格瓦拉在1959年最初的几个月的大屠杀有的与复仇和正义都没有关系，而是理性而冷血的行为。这似乎是他对保护革命成果的一种认识——为了防范复辟。他看到过危地马拉总统阿本斯被推翻，他认为阿本斯的错误在于没有及时处死他潜在的敌人。

在巴蒂斯塔政权垮台后，卡斯特罗让格瓦拉掌管卡瓦尼亚堡监狱。格瓦拉命令他的手下给所有的人定罪，“要用革命的手段毫不留情地铲除敌人。”

Fontova还得到了当时卡瓦尼亚堡监狱牧师沙勿略的证词。沙勿略作为当时安抚这些死囚的牧师，这样描述当时的状况：“那里大概有800个死囚，他们挤在只能容下300个人的房间里。这些人是前巴蒂斯塔政府的宪兵和警察，也有的人是记者，以及少部分的商人……切·格瓦拉负责上诉法庭的工作，但是，他从来都是维持原判——死刑。”“我在5月就离开了，就我看到的而言，他们处死了55个人……我们称他为屠夫，因为他喜欢杀人……”

1959年年初，一位名叫斯台芬的罗马尼亚记者有幸拜见格瓦拉，会见的地点即在卡瓦尼亚堡监狱的格瓦拉办公室里。斯台芬准时到达，正好听见格瓦拉向他的执刑队下达命令“Fuego”，一个人抽搐着倒下。这位受到刺激的记者立刻离开，并为此写下一首诗歌 ，题目是：《我不再歌唱切》。据记载，在这次屠杀中，共有600多人丧生。

两个研究格瓦拉文稿的研究员发现了一份前革命军指挥官吉米·科斯塔的证词。他说很多死刑的命令都是格瓦拉的意思。格瓦拉一直坚持“如果有疑点，干掉他”。甚至在胜利前夕，格瓦拉还命令他的纵队在古巴中部处死了24个嫌疑人。

1959年9月，格瓦拉便不再在卡瓦尼亚堡监狱任职，但他所建立的审判系统却一直在有效地运行。1961年4月17日，一位名叫阿米莉娅的女青年被当作反革命者处死。圣诞前夜，一名身怀六甲的妇女被处死。据记录共有219名妇女经过审判被处死，其余被处死的妇女则未经审判。在这些被处死的人中还有两名修女。

格瓦拉是检察院的首脑，但很多死刑却未经审判。一名叫帕德罗的古巴军队上尉被法庭裁决为无罪，最终还是在格瓦拉的要求下被执行死刑。格瓦拉的一个亲信，检察官费纳多这样解释这一行为，他说：“我们把死刑作为社会预防的一种手段。”

《探寻真实的格瓦拉》引用的资料认为，1961年，杀戳也不仅仅限于卡瓦尼亚堡监狱以及数十个与之相似的官方死刑场。军队、警察在街头搜索着他们的目标。在6400万古巴人中，有30万人被投入监狱。不过，书中未注明上述数据的来源。

1962年，格瓦拉发表名为“一个年轻社会主义者应该是怎样的”的演讲，他说：“一个年轻人一生中最快乐的日子就是当他把子弹射向敌人的时候……”

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