1939年10月，日伪军调集7万余人进行以抗联第1路军为主要目标的“大讨伐”。第1路军分散游击，进行了极端艰苦的反“讨伐”作战，相继取得了安图大沙河、红旗河伏击战、奇袭哈尔巴岭车站和天宝山铜矿等战斗的胜利，但第1路军也遭受惨重损失。1940年2月23日，第1路军总司令兼政委杨靖宇在潆江一带遭敌重兵包围，英勇牺牲。与此同时，抗联第2、第3路军也在与日伪军的激烈战斗中遭到严重损失。
     由于斗争形势恶化，各路军减员严重，1940年1月24日至3月19日，中共吉东、北满省委代表举行联席会议，决定采取保存实力，逐渐收缩的方针，将各路军缩编为10个支队，即：第1路军缩编为第1、第4、第7支队;第2路军缩编为第2、第5、第8支队;第3路军缩编为第3、第6、第9、第12支队。4月，第3路军首先完成缩编;4月和翌年2月，第2路军分别完成了第2、第5支队的缩编;第1路军因远在南满，联系中断，仍以几个方面军的番号活动，直至1941年3月始将第2方面军缩编为第1支队。

     1940年，日本关东军增至11个师，对抗联进行更为残酷的“讨伐”，形势日益严峻。为保存力量，第1、第2路军大部和第3路军一部先后转至中苏边境苏方境内，成立南野营，进行军政整训。第3路军大部继续在黑嫩平原和大、小兴安岭地区开展游击战争，1941年攻克甘南县宝山镇、庆安县大罗镇，袭击瑗珲县汗达气金矿，共进行战斗20余次。1942年2月，第2路军副总指挥赵尚志在袭击鹤岗梧桐河伪警察分所时牺牲。随后第3路军大部也转移至中苏边境。1942年8月，南北野营合编为抗日联军教导旅，周保中任旅长，张寿筏任政治委员。此后，教导旅在进行整训的同时，派遣十几支小部队深入东北各地开展游击活动，进行战略侦察。1945年8月，抗日联军教导旅协同苏联红军进军中国东北，参加对日反攻作战，后与进军东北的八路军、新四军合编。
     东北抗日联军在极为困难的条件下，长期独立奋战，不仅延缓了日本侵略军对东北全境的占领和对战略物资的掠夺，而且在东北战场上牵制了几万到几十万日本关东军。全国抗战开始后，东北抗联又对华北、华中和华南地区的抗战起了战略上的配合作用，并为保障苏联远东地区的安全，支援苏联人民的反法西斯战争作出了贡献。
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