就在任命李鸿章为两广总督的第二天，慈禧便以光绪之名诏谕各省督抚严密缉拿康有为、梁启超：“康有为及其死党梁启超先已逋逃，稽诛海外，犹复肆为簧鼓，刊布流言，其意在蒙惑众听，离间宫廷。”“近闻该逆狼心未改，仍在沿海一带倏来倏往，著海疆各督抚懔遵前谕，悬赏购线，无论绅商士民，有能将康有为、梁启超严密缉拿到案者，定必加以破格之赏，务使逆徒明正典刑，以申国宪。”其中特别强调“沿海一带”、“海疆各督抚”，显然是说给李鸿章听的。
     年1月7日，李鸿章春风得意、精神抖擞地离京南下，于1月16日到达广州，只隔了一天就接印视事。在政坛失势后仍审时度势、积极活动，最终竟以年近八十之高龄东山再起，重任封疆大吏，李鸿章的能忍能等与终生嗜权恋栈的性格显现无余。
    风口浪尖
     年元月，李鸿章在失意多年之后终于重获重用，当上了两广总督。他的东山再起，与慈禧太后要他前去镇压康、梁维新党人大有关系。而此时，义和团运动正迅速席卷华北大地，一场巨大的政治、社会动荡即将发生。这一切，都使他不能不在狂风巨浪之中身处风口浪尖。
     在两广总督任上，李鸿章首先必须面对如何处理与维新派的关系。1月24日，清廷封时岁十五的端王载漪之子溥儁为皇子（大阿哥），史称“己亥建储”，这是顽固派欲废黜光绪的一种试探。此谕一出，全国舆论沸腾，一片反对之声，康、梁加紧了在广东的活动，准备“武装勤王”。对康、梁，李鸿章一方面“奉职而行”，严禁其党羽在广东活动；另一方面又留有某种余地，不想与维新派彻底决裂。由于捉拿不到康、梁，慈禧怒而严令李鸿章将康、梁在广东的祖坟铲平，但李却以种种理由迟迟不动，因为他知道在中国传统中，只有对罪大恶极、十恶不赦之人才“铲祖坟”。所以他上奏说现在局面非常不稳定，“惟虑激则生变，铲平康坟，似宜稍缓”。但慈禧大怒，痛斥李鸿章“语殊失当，康逆罪大恶极，如真欲乘机起事，岂留一逆坟所能遏止。该署督身膺疆寄，惟当不动声色，力遏乱萌，傥或瞻顾彷徨，反张逆焰，惟李鸿章是问”。在慈禧的威逼下，李鸿章不得不铲平康、梁祖坟，但暗中仍与康、梁有间接来往，互通信件。
     所以康、梁对李虽有种种不满，尤其梁启超甚至一度想派人暗杀李，但后来态度软化，改变了暗杀李的主张。总体上康、梁对李的态度与评价是“敬其才”、“惜其识”、“悲其遇”。然而，随着义和团运动的爆发，李鸿章与革命党孙中山的关系则更复杂微妙，甚至具有戏剧性。
     义和团运动全面爆发后，社会动荡，朝政混乱，孙中山认为在华南起义时机到来。他在准备发动起义的同时又想与李鸿章合作，策动以李为首宣布两广独立。孙中山之所以会有争取李鸿章的想法，一方面因为他一直认为李是清廷大员中最为开明的，因此长期对他抱有某种期待；另一方面因为一直与兴中会关系密切的香港立法局议员何启提出他与港督卜力（Henry A. Blake）交往非同一般，可以借港督之力劝李鸿章独立。他们先与李鸿章的心腹幕僚刘学询联系，刘试探性地对李鸿章表示如李有意“罗致”孙中山，他可设法让孙前来。对此敏感话题，李未开腔，仅略点头。刘学询立即捎信给孙中山，说李因北方拳乱也有广东独立的想法，所以请孙中山前来效力。
     得此信后，孙中山半信半疑，但最后还是决定前往一试，于1900年6月11日与助手杨衢云、郑士良及宫崎寅藏等三位日本友人从日本横滨出发，于6月17日到达香港海面。就在此时，孙中山又听说李鸿章仍在观望局势，且很可能诱捕自己，于是改派享有治外法权的宫崎寅藏等三位日本友人前往刘学询公馆会谈。会谈虽从晚10点多一直谈到次日凌晨3点，但未取得实质性进展。当宫崎等人返回香港海面时，发现孙中山为防清政府搜捕，已乘船驶往越南西贡。在西贡，孙中山仍一面准备武装起义，一面策动李鸿章两广独立。
     这期间，清廷于6月15日命令李鸿章“迅速来京”，两广总督一职由广东巡抚兼署。接此命令后，李鸿章满腹狐疑。朝廷如此催他迅速进京，却未言何事，更未授新职；朝政为强硬的主战派把持，一些温和的主和派官员性命难保；他本人曾多次冒死电奏朝廷，反对慈禧和顽固派的“联拳灭洋”政策，为顽固派官员和义和团痛恨；得到慈禧支持的义和团明确提出要杀“一龙二虎三百羊”，所谓“一龙”为光绪皇帝，“二虎”为李鸿章和庆亲王奕劻，“三百羊”为开明官绅；义和团还提出要将亡命海外的“乱党”、从事维新改良的康有为及梁启超等统统捉拿归案……李鸿章明白，在此种局面下自己贸然北上，不仅无法改变政局，而且凶多吉少，甚至可能有杀身之祸。所以他一方面表示“立刻遵旨北上”，另一方面却想方设法拖延徘徊，拒不北上。