对南怀仁的评价主要可以分为对南怀仁本人的评价和对南怀仁的成就的评价。首先是对南怀仁本人的评价。南怀仁是一个虔诚的天主教徒，他一生都致力于天主教的传播，有很多关于宗教方面的书籍。南怀仁本人非常平和，历史上对南怀仁的评价是非常吃苦耐劳，也非常聪明的一个人。
    其次要从南怀仁的成就来评价南怀仁。南怀仁的成就非常高，不仅是对于传教方面的成就，还有在天文、武器方面的成就。南怀仁深的康熙重用的一个主要原因就是南怀仁对于天文历法方面的研究以及他对火炮的制作。从这些成就来看，南怀仁是一个非常聪明，并且尽职尽责的人。
    对南怀仁的评价当然也有负面的，比如南怀仁制作的火炮多用于战场，所以受迫害的人或者一些不喜战争的人难免认为南怀仁的行为有所不当。但是更多的人则认为，当时清朝廷处于平定叛乱的重要时期，急需要各种强劲的武器，南怀仁不过是奉命打造武器，所以根本算不上什么。
    对南怀仁的评价有褒有贬，不过其中更多的还是赞扬，因为南怀仁对于天文以及武器方面的研究确实推进了当时社会的科技发展，这些是不能否定的。所以说，南怀仁的一生总的来说还是贡献比较多。
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