在会谈中，李鸿章还请求联军占领北京后一定要宽宏大量，不要采取报复措施。他告诫卜力说，报复只会激起中国人更普遍的仇外情绪。
     总之，此番会谈表明李鸿章现在已毫无与孙中山合作、实现两广独立之意。但孙中山的助手、兴中会领导人之一陈少白仍不死心，还是登上了李鸿章的坐轮，企图让随李而行、也非常热衷此事的刘学询能再三劝说李鸿章改变主意，但刘无奈地对陈说，李鸿章“意甚坚决，无法劝阻”。孙李合作、两广独立的计划至此宣告结束。
     李鸿章虽然官复原职好不得意，但对朝局仍不乐观，因此决定还是按以前计划先到上海，等待局势进一步明朗。他深知，此时此刻必须慎之再慎，走错一步将满盘皆输，很可能难保性命，所以7月21日到达上海后他便以健康为由，要慈禧赏假二十日。这时，慈禧太后明显乱了方寸，政策非常矛盾。她一方面急盼李鸿章前来与洋人打交道，有求和之意，另一方面仍重用极端主战的顽固派大臣，态度似乎更趋强硬。7月28日她将反对与列强盲目开战的大臣许景澄、袁昶处死，8月7日却正式任命李鸿章为全权大臣负责与各国外交部电商“停战”，8月11日又将反对开战的大臣徐用仪、立山、联元处死。五大臣被处死，中外震惊，李鸿章在上海得此消息不禁哀叹“成何世界”！很可能，他为自己没有贸然北上感到庆幸，此时更明确表示哪怕被朝廷“严谴”，也不能北行。他在给朝廷的密折中明言了对朝政、对自己有可能被义和团和政敌打杀的担忧：
     每读诏书，则国是未定，认贼作子，则人心未安。而臣客寄江南，手无一兵一旅，即使奔命赴阙，道途险阻，徒为乱臣贼子作菹醢之资，是以小作盘桓。
     所谓“菹醢”，是指被剁成肉酱。所以有同僚对他正式被任命为议和全权大臣表示祝贺时，他却十分淡然。他深知政治讲究的是实力而不是名分，如果朝廷政治格局不变，慈禧态度无根本性变化，自己其实只有全权之名而并无实权。此时，他不顾“龙颜”有可能“大怒”，多次递折要求慈禧彻底改变态度，一再向慈禧施压，要求一定要将外国驻华使节平安送出京城并且剿灭义和团，他还斗胆要朝廷下“罪己之诏”。当然，他丝毫没有反对慈禧之念，当有外国外交官对他透露各国公使有让慈禧归政光绪的打算时，他断然反对，并为慈禧开脱辩护：“太后训政两朝，削平大难，臣民爱戴，此次拳匪发难，只恐祸起腋肘，不得已徐图挽救。”
     此时慈禧自顾不暇，所以李鸿章一直在上海“小作盘桓”，他在等待局面的根本性变化。8月15日，八国联军攻占北京，慈禧仓皇出逃；8月20日朝廷以光绪皇帝名义发布“罪己诏”；9月7日朝廷发布剿灭义和团的谕旨，诬称义和团“实为肇祸之由”，“非痛加铲除不可”；9月8日朝廷电旨再次表示“罪在朕躬，悔何可及”，几乎是央求李鸿章“即日进京，会商各使，迅速开议”，甚至低三下四宣示李鸿章此行“不特安危系之，抑且存亡系之，旋乾转坤，匪异人任。勉为其难，所厚望焉”。朝廷竟然公开承认大清王朝此时的生死存亡全赖李某一人，想来也是万般无奈。此时，李鸿章才认为北上议和时机成熟，于9月15日离开上海北上，开始为挽救已经病入膏肓的清王朝作最后的努力。作为晚清重臣长达四十年之久的他，很难做出别的选择。他的命运，已很难与这个腐朽不堪的王朝分开。
     总之，从1900年1月中旬李鸿章东山再起任两广总督，到9月中旬重任直隶总督兼北洋大臣的八个月间，政坛风云剧变，充满惊涛骇浪。李鸿章身处政治的风口浪尖，种种无比尖锐的矛盾集于一身，稍有差池则大祸临头。在这短短几个月间，康有为、梁启超的祖坟为他所掘却仍能谅解他，孙中山为反清革命一再策反他，港督卜力想稳定粤、港局面竭力挽留他，慈禧要与列强和谈自保最终不能不完全依靠他。彼此不共戴天的各种政治力量在关键时刻竟都对他抱有某种期望，都如此看重他，而他也能周旋其间、应付裕如，足见其对政治、权谋的把握已是炉火纯青。