不久，林彪放出风来：“其他军区的情况都了解一些，惟独北京军区的情况不了解。”这不阴不阳的话，暴露出林彪的一番用心。私下，林彪又让人劝杨勇去见他，表示一下态度。一打一拉的目的，是在逼迫杨勇就范。可是，他万万没想到，杨勇竟然对他一而再，再而三的“努力”无动于衷。
    面对当时大势所趋的压力，杨勇明知这样做是要冒极大政治风险的，但是他没有因此而退缩。
    林彪究竟要怎样利用“文化大革命”来解决杨勇这个使他不放心的人呢？
    他们终于向北京军区伸手了！
     1966年12月的一个上午，在一个月内“横扫”了沈阳、南京、兰州三大军区的所谓“星火燎原战斗队”，冲击了北京军区司令部大楼，扬言要查抄什么“华北党”，杨勇司令员毫不犹豫地请这群敢于冲击军事要地的狂徒“住”进了地下室。
     这个消息可是惊坏了“中央文革小组”的康生大顾问。他立刻尽其诬陷和奉迎之能事，在最高统帅面前狠狠地告了这个不听招呼的杨勇一状。
    毛泽东听了康生的报告，自然不会很高兴，他当即要通了杨勇的电话。
    当杨勇从激动难抑的秘书手中接过听筒时，心中已有所悟。
    “杨勇吗？听说你下令抓人了？”
     这开门见山的语气不禁使杨勇有些惊讶，他马上回答：“报告主席，今天上午军区门卫、内卫和值班室都向我报告，这伙人强行冲击军区司令部办公室，砸开了档案室，撬开了保险柜，威胁到核心军事秘密。当时我就在办公室，并没有接到任何通知。既然‘中央文革’没有通知我这是革命行动，我也就无法判断他们是革命左派。因此，我采取了适当防卫措施。……行！主席让我放人我坚决执行。不过，今后如再有无端冲击军区机关者，我建议仍应采取果断措施，以防泄密。”
     这坦诚的话语似乎使主席也略有感触，他的语气缓和了一下，说：“好嘛，马上放人吧。”接着，毛泽东又幽默地补上了一句：“我们就把上午的事当作一次防突袭演习吧。”
    主席的幽默却没有驱散积在杨勇心头的乌云。那些人是什么来头，居然马上引来主席出面保驾，真怪！
     其实，那年头的怪事又何止这一件呢？！一个星期前，堂堂的北京军区政治委员廖汉生，就在开着的军区党委会上被抓走了，“隔离审查”的命令还是林彪亲自批的。
     杨勇怔了一会，拿起话筒要通警卫员，“把那些人放了！”顿了一下又说：“从今天起，门卫、内卫一律加岗，如有人来闹事，统统给我堵在门外！”
     “演习事件”刚过不久，也就是1967年1月21日凌晨，为敲定华北地区的一次军事演习而就寝于京西宾馆的杨勇，身为北京军区司令员，竟在众目睽瞪之下被军区的造反派蛮横地抓走了。直接送到了预先准备好的军区大院批斗会现场。他被一些人强迫着驾了“喷气式”，还被戴上了用铁丝篓子制作的高帽，尖利的铁丝头在杨勇的头上划出了道道血口，鲜血直流。造反派们还野蛮地猛按那顶高帽，想让杨勇低头认罪，承认自己是“三反分子”。
     杨勇轻蔑地看了一眼那帮张牙舞爪的小丑，对着台下不明真相的群众，说：“同志们，我杨勇一不反党，二不反社会主义，三不反毛主席。如果我有错误，欢迎同志们批评。”可是，他的呼吁和自白招来了一阵更粗暴的批斗。
     从这天开始，杨勇迈上了比他所走过的二万五千里长征历时更长、条件更残酷的阶下囚征程。一小撮阴谋家为了达到他们不可告人的目的，对这位高贵的囚徒进行了无休止的残酷迫害，他的妻子儿女也横遭株连。但是他和他的亲人从没有绝望过，他们在抗争，在期待……
