在早些年以前，对于左宗棠与新疆，给的判定是新疆人民起义，因此学术界并没有肯定左宗棠的功绩。随着时代的变化，越来越多的史料的出现，才终于认可了左宗棠收复新疆，维护祖国统一，为现在多民族的中华人民共和国的成立奠定了坚实的基础的功劳。
    晚清之际，是一个大国将倾的时代，动乱震荡是这个时代的主基调。经过了第一次鸦片战争的清王朝，整个国家上下都被败战的阴影充斥。国家积弊，军队腐败，贪官横行，沉重的赋税让人民痛苦不堪。外国列强的阴影还不曾散去，颓弊的清王朝从内部开始溃败。高举着人人平等的大旗，洪秀全领着拜上帝教教众，在广州金田村发动起义。这场轰轰烈烈的人民起义，势不可挡，一路高歌，势如破竹。清王朝调兵遣将，对太平军进行镇压。趁着太平军吸引了清军的大部分主力，新疆各豪强纷纷而起，出现了割据纷争。
    对于四处动乱的清王朝，外人自然不会放过到嘴的肥肉。1864年，趁新疆内乱，而清王朝无力应对之时，浩罕汗国的一个军官阿古柏，带兵侵入了新疆，先后占领了喀什喀尔、叶尔羌、和田、阿克苏，库车，攻占达坂城、吐鲁番、乌鲁木齐、玛纳斯，占领了新疆的大部分地区，沙俄也趁机侵占了新疆伊犁，新疆大片的土地都落入他人腹中。
    
    同治十一年，清廷还在讨论是否讨伐阿古柏，左宗棠认为”既事关君国，兼涉中外，不能将就了局，且索性干去而已“，已经率师驻兵兰州，准备收复新疆。那个时候，以李鸿章为首的”海防“派，认为朝廷没有必要消耗人力物力收复新疆。他认为新疆属于不毛而未开化之地，朝廷就算收复了新疆，也毫无用处，只会成为朝廷的累赘。
    这个时候，清王朝应当集中所有精力，进行”海防“，为此可以放弃”塞防“。左宗棠反驳道：天山南北两路粮产丰富，煤铁金银玉石藏量极丰，实为聚宝之盆。而后左宗棠以垂暮之年，悍然承担起了收复新疆的使命，他抬棺出征，誓死收复新疆。事实证明，左宗棠的判定是正确的，李鸿章当时主张放弃的新疆，石油产量极为丰富，储存量超200亿吨，占全国石油总量的百分之三十。
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