9月，东北民主联军进行整编，山东第七师和新四军第三师第七旅编为第六纵队。陈光任纵队司令员。对这一任命陈光有二喜。一喜是他渴望打仗，渴望回到野战部队。到六纵满足了他这一愿望。二喜是交给他指挥的部队他非常熟悉。第三师第七旅前身即是红军时期就是陈光任师长的红二师，抗战初期改编为一一五师六八五团，而山东第七师是由山东军区清河部队编成，其老底子有一部分是由肖华抗战初期带到冀鲁边的第三四三旅直属队和第六八五团二营。这些部队的师团干部大都是陈光的老部下，陈光深信，一定能同他们紧密团结打好仗。于是一心扑在部队建设和打仗上。
     为了策应南满斗争，南北呼应，使杜聿明首尾不能相顾，林彪准备趁松花江冰冻时期，南下作战。陈光率部隐蔽开到松花江北岸的陶赖昭一线集结待命，随后陈光亲自带领三个师的师长到松花江观察冰冻情况，并亲自带侦察连去江南农安县侦察地形。就在这时，林彪得到一个情报说，杜聿明即将进攻哈尔滨。林彪提出改变原计划、让部队撤回的设想，并就此征求陈光的意见。陈光判断，敌人正忙于南满的战事，不可能北上，乃命令继续侦察。林彪认为陈光不听招呼，便越过他直接发电报给六纵的各师，命令他们由陶赖昭后撤。电报中还有“不要等待纵队命令”的字样。于是，三个师都撤走了。在松花江南岸进行侦察的陈光却蒙在鼓里，被孤零零地甩在前线，有被敌人包围的危险。直到纵队司令部派骑兵通信员送给他通知后，他才明白是怎么回事。三天后，他才返回纵队司令部。陈光对林彪这一做法极为不满，为此大病一场，随即离开第六纵队，到哈尔滨养病。从此离开了他心爱的野战部队的指挥岗位。
    1947年8月，陈光被任命为松江军区任司令员兼哈尔滨卫戍司令员，负责在松江省维持后方治安和组建二线兵团。
     九爷府会议1948年6月，为围困和解放长春，东北军区组建第一前线指挥所，肖劲光任司令员，肖华任政委，陈光任副司令员，参与了围困和解放长春的指挥。
     当时，正处于大决战的前后。在战场驰骋，为党和人民捐躯当作自己最大愿望的陈光却被迫置身于战争的边缘，他内心的郁闷可想而知。
     1948年11月，陈光随东北野战军机关入关，1月底，进入北京。不久，毛泽东签署命令，任命陈光为第四野战军副参谋长。陈光又为之一喜，他终于可以直接为战争做一些事了。
     当陈光准备随军南下，在革命斗争中贡献自己力量的时候，3月27日至4月5日，第四野战军司令部在朝阳门内的九爷府召开了高级干部会议，传达七届二中全会精神。林彪在会上作了《论团结》的报告。他首先讲了团结是无产阶级战胜敌人的武器，随后结合七届二中全会决议的精神，讲了反对骄傲自满和加强集体领导的问题。在讲话中他却把陈光作为骄傲的典型而予以点名批评。陈光当时就坐在台下第一排。性情刚烈、暴躁的他听到林彪突然点名批评他，毫无思想准备，很快起身，匆匆离开会场。林彪这篇讲话的题目是《论团结》，但他这种点名的方式显然并非为了同陈光团结。