当刘玄更始政权危机四伏之际，另一支起自山东的农民起义大军——赤眉军又潮水般地向西涌来，并很快摧毁了更始政权。赤眉军本是山东的贫苦农民，他们于绿林军在新市起义的第二年(公元18年)在莒县起义。起义军以樊崇为首领，于公元22年在成昌(今山东东平东)大败前来镇压的新朝大军。不久，赤眉军转战河南，队伍日益壮大至几十万人。更始元年(公元23年)十月，当新朝被绿林军灭亡、更始政权初都洛阳时，樊崇曾率部投奔刘玄，归服更始政权，并被封侯授爵。但不久之后，赤眉便与绿林更始政权分裂，继续在河南一带与新朝残余势力作斗争。公元24年冬天，当长安的更始政权日趋腐败之际，赤眉军大举向西进军长安，欲与更始政权一争高下。

为了与更始朝廷正式分庭抗礼，赤眉军在更始三年(公元25年)六月另立汉皇族后裔刘盆子为帝，并改年号为“建世元年”，刘盆子即汉昌宗建世帝，史称建世帝，庙号汉昌宗，史称这一政权为赤眉汉。而在此前，又有平陵人方望等在长安寻访到被新始祖王莽所废的孺子刘婴，准备拥立他复位，但随即刘婴就被刘玄大将李松击杀。

更始三年(公元25年)，赤眉军攻入长安，刘玄出降，被封为长沙王。其后不久，刘玄即被赤眉军杀害。

东汉光武帝刘秀念刘玄亦是刘姓嫡孙，又兼为伯兄（族兄），思为同祖一源，甚为叹惋悯爱之，故令厚葬。随即，大将军邓禹遵刘秀圣意，将刘玄葬于霸陵（今陕西西安附近）。

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