11月10日晚，江泽民同志给我打来电话。他说，铁道部报来了修建进藏铁路的材料，提出三个路线走向方案，你认为哪个方案比较有把握？现在修进藏铁路条件怎样？我说，项目前期工作已经展开，铁路部门对进藏铁路方案进行了长时期的深入研究和论证比选，他们推荐采用青藏线方案，我认为这个方案是可行的。理由是线路短，投资少，工期短，施工相对容易，准备较为充分。铁道部和中科院等有关部门，三十年来坚持开展高原铁路科学研究和观测试验，过去工程建设遇到的多年冻土和高寒缺氧等问题，现在已经有了一定的技术储备和比较可行的解决办法。青藏线方案需要投资二百多亿元，从我国现有的综合国力和经济实力来看，可以承受。目前我国经济受到了亚洲金融危机的影响，中央决定扩大内需，加快西部地区经济发展，需要有青藏铁路这样的大项目。加上从我国战略安全的角度考虑，修建进藏铁路青藏线，对于促进青藏地区的经济发展，促进民族团结和巩固我国西南边防也具有非常重要的意义。他还询问了一些技术方面的问题，这个电话通了将近一个小时。
     当晚，江泽民同志就进藏铁路建设问题作出了长达三页的重要批示：“现在看来，修建进藏铁路，从政治、军事上看是十分必要的，从发展旅游，促进西藏地区与内地的经济文化交流看也是非常有利的。”“总之，无论从经济发展、政治稳定和国防安全，还是从促进民族团结，更有力地打击达赖集团的民族分裂主义活动考虑，我们都应该下决心尽快开工修建进藏铁路。这是我们进入新世纪应该作出的一个重大决策，一个政治决策，要抓紧考虑。”“综合比较下来，第一个方案比较有利，投资少，工期短，线路不长，且较为平坦。当然对该方案尚存在的一些问题还要进一步做好研究，尤其要加强对冻土地区的工程地质应用性勘探、研究和试验。对青藏高原铁路的运输、管理、维修模式也应该事先有比较完善的预案。明年要召开第四次西藏工作会议，届时应正式宣布修建进藏铁路，必将对包括西藏广大干部群众在内的全国各族人民带来很大的鼓舞。建议国务院抓紧认真研究一下，总的意向定下来后，责成计委、铁道部尽快完成可行性研究，以便党中央、国务院及时讨论并作出这个战略决策。”
    江泽民同志的重要批示明确了修建进藏铁路的方针，将青藏线方案提上了议事日程。
    国务院批准青藏线方案
     江泽民同志将铁道部的建议批给了朱镕基、胡锦涛、吴邦国、温家宝同志。第二天，朱镕基总理批示：“请国务院领导同志阅，并送各有关部门领导。请培炎同志负责，会同铁道部、中国国际工程咨询公司，抓紧论证，提出方案报国务院。”除吴邦国同志出国访问外，胡锦涛、温家宝等同志相继圈阅了这份文件。我接到批示后，事不过夜，立即要求国家计委有关司会同铁道部等单位，在2001年6月中央第四次西藏工作座谈会召开前，完成青藏铁路建设立项和项目评估工作。
     不久，国家计委组织铁道部与中国国际工程咨询公司，就项目可行性与必要性开展了研究。考虑到青藏铁路项目的公益性，对项目的社会效益，包括对西藏地区生产生活资料成本降低，对经济社会未来发展的影响等作了定量分析，并与企业和项目的自身效益作了比较。同时，还对项目工程造价、资金筹措、运营亏损、扶持政策等问题进行了研究。12月10日，我向国务院上报有关青藏铁路建设问题的请示，提出了三条工作建议：一是建议国家计委商铁道部召开论证会，为上报项目建议书作准备；二是建议成立青藏铁路建设领导小组；三是争取于当年12月或次年1月向国务院正式上报青藏铁路项目建议书，并在2001年适当时候，再组织专家进行一次实地踏勘。朱镕基总理同意了我的请示。
     2000年12月中旬，国家计委会同铁道部在京召开青藏铁路项目立项报告汇报会。会上传达了中央领导同志的批示，听取了铁道部的汇报，初步审查了项目建议书。我在会上说，建设进藏铁路将成为西部大开发的一项标志性工程，各有关部门和地方要认真领会江总书记批示的精神，从战略高度，从政治、经济、社会、国防的全局来认识建设进藏铁路的必要性和紧迫性，把握好建设时机，通力合作，加快前期工作。这次会议的讨论很热烈，大家一致拥护党中央、国务院关于尽快建设进藏铁路的决策。经过对青藏、滇藏、川藏、甘藏等多个建设方案进行比选，大家赞成采用进藏铁路青藏线方案。
     之后，国家计委召开几次主任办公会，讨论项目建议书。认为，新建青藏铁路（全长1142公里，含格尔木至南山口既有线改造32公里）虽地处青藏高原，自然条件恶劣，沿线人烟稀少，高寒缺氧，但线路短，工程量小，投资省，工期短，高原地形起伏不大，前期工作基础较好，可以充分利用既有的青藏线西宁至格尔木段，与其他方案综合比选较为有利。2001年年初，国家计委向国务院报送了《关于审批新建青藏铁路格尔木至拉萨段项目建议书的请示》。