二是不懂关键时刻主帅应亲自临阵调度以策应战事。
     《资治通鉴·卷七十一·魏纪三》记载：“初，越太守马谡，才器过人，好论军计，诸葛亮深加器异。……及出军祁山，亮不用旧将魏延、吴懿等为先锋，而以谡督诸军在前，与张合战于街亭。谡违亮节度，举措烦扰，舍水上山，不下据城。张合绝其汲道，击，大破之，士卒离散。亮进无所据，乃拔西县千余家还汉中。收谡下狱，杀之。”毛泽东读此评点道：“初战亮宜自临阵。”认为街亭之战诸葛亮应大军挺进，临阵调度，不应分散兵力、委责于人。又在《魏纪四》就诸葛亮出师木门道杀张合事，作了眉批：失街亭后，每出，亮必在军。他认为，这是诸葛亮接受了教训，所以街亭之败，诸葛亮也是要负重要责任的。
     一个优秀的军事指挥者要随时把握敌我强弱形势的变化，选择有利的时机，利用有利的地理条件，克敌致胜。诸葛亮北伐之际，蜀汉的总体实力弱于曹魏。时因刘备去世，魏边关多年无犯，关中及陇右地区兵力空虚，守备废弛。这对于诸葛亮来说是一个天赐良机。诸葛亮本可以抓住这一有利时机率大军直取长安一举平定关中。但是，诸葛亮没有采纳大将魏延集中兵力攻取关中的建议，而是以赵云、邓芝为一部攻打箕谷，以马谡、王平为一部攻打街亭，自率大军驻足祁山，不能集中优势兵力战胜攻取，把本已相对强势的蜀汉兵力进行分散，变强势为弱势，致使马谡兵败街亭。张合围困马谡之时，诸葛亮当北进街亭，策应马谡，与张合展开决战，战胜张合。这就是毛泽东评点中所说的“亮宜自临阵”的关键所在。
     诸葛亮对于自己的失误后来也意识到了。毛泽东又在《资治通鉴·卷七十一·魏纪四》就诸葛亮出师木门道杀张合事，作了眉批：“自街亭败后，每出，亮必在军。”说明自街亭之败，诸葛亮已经吸取了教训。据《三国志》裴松之注记载，诸葛亮也曾说：“大军在祁山、箕谷，皆多于贼，而不能破贼为贼所破者，则此病不在兵少也，在一人耳。”两处战败，一人之责。一人者谁？亮自身也。诸葛亮初战失利的更深层的原因，还在于他在战略指导思想上的失误，过于强调战争手段，主动进攻，穷兵黩武，缺乏对社会政治经济文化等因素在平定天下中作用的认识。这一深层的原因不仅决定了诸葛亮初次北伐的失败，也决定了他整个北伐战争的失败。陈寿在《三国志》中评价说，诸葛亮“连年动众，未能成功，盖应变将略，非其所长欤！”
     明帝青龙二年（公元二三四年），诸葛亮率十万大军出斜谷（今陕西省眉县西南），筑防于渭水南原。明帝命司马懿抵御蜀军。诸葛亮大军远道而来，利在速战，司马懿坚守不出。诸葛亮多次挑战，诸将欲与亮战，司马懿皆不从，按兵不动，静待其衰。亮无奈派人送给司马懿“巾帼妇人之饰”，以激怒司马懿出兵应战。司马懿知亮计已穷，佯装大怒上表朝廷请求决战，朝廷不允，并派骨鲠之臣辛毗杖节监军，不许魏军出战。司马懿能忍常人所不能忍，假藉王命制御诸将是其智略的显现。司马懿更大的智略还在于不战，使亮自败。因此，毛泽东评点时说“司马懿敌孔明之智”。毛泽东还曾说，司马懿是个了不起的人物，我看有几手比曹操高明。纵观毛泽东的这两个评价：司马懿的军事智慧在曹操与诸葛亮之上。
    三是军事战略的失误。
     毛泽东在读苏洵《权书·项籍》中有关评说诸葛亮“弃荆州而就西蜀，吾知其无能为也”一条时，写下了精彩的批语：“其始误于《隆中对》，千里之遥而二分兵力，其终则关羽、刘备、诸葛三分兵力，安得不败。”历来史家大都对诸葛亮在《隆中对》中提出的战略思路赞誉有加，但毛泽东的评价却独树一帜，很有卓见。
     毛泽东之所以说诸葛亮“其始误于隆中对”，是因为诸葛亮在“隆中对”中提到了“待天下有变，则命一上将将荆州之兵以向宛、洛，将军身率益州之众以出秦川，百姓有不箪食壶浆以迎将军者乎？”乍一看，荆州、益州两路出击是一个颇有诱惑性的方案。但毛泽东却很清楚，荆州离益州千里之遥，两地分兵的做法必然让刘备军团更加失去兵力上的优势。“隆中对”实施的结果便是，关羽所镇守的荆州被孙权军团偷袭得手，而且关羽父子也命丧孙权手中。可以说，蜀汉衰亡的祸根在于“隆中对”。
     毛泽东所说“关羽、刘备、诸葛亮三分兵力。”指的是关羽之镇守荆州、刘备之进攻东吴、诸葛亮之北伐中原。这“三分兵力”依次展开，前两次分兵都失败得很惨，导致蜀汉元气大伤，而诸葛亮的北伐本钱也便所剩无几。所以，毛泽东叹道：三分兵力，安得不败。
    诸葛亮的这三大失误，使蜀汉蒙受了巨大的损失。所以，历来认为他是伟大军事家的错误舆论在历史事实面前不攻自破。
     在《三国演义》小说中，将诸葛亮演义成了赤壁之战的头号功臣。翻开《毛泽东选集》第一卷第204页的《中国革命战争的战略问题》，有这样一段话：“中国战史中合此原则而取胜的实例是非常之多的。楚汉成皋大战、新汉昆阳之战、袁曹官渡之战，吴魏赤壁之战、吴蜀彝陵之战、秦晋淝水之战等等有名的大战，都是双方强弱不同，弱者先让一步，后发制人，因而战胜的。”在这段话中，毛泽东把赤壁之战定义为“吴魏赤壁之战”，说明他并不认为诸葛亮对赤壁之战有多大贡献。1953年，毛泽东在《青年团的工作要照顾青年的特点》中说：“曹操带领大军下江南，攻打东吴。那时，周瑜是个‘青年团员’，当时东吴的统帅，程普等老将不服，后来说服了，还是由他当，结果打了胜仗”。这段话表明了毛泽东的立场，他认为赤壁之战的头号功臣是周瑜，而并非诸葛亮。