在王振（因土土木堡之变）倒台后又有两个太监的权力达到登峰造极的地步，他们是武宗朱厚照时期的刘瑾，熹宗朱由校时期的魏忠贤（被明朝官员称为九千岁，皇帝为万岁）。这些宦官擅权纳贿，结党营私，残害异己，败坏朝纲；广置田庄，横征暴敛，滥施酷刑，欺压百姓，危害甚众。（称为阉党）这是造成统治阶级内部矛盾激化的又一个重要原因，而这个原因直接引起了明朝中后期的党争。

明朝末年的党争始于明神宗万历中期，终于南明朝灭亡，一直延续了半个多世纪，这半个多世纪的党争大致可分为三个阶段，第一阶段是明神宗万历中期至明熹宗天启初年，这一阶段是党争的起始时期，主要是代表中小地主机商人阶级的东林党与代表大官僚大地主的齐、楚、浙等党之争。因为这些党派斗争与宦官专权产生矛盾，所以引发了一些列宫廷事件。

首先是“争国本”这件事;明神宗皇后无子，恭妃生长子朱常洛(明熹宗),郑贵妃生三子朱常洵。因神宗宠爱郑贵妃，便欲立朱常洵为太子，但怕遭到朝臣的反对，所以迟迟未立太子。群臣深以为忧，先后柬言者蜂起，他们以维护祖制为名要求立朱常洛为太子。而言者皆得罪，被降调着无数。群臣力争十五年终迫使神宗勉强同意立朱常洛为太子。此后宫廷有发生了挺击、红丸、移宫三案，这三大案全都围绕着争国本一事而来。

万历四十三年（即1615年）蓟县一名张差之人持木棍闯入太子居住的慈庆宫，打伤受门内侍，被擒住，经过审问其供认是受郑贵妃宫中太监庞保、刘成指使。神宗包庇郑贵妃将张差定位疯癫，处死，并秘密处决庞保、刘成。事后万历帝找各种借口将主张追查的大臣加以贬斥。史称“挺击案”

万历四十八年（1620)神宗病逝，太子朱常洛即位，是为光宗。不久光宗患痢疾，郑贵妃亲信、御药房太监崔文生进泻药，光宗病情恶化。鸿胪寺丞李可灼进‘仙丹’红药丸两粒，光宗服后去世。东林党人弹劾崔文生、李可灼。崔、李二人被罢官流放，魏忠贤专权后为此二人翻案。史称‘红丸案’。

光宗朱常洛病重时，长子朱由校十六岁，生母王才人早逝，命李选侍居乾清宫照料长子。光宗死后，郑贵妃与李选侍欲控制皇长子以把持朝政，被东林党人发觉，被迫迁出乾清宫。这就是历史上的‘移宫案’。

明朝党争的第二阶段大致是熹宗天启中后期，这也是党争最激烈的阶段，主要是东林党与阉党之争。明熹宗天启皇帝登基后，其乳母客氏于秉笔太监魏忠贤勾结霍乱朝政。之前与东邻党争斗的诸党及非东林党成员均投靠魏忠贤，形成阉党，天启后期阉党在与东林党的争斗中逐渐取得优势，东林党遭到了残酷的打压。

明朝党争的第三个阶段是在明崇祯时期，这也是明朝党争的最后阶段，主要也是东林党与阉党之间的争斗。熹宗死后信王朱由检(崇祯)即位。崇祯帝即位初期利用东林党与阉党间的矛盾对其予以打击。但是他没能吸取前几人皇帝的经验，继续崇信宦官，也使得明政权进一步走向灭亡的深渊。

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