     杨勇被隔离审查了，而且是一次彻底的隔离。林彪一伙为了隔断杨勇与外界的联系，常常在半夜里用遮得严严实实的汽车拉着杨勇在北京周围兜圈子，转上几个小时才又开到新地方，用这种办法把杨勇弄糊涂。可是，不管他们怎么转，只要一到一个新地方，杨勇就能凭着黑暗中远方地平线上的轮廓和地形地貌，准确地说出这是哪儿，驻防的是什么部队。那些“护送”他的人常常又惊又怒，逼问杨勇是怎么知道的。
     杨勇严肃地对他们说：“我的职责是保卫北京地区的安全，这些地方我都亲自来看过地形，布置过部队，有的地方还不止来过一次，作为一名军人，对于自己曾经勘察过的地方保持清楚的记忆，这是必须具有的基本素质能力，有什么可奇怪的呢？”说到这儿，杨勇又自嘲地说：“只有一点我确实没有料到，这些地方会成为你们关押我的看守所！”
     为了防备警卫战士与杨勇处久了，产生感情，丧失“阶级立场”，战士们总是隔不久调换一批。然而，军人的感情是朴素的、真诚的，战士对功勋卓著的将军的爱也是无私的，在高压政策面前，他们有的不畏强暴仗义执言；有的表面保持沉默而暗地里对将军采取同情保护的态度。一位看守杨勇的年轻战士，曾冒着受处分的危险为杨勇买来鸡蛋、挂面，并再三劝慰杨勇说：“司令员，你要保重身体，国家、军队都需要您！”一位在革命队伍中长大的部队干部，当着看守的面，对杨勇说：“司令员，您的身体怎样，要多保重呀！”像这样感人肺腑的事情在杨勇囚禁中是屡见不鲜的，正是这些普普通通的干部、战士关怀着他们的司令员。
     失去自由的杨勇也曾苦苦反思着自己的过去，究竟做了什么对不起党和人民的事情，以求找到被审查的原因。反思的结果，却是使他从怀疑自己变成了坚信自己，由不安变成了坦然，他感到问心无愧，同时又对自己的无端被拘和长期关押充满困惑。他并不担心自己的处境，他相信太阳终有出来的一天，他在囹圄之中抗争着，期待着……
     1969年4月1日，中国共产党第九次代表大会在北京召开，毛泽东在讲话中提到了杨勇：“……有些地方对干部就是揪住不放，有些人将来还是要工作的，群众理解了，就解放他们。北京的杨勇是怎么回事？……这些人总还是有功劳的吧……”
     4月28日，“九大”结束了。5月14日周恩来总理向党政机关人员口头传达了毛主席在会议上的几次讲话，其中就包括关于杨勇的内容。
    然而，身陷囹圄的杨勇是不会知道这些情况的。他惟一可以感受到的却是近来专案组对他的态度更蛮横了，逼供得更紧了。
     在以后找到的一本杨勇专案组的工作记录上关于这一阶段的专案工作有这样一段具体指示：“在毛主席没有做出新的指示之前，继续按敌我矛盾整，一定要尽快整出个结果来。”后来，一位专案组成员在揭发材料中写道：“……1969年7月以后，他们(指林彪一伙在北京军区的追随者)看到形势对自已越来越不利，进一步加紧了对杨勇同志的迫害，决心要在1969年底以前攻下来。在这种情况下，他们要我到‘杨组’加强力量……”
    造反派千方百计诱逼杨勇自杀。桌上摆着绳子和整瓶的安眠药。有人暗示说：“受不了，你可以死嘛”
     黎明前的黑暗期冀着曙光，但它又被最浓重的黑雾所蒙蔽，所以最显严酷。杨勇正是在这种黑暗中受着煎熬。清早，杨勇就被押着到田里劳动；晚上，专案组搞疲劳审查，整宿的轮番审讯，彻夜无眠。杨勇被关的地方四周全是稻田，蚊虫特别多。他们既不允许杨勇夜里关纱窗，也不允许挂蚊帐，还把一个200瓦的大灯泡放在杨勇的头顶上，一天24小时亮着，妄想用困倦、蚊咬、灯烤、饥饿、干渴、罚站等精神和肉体上的折磨配合他们疲劳审讯，来摧毁杨勇的意志。