孔融到北海后起兵讲武，讨伐黄巾军张饶失败后，转移保护朱虚县。后来修置城邑，建立学校，表显儒术荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等一些人。他的官声也非常好，当时人们又称他为“孔北海”。后被管亥所围，遣太史慈求救于平原相刘备。刘备受宠若惊，立即发兵解围。当时袁绍、曹操势力逐渐强大，而孔融料知袁绍、曹操终究是要篡夺汉室的，所以不愿意投靠他们。北海国的左丞相祖者劝说孔融结纳袁绍或者曹操，孔融大为光火并把他杀了。196年（建安元年)，袁谭进攻北海，城被攻陷后孔融逃往东山，妻儿被袁谭所虏获。

汉献帝建都许昌后，征召孔融为将作大匠，升任少府，又被封为太中大夫。孔融为人恃才负气，言论往往与传统相悖，不仅屡屡反对曹操的决定，而且多次在公开场合使曹操难堪，如反对恢复肉刑、讥讽曹丕私纳袁绍儿媳甄氏、嘲笑曹操征乌桓、反对曹操禁酒。再加上他忠于汉室，上奏主张“宜准古王畿之制，千里寰内，不以封建诸侯”来增强汉室实权，此举更是严重激怒了曹操。因此，208年9月26日（建安十三年八月壬子二十九日），孔融被曹操以招合徒众，欲图不轨、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名杀死，株连全家，时年55岁。

魏文帝曹丕十分欣赏孔融文辞，悬赏征募他的文章，把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，列为“建安七子”。孔融的文章以议论为主，内容大抵为伸张教化，宣扬仁政，荐贤举能，评论人物，多针对时政直抒己见，颇露锋芒，个性鲜明。在艺术上，文句整饬，辞采典雅富赡，引古论今，比喻精妙，气势充沛。现存作品只有散文和诗，他在灯谜界被尊为文人诗谜的开山鼻祖。

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