军借助川黔边界有利地形，屡屡取胜，贵州巡抚王三善战死，有西南第一武将之称的总兵鲁钦战死。奢安之势在川黔两地渐成尾大不掉之势。
     崇祯元年，明政府启用在成都保卫战中立下头功的朱燮元，总督云贵川广五省，朱燮元花了七年的时间，集五省之兵力，才于崇祯七年剿杀奢崇明、奢社辉、安邦彦于水西永宁，再后来年轻的安位投降，奢安之乱基本结束。
     然而为了平息奢安之乱，明政府付出的代价是异常惨重的，奢安之乱历时十四年，几乎波及黔川全省，两地巡抚均死于战祸，省府贵阳成都均长期被困，更重要的是，十多年战事庞大的军费开支对于已疲于应付北方战事及各地农民起义的明帝国来说，无疑是雪上加霜。仅天启六年一年为例，一向极为重视北方战事的明政府不得不将辽东战事的支出由770万两减少到680万两，而平定西南奢安之乱的军费支出则由400万两增加到500万两。
     其实长期以来，贵州四川一带的少数民族势力与中原政府的关系还是比较和睦的，历朝历代统治者对该地区都采取了比较宽松的民族政策，所以大规模的战事和叛乱极少，，但在明末，该地区却连接发生了播州杨应龙之乱(万历朝三大战事之一)和奢安之乱，不得不说是明政府从立朝开始就想把西南边夷地区纳入正规统治，力倡改土归流的高压方针有关。加之后期的吏治腐败和大汉族思想抬头，使得原本温驯的西南土司们，在大明帝国最危难的时候，群集而起，向大明帝国投去了最后的一块落井石。
     这样的后果，是当初朱元璋玩弄权术，指使亲信侮辱屡屡向他伸出友善之手的奢香夫人的时候，所能想到的吗?
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