同时，军队指挥系统叠床架屋，自统帅部至行营（或绥署、绥靖区）至军至师，至少有四五级之多，命令来回反复，大大削弱了部队战斗力。莱芜之战，第二绥区司令王耀武判断华野将围攻李仙洲部，遂于2月16日令李部后撤，但徐州绥署和南京统帅部则判断为“共军败退”，严令李部重回原地。使部队来回运动，疲于奔命。及至19日，华野出现在李部四周，王耀武不等上峰批准即命李部火速后撤。但是二天的动摇与延误，已经注定了李部的覆灭命运。所谓“旋进旋退，轻进轻退，举棋不定，措置乖方，涣散了军心，打乱了步骤，以致造成了不可收拾之局。”山东省政协文史资料委员会、莱芜市政协文史资料委员会合编《莱芜战役纪实》，中国文史出版社，1995，第287、162页。在情报方面，内战初期，国民党军进攻中原、苏北、延安、山东的情报均为中共事先所获，令其在军事上处于非常被动的地位，而且使统帅部的决策几无秘密可言。蒋介石亦承认：“共匪最大的长处，即在于他们情报工作的确实和灵活。
     他们不但可以多方面搜集我们的情报，刺探我们的消息，而且他们得到了关于我们的情报之后，立刻就能作适当的布置，实行欺骗诱惑，来打击我们国军。他们情报人员不仅布置在我们的周围，甚至打入我们的司令部里面，担任很重要的位置”。徐永昌称国民党军的行动为，“通信不能密，截电不能译，敌测国军如指掌，国军对敌在敷衍”。《一年来剿匪军事之经过与高级将领应注意之事项》（1947年10月6日），秦孝仪主编《先总统蒋公思想言论总集》卷22，第268页；《徐永昌日记》，1947年1月6日。最可笑的是，作为国民党军的统帅，蒋介石既不知彼也不知己。莱芜战役中，与中共有秘密联系的整四十六师师长韩练成接受华野指示，临阵主动脱离指挥，导致该部因群龙无首而一片混乱，率先被歼，并牵累李仙洲的全盘行动。
     事后，韩领中共之意，以突围而出的身份回到南京。蒋介石不明底里，居然大夸其“从莱芜带了一百余人，在敌人的后方横行五六百里，历时十余日，最后安抵青岛……如果共匪真的厉害，韩师长又何能以这样薄弱的兵力横行于这样广大的匪区？”《国军剿匪必胜的原因与剿匪战术的改进》（1947年4月15日），秦孝仪主编《先总统蒋公思想言论总集》卷22，第64页。直到1年后，韩练成在西北任职时，其与中共的关系才暴露，结果又因张治中的关系而安然脱离，潜赴香港，再转往中共根据地。不仅如此，由于国民党军与民众关系的疏离，使其战场情报工作也往往是一无所获。蒋介石一方面抱怨“国军在收复区内不能组织民众，训练民众，以收军民协力根本清匪的效果，是我们军事进展迟缓的一大原因”；另一方面又因担心民众泄密，居然要求“国军进入匪区，必须与当地民众隔离，以便封锁消息”。《国军剿匪必胜的原因与剿匪战术的改进》（1947年4月15日）、《仁和墟与孟良崮两次战役之讲评及其教训》（1947年6月6日），《先总统蒋公思想言论总集》卷22，第59、167页。可想而知，一支不能与民众交流的军队怎么可能在战争中得到民众的支持。
     国民党军在抗战胜利后的接收中，上下交索，捞取实利，贪图享受，缺乏再打一场艰苦战争的心理准备。如同其自身检讨时所称：“匪军之优点无他，在其各级干部均能不避危难，身先士卒，以贯彻其任，反视我军干部，下级者，专事其承迎上级之意，不知何谓自动自觉；上级者，则养尊处优，讲求享受，对于军事科学既不悉心研究，治军教战之天职，更早置诸脑后，一至大敌来临，则举止失措，顾此失彼，如此而司三军之命，此其所以致败也。”《剿匪战事之检讨》，第27页。国民党军的兵员补充仍多依靠强迫性征补，即所谓“抓伕”。