显然是接到了莫斯科的指示，尤金请求再次会见中国领导人。7月27日，刘少奇、周恩来和邓小平约见了尤金。尤金向中国领导人通报说，赫鲁晓夫对中国同志认为苏方在帮助中国建立海军舰队方面似乎提出了某种政治条件表示很奇怪。刘少奇问，苏共中央是否提出帮助中国建立舰队要以舰队归苏中两国共同所有为条件。尤金十分明确地回答说：苏联方面不仅没有提出任何政治条件，而且连一点暗示的迹象也没有。接着，周恩来对长波电台问题提出质问，尤金仍然表示，苏方在这方面也没有提出政治性条件。刘少奇说，照他的理解，苏联方面已经同意帮助中国建立海军舰队了。尤金回答说，上次会晤他在通报情况时已谈过此事。于是，刘少奇对此表示赞同，并再次提出，中国方面请求帮助建立中国的海军舰队，但正像毛泽东所说，如果苏联不能给予这种帮助，那么，中国可以收回或者推迟提出这一请求。最后，尤金通报说，赫鲁晓夫近期不能来华访问了。风暴似乎过去了。
     然而，赫鲁晓夫并不放心。当他确信在巴格达公约国家的伦敦会议上没有提出入侵伊拉克的问题后，立即取消了美国之行，秘密赶到北京。
    四、中苏两党会谈的表面结果与潜在阴影
     毛泽东与赫鲁晓夫会谈后发表的公报宣称：“双方在极其诚恳、亲切的气氛中，就目前国际形势中迫切和重大的问题，进一步加强中苏之间友好、同盟、互助关系的问题和为争取和平解决国际问题、维护世界和平而进行共同奋斗的问题，进行了全面的讨论，并且取得了完全一致的意见。”然而，这些言辞无论如何也不能消除这次事件留在双方领导人心理上的潜在阴影。
     7月31日下午5时至9时，毛泽东与赫鲁晓夫在中南海怀仁堂举行了会谈。会谈中，赫鲁晓夫首先絮絮叨叨地对苏联为何提出潜艇舰队的问题进行了长时间的解释。赫鲁晓夫坚决否认苏联曾使用过“联合舰队”或“共同舰队”的说法，认为是尤金转达有误，整个事情是“一次误会”，并一口咬定，他本人和苏共中央主席团讨论这个问题时，“从来就没有过像中国同志所想的那样要共同指挥中国的舰队，从来就没有过两国共有的想法和影子”。赫鲁晓夫还委屈地说，“我们没有想到，毛泽东同志竟把这个问题提高到侵犯主权的程度。你们这样看我们，令我们感到伤心。”于是，毛泽东在发了一番牢骚后，主动结束了关于“合作社”问题的谈话。双方约定，以后“永远不会提这样的问题”。接着，赫鲁晓夫开始谈长波电台问题。赫鲁晓夫推托说，这个问题苏共中央没有讨论，是军方提出的。苏联的意图是在中国南方建立一个长波电台，以便需要的时候用来指挥苏联在太平洋的舰队。如果中国同意苏联通过提供贷款的方式参加电台的建设，那就更好了。电台的所有权属于中国，苏联只是要求通过协议，允许苏联使用这个电台。同时，苏联在海参崴、千岛群岛和北海的电台也可以供中国使用。但如果中国不同意，苏联可以取消这个建议。毛泽东则强调，马利诺夫斯基提出苏联出钱，就是要有所有权。中国同意建立长波电台，费用全部由中国负担，所有权是中国的，苏联可以使用。赫鲁晓夫再次表示，所有权肯定是中国的，但苏联既然使用，出些钱也是应该的，可以用贷款的形式。毛泽东坚持：中国不需要贷款，如果苏联要出钱，中国就不搞了。关于这个问题的谈话到此结束。
     这次会谈的气氛虽然是紧张和敏感的，毛泽东对赫鲁晓夫也同样表现出毫不客气，但已经不像对待尤金那样激烈和粗暴了。毕竟，赫鲁晓夫是上门来解释问题和承认“错误”的。而赫鲁晓夫把所有问题都推到尤金大使身上，当然不是因为尤金突然中风，而未能参加这次会谈。赫鲁晓夫显然已经感觉到，长波电台和联合舰队问题在中国领导人当中引起的反应，其激烈和严重程度足以影响整个中苏关系，而他没有别的办法，只能找一只替罪羊--1959年初，尤金离任回国。从目前披露的档案文献以及当事人的回忆看，尤金并没有歪曲赫鲁晓夫的意图，他的失误充其量是在第一次听到毛泽东的反对意见后，没有立即转弯、改口，反而进行词不达意的解释，结果使毛泽东抓住机会，大发雷霆。而长波电台和联合舰队的问题，确实都是经过苏共领导人研究后提出的，其主要目的就是通过这种方式在中国沿海为苏联远洋潜艇舰队谋求一处停靠的基地。不过，所有这些考虑完全是针对美国的，而绝非有意控制中国。正如戈尔什科夫向赫鲁晓夫解释的，苏联海军坚持要在海南岛建立长波电台，是因为美国的海军基地就设在夏威夷群岛、中途岛，尤其是在菲律宾和台湾。一旦出现危急情况，苏联太平洋舰队的舰艇可以在中国港口停泊和修理，这样就大大节省了往返的时间，提高了海军的战斗效率。曾长期担任苏共中央国际部中国处处长的库里克也回忆说，当时苏联没有一种导弹能够从苏联本土打到美国的西海岸，于是海军就想搞一个潜艇舰队，可以对美国实施导弹袭击。这样就需要在中国沿海停泊，需要有一个长波电台进行联络。苏联学者甚至认为，如果当时建立了联合舰队，苏联的核潜艇得以在南太平洋游弋，也许就不会发生后来的古巴导弹危机了。
     的确，苏联领导人并没有侵犯中国主权的意图，更没有设想要通过建立长波电台或联合舰队的方式对中国进行控制。至于苏联最初坚持出资建长波电台（贷款方式是赫鲁晓夫后来在北京提出的）是否考虑到所有权，目前还不得而知，但就国际合作的方式而言，即使如此，也不存在侵犯中国主权的问题。问题在于，当时苏联考虑的仅仅是如何对付美国，而完全没有考虑到中国的感受。赫鲁晓夫想到的是，“这个建议符合社会主义阵营的共同利益”，中苏同是社会主义国家，又有同盟条约，而且长波电台和修理基地对中国海军也是需要的，再说根据礼尚往来的原则中国舰队也可以使用苏联的基地。“无论我们的舰队、中国的舰队，还是社会主义国家的一切军事设施，都是服务于一个目的：准备在帝国主义把战争强加给我们的时候进行反击。”所以，对于这个建议，“友好的、正在建设社会主义的中国肯定会欣然接受”，“不会有什么困难”。甚至在接到尤金的电报后，赫鲁晓夫还认为“只要当面谈谈，一切障碍即可迎刃而解”。事情过去很久以后，赫鲁晓夫才承认，苏联的建议“触及了这个曾长时期受到外国征服者统治的国家的敏感问题”，“触及了中国的主权”，也伤害了毛泽东和他的民族感情。赫鲁晓夫曾亲口对儿子说：“当时我们有些急躁，夸大了各国共产党和社会主义国家一体化的意义”，并在回忆录中后悔地说，“如果我们事先知道会有这样的反应，那我们无论如何不会提出这个建议”。