随之而来，黄巢的本性也开始以一种极端的方式显露出来。有人题诗讥讽黄巢当了皇帝后，开始变得昏庸残暴。黄巢立刻组织人去查其作者，但是没有查出来，于是黄巢索性把长安城中三千多无辜的儒生砍了头;随着唐军的反攻，长安被唐军占领。但没几天又被黄巢夺了回来，对于长安的失而复得，黄巢却大光其火，他将之前的那次失利归罪于普通的长安平民，这个曾经被长安市民夹道欢迎的“率土大将军”，举起屠刀，血洗长安，将城中八万余名男丁杀戮殆尽。当黄巢于中和三年(公元883年)四月再次被赶出长安后，率部出蓝田入商洛山。五月，黄巢派左军中尉孟楷为先锋进攻蔡州(湖北枣阳)，唐节度使秦宗权战败后投降齐军，孟楷随即由蔡州移师转攻陈州(今河南淮阳)。

陈州刺史赵犨是唐朝的著名将领，本人多次参加过围剿黄巢的战斗，是大齐军队的夙敌。赵犨担任陈州刺史后，就对部下说过：“黄巢若不死在长安，必定向东走，陈州是他必经之路，不可不防。”看得出，他刚上任就已预见到黄巢的失败，并进行了相应的部署。孟楷刚入陈州境内，赵犨趁其不备，果断出击，齐军大败，孟楷被俘。赵犨为表示与黄巢绝不妥协的决心，命人将孟楷斩首。孟楷是最早追随黄巢起义的重要将领，素为黄巢宠信。黄巢异常悲愤，立即与秦宗权合军将陈州团团围住，并“掘堑五重，百道攻之”，大有不拿下陈州决不罢休之势。

赵犨刚任刺史之时，就一直不断地修筑城堑，积蓄粮草，缮治兵器，在黄巢到来之前，就采取了坚壁清野的策略，将方圆六十里内的居民迁入城中，同时募集大批勇士，由其弟和儿子分头统领，加固城防。赵犨对陈州保卫战的准备工作做得非常细致和到位，因此，黄巢攻打陈州受到了很大的挫折。黄巢见自己带着几十万大军，却连小小的陈州都攻不下来，非常生气，干脆在陈州城下扎起营寨不走了。竟在陈州城下建起一座类似于皇宫的“八仙营”，并设置了百官曹属，“立宫室百司，为持久之计”。结果，黄巢围困陈州长达三百多天，却始终没能攻破陈州。而唐廷却不断调动军队，开始了对黄巢的围剿。

黄巢在陈州遇到的最大问题不是来自唐军的进攻，而是没有粮食。他是在唐军的进攻下败出长安的，不可能带有多少粮食。赵犨在他到来之前就采取坚壁清野，也没有给他留下粮食。而他手上有着一支几十万的大军，这支军队人吃马嚼，每天都要消耗大量的粮食。可是这里没有粮食，那么，他们吃什么呢?黄巢解决这个问题的办法很简单，那就是吃人。“贼围陈郡百日，关东仍岁无耕稼，人饿倚墙壁间，贼俘人而食，日杀数千。贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于臼碎之，合骨而食，其流毒若是。”(见《旧唐书》)“人大饥，倚死城堑，贼俘以食，日数千人，乃办列百巨碓，糜骨皮于臼，并啖之。”(见《新唐书》)“时民间无积聚，贼掠人为粮，生投于碓，并骨食之，号给粮之处曰‘舂磨寨’。纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、卞、曹、濮、徐、衮等数十州，咸被其毒。”(见《资治通鉴》)

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