在位前期
    嘉庆四年(1799年)正月，太上皇乾隆帝崩，颙琰开始亲政，二月，诛杀权臣和珅，罢黜、囚禁和坤亲信死党，诏求直言，广开言路，祛邪扶正，褒奖起复乾隆朝以言获罪的官员，诏罢贡献，黜奢崇俭，要求地方官员对民隐民情“纤悉无隐”，据实陈报，力戒欺隐、粉饰、怠惰之风，但其对内政的有限整顿，未能从根本上扭转清朝政局的颓败。
    嘉庆五年(1800年)正月，颙琰命额勒登保办理剿灭陕西教匪的事务，命德楞泰、魁伦办理剿灭四川教匪的事务，七月，颙琰命右翼总兵长龄统率吉林、黑龙江的八旗兵到湖北协助剿灭教匪，贵州巡抚琅玕上奏青苗杨文泰作乱，率兵剿灭，马慧裕上奏擒获教匪首犯刘之协，押解到京诛杀，额勒登保擒获教匪头目陈杰。
    嘉庆六年(1801年)正月，颙琰以傅森为户部尚书，明安为步军统领。
    嘉庆六年(1801年)四月，立皇贵妃钮祜禄氏为皇后，晋莹嫔侯氏为华妃，晋贵人董氏为淳嫔，晋举人伊里布之女春贵人王氏为吉嫔。
    嘉庆七年(1802年)七月，颙琰初次秋狝木兰。
    
    嘉庆七年(1802年)十二月，川楚白莲教起义大部分已被镇压。
    嘉庆八年(1803年)闰二月，颙琰由圆明园还宫，入贞顺门，陈德行刺，不成被俘，陈德及其二子伏诛，严申宫门之禁，十月，葬孝淑皇后于山陵。
    嘉庆九年(1804年)五月，颙琰终于彻底镇压了白莲教起义余部，此战事迁延九年，清廷耗军费白银二亿两，六月，蔡牵于海上起义。
    嘉庆十年(1805年)正月，颙琰诏内务府大臣严行约束太监的权利。
    嘉庆十年(1805年)四月，颙琰查禁西洋人刻书传教。
    嘉庆十年(1805年)五月，诏内务府大臣管理西洋堂，未能严加稽查，任令传教，下部议处，其经卷检查销毁，习教佟兰等获罪。
    嘉庆十一年(1806年)九月，直隶查出假雕印信，串通银号，虚收冒支大案。
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