曾经有一段时期，有些派别的知识分子主张“自然生万物”，而巴斯德认为这是谬论，他勇敢地站起来反对，所以那时的他并不受许多科学家们的认可，还受到一定程度的排挤，但是他直到去世也仍然坚守自己的信仰。
    巴斯德晚年的时候到母校演讲，他传给学生的观念依然与他的信仰有关，相信神的存在，神创造一切，巴斯德所理解的神和盲目的迷信是不一样的，在他的心里，神就像一种信念，一条绳索，只有顺着他走，才能看到结果。并且在他看来，他的所有成功都源于神，在神的指引下，他发现了自然界吸引他的地方，然后他开始研究，最后得知神创造自然的奥妙，并利用发现造福人类，他常提的观点就是：当自己对自然研究更深刻，就更接近神。
    他说他找不到证据来证明神与科学有矛盾之处，说到这里，还有一则小故事：巴斯德在一次火车旅途中遇到一个年轻人，年轻人看到巴斯德手握念珠便开始跟他讲科学，劝他不要迷信，巴斯德耐心地听年轻人讲完，然后说出自己的想法，他还是坚持自己的观点，最后年轻人才知道，原来是巴斯德。
    由此可以看出巴斯德信仰始终不变，科学与神也不并冲突，只在于个人怎么理解。
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