接着，秦琼跟随张须陀平定其他义军，屡建战功，在与孙宣雅对决的海曲之战中，他身先士卒，第一个跃上城楼，打败了孙宣雅，被隋朝授予建节尉一职，这是史书上记载的秦琼的第一个官职。无奈天下形势已经不可收拾，义军散而复聚，越杀越多，注定了大隋忠臣张须陀不可避免的悲剧命运。大业十二年(公元616年)，张须陀与瓦岗军李密在大海寺(今河南荥阳东北)决战，隋军中了埋伏，被李密的义军团团围住，张须陀本来已经冲出了包围圈，眼见部下无法突围，于是返身去救，在千军万马之中四进四出，终于力竭战死，以身殉国。有人把张须陀称为镇压农民起义的刽子手，说他满手血腥，对照历史，他实在是个大好男人，其英勇壮烈、忠贞不屈让人潸然泪下、深受感动。史料上记载，张须陀死后，手下号泣数日，悲不自胜，这中间，不知有没有被张须陀带上历史舞台的秦琼，战后，秦琼率领残兵投靠了隋将裴仁基，听从裴仁基的指挥与调遣。

大业十三年(公元617年)四月，裴仁基与瓦岗军作战不利，索性投降了瓦岗军，这样，秦琼就成了瓦岗军李密手下的将领。李密家世高贵，世代都是显宦，却不是人们想象当中眼高手低的贵公子，唐人的史料中记载，他曾与翟让比试箭法，以此来决定谁当瓦岗军的大当家。比试的办法是，在箭靶上写一个王字，王字中间一横和一竖的交叉点就是靶心，谁射中了靶心就是赢家，王伯当特意将笔画写得很细，增加比试的难度。李密不慌不忙地拿起弓箭，立马射中了靶心，坐上了瓦岗军大当家的位置。李密对秦琼和程知节十分看重，他挑选了八千名最勇猛的士兵组成“内军”，分为左右两军，由秦琼和程知节分别统领，主要任务是充当李密的亲卫队，李密曾夸下海口，“我这八千人可当百万大军”，在李密的眼中，秦琼是最勇敢、武艺最高超的将军。

秦琼半身画像唐高祖武德元年(公元618年)七月，瓦岗军与宇文化及的军队在黎阳(今河南浚县东北)展开决战，双方在童山(今河南浚县西南)脚下杀得天昏地暗，由早及晚，不分胜负。李密被流箭射中，从马上摔下来，昏死过去，瓦岗军众人都以为李密已经战死，士气崩溃，宇文化及的大军又趁势追杀，眼见瓦岗军就要一败涂地，秦琼临危不乱，在千军万马中将李密抢救出来，随后，又集合散兵败将，向宇文化及发动反扑，终于将宇文化及击败，但是，瓦岗军也已遭受重创，实际上是两败俱伤。这时，另一个割据势力王世充想坐收渔人之利，率领两万精锐对瓦岗军发起攻击，李密却棋走昏招，坚持与对手硬碰硬，在河南邙山与王世充的军队正面决战。王世充的军队面临断粮的境地，正是置之死地而后生，个个在战场上如同下山猛虎，结果是，瓦岗军烟消云散，大当家李密撇下部下，独自投奔了大唐，秦琼、程知节万般无奈之下，归顺了王世充这个奸雄。

秦琼得到了高官厚禄，得封龙骧大将军，却很快就鄙薄王世充的为人。程知节对秦琼言道，“王世充对人没有器量，又爱诅咒发誓，活象个巫婆神汉，他奸诈狡猾，决不可能是天下归心的明主，我们跟着他没有出路”，秦琼深表赞同，决定离开王世充，另投明主。

此时，李渊父子威名远振，出师以来势如破竹，秦琼、程知节心中倾慕，决定到大唐去建功立业。公元619年二月，王世充军与唐军在河南九曲作战，秦琼和程知节假装向唐军冲击，一行几十骑跑出一百多步，一齐下马向王世充拜别，“我们得到了你的特殊礼遇，也想报答你，但你疑心太重，不能容人，我们不想与你为伍，就此告别，后会有期”，王世充的鼻子几乎气歪，却无可奈何，眼睁睁看着众人投奔了唐营而不敢追击。

秦琼和程知节归唐之后，被唐高祖李渊指派到秦王李世民帐下，这时，秦琼大概才二十出头的年纪，与年轻英武的秦王一见如故，很快受到了秦王的重用。秦琼被授予马军总管，程知节被授予秦王府左三统军，李世民亲自挑选千余精锐骑兵，穿皂衣黑甲，由秦琼、程知节等人统领，组成玄甲队，每战必为先锋，开始了扫平割据势力的征战历程。

公元619年(唐武德二年)三月，北方最大的割据势力刘武周举兵攻唐，并州都督李元吉指挥不当，致使太原失守，李元吉逃到了长安，柏壁(今山西新绛西南)之战由此拉开了序幕。刘武周大将宋金刚乘胜前进，一路凯歌，大唐的河东领土几乎全部失陷，李世民眼见情势危急，挺身而出，担当了收复河东的重任。

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