过了几日，李斯邀同将军冯劫和右丞相冯去疾联名上奏二世，建议暂停阿房宫的工程，减少边区戍守和转输，以缓解民愤。二世对李斯本就有怒气，这下一触即发。他咆哮道：“这些都是先帝开创的功业，必须继续从事!如今我才即位两年，就蜂盗并起，完全是因为你们镇压不力所致，却想罢先帝之所为。你们身为两朝重臣，上无以报先帝，次不为朕尽忠，还有何资格占着丞相、将军的位子”，说完，便下令将他们交付司法官审办。冯去疾、冯劫非常痛心，为了不受羞辱，不久便在狱中含恨自杀。

胡亥派赵高审讯李斯父子谋反的案件，赵高天天严刑逼供，直打得李斯皮开肉绽，体无完肤;李斯实在受不住，只得招了假供。李斯之所以不自杀，是因为自思有雄辩之才，又是秦王朝的有功之臣;而且，自己也的确没有谋反，说不定通过上书二世就会赦免他。可是李斯却不知道，进谏之路已完全为赵高一党把持，申诉书全落入了赵高手中。赵高将书撕个粉碎：“囚犯还有资格上书!”

为了堵住李斯的嘴，他派自己的亲信扮成御史(监察官)、谒者(官名，为国君掌管传达)、侍中(官名，秦时设五人，往来殿内、东厢奏事)，轮番提审。若李斯以实情相对，则施行拷打，直到李斯坚持假供不再改口为止。后来二世真的派人来审讯他，李斯以为还是和以前一样，就仍以假口供对之。胡亥看到口供后，以为李斯真想谋反，对赵高感恩戴德：“如果不是爱卿，朕几乎被丞相出卖了!”等到调查“李由通盗”的使者到三川时，李由已为项梁带领的起义军所杀。赵高见死无对证，便又欺骗二世说已将其就地正法。

经过一系列策划，李斯的罪名终于被赵高罗织而成，再也无法改变了。终于在秦二世二年(公元前208年)七月的一天，李斯被腰斩于咸阳闹市，并诛其三族。

纵观中华五千年历史，被诛三族的历史人物并不少见，但是被诛三族且官拜宰相的就只有秦朝李斯一人，因此李斯便名副其实地成为了中国历史上唯一被株三族的宰相。

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