由于儒者的各种切身利益与独占学官博士之位密切相关，因而在古文博士的设立问题上，今文博士坚拒不让。加之刘歆为争立古文经时，曾谓博士所掌今文经书残缺不全，此尤为博士所不能容忍，于是导致今古两派的剧烈争议。在朝廷方面，只想利用经学在政治上及学术上有利于自己的影响，却不想自身卷入今古两派儒者之争。朝廷虽表面未立古文博士，实际却依违其间，变相予古文经学以奖掖支持，意在对古文派施以笼络抚慰之策。如东汉朝廷曾数次下诏举荐通古文经学者，《后汉书·儒林传》载章帝时诏高才生受《古文尚书》、《毛诗》、《谷梁》、《左氏春秋》，“皆擢高弟为讲郎”；《安帝纪》延光二年，“诏选三署郎及吏人能通《古文尚书》、《毛诗》、《谷梁春秋》各一人”；《灵帝纪》光和三年，“诏公卿举能通《尚书》、《毛诗》、《左氏》、《谷梁》春秋各一人，悉除议郎。”⑧按此实相当于以朝廷之力支持奖掖古文经学的讲习传授。而使通古文经者“为讲郎”、“除议郎”之举，已与立学官博士相差无几。其次，东汉中叶以后所选博士多兼习古文者，甚而有以古文名家者。此实乃朝廷优容古文经的一种手段。据《后汉书·儒林传》，周防、杨伦皆习《古文尚书》，后俱拜博士；李育“颇涉猎古学，尝读《左氏传》……后拜博士。”《后汉纪·灵帝纪》中平五年诏曰：“处士荀爽、陈纪、郑玄、韩融、李楷，耽道乐古，志行高洁，清贫隐约，为众所归。其以爽等各补博士。”⑨按此次征为博士共十四人，多兼习古文者，甚或乃以古文名家。其中荀爽传古文《费氏易》，为之作传，又通《左氏》⑩。郑玄虽学综今古，但乃以古文名家。陈纪通《齐诗》、《左氏》（11）。韩融，据《后代书》本传：“少能辩理而不为章句，”东汉古文家如桓谭、班固、王充、卢植等俱不为章句学，通训诂大义而已，故韩融颇有古文家风。李楷，无考。或以为乃襄楷，《后汉书·襄楷传》：“好学博古……中平中与荀爽、郑玄俱以博士征。”或以为张楷，《后汉书·张楷传》：“通《严氏春秋》、《古文尚书》。”综之，中平五年征为博士之十四人，多兼习古文者，若郑玄则以古文名家。此外如卢植，与郑玄俱事马融，为古文家，于灵帝时上书议立《毛诗》、《左氏》、《周礼》诸古文经于学官，亦被征为博士。《元和姓慕》五引《陈留耆旧传》曰：“王孙骨治《三礼》为博士。”（12）按王孙骨治《三礼》，与郑玄、卢植通《三礼》学出一辙，亦当以古文名家。由于东汉所征博士有以古文名家者，故《古今姓氏书辩证》误以古文家许慎为后汉博士，实亦情有可原。总之，综观东汉中叶以后的博士人选，不难看出朝廷对古文经学的优容态度。
    从经学本身的发展看，自刘歆争立古文经之后，古文经学日益发展并起而与今文经学争教席，在东汉时代表现为屡因争立古文经而在今古两派间发生剧烈争议。今文经学面对古文经学的挑战，为确保自己独占的官学地位，被迫去研究古文经学。今文博士研究古文经学，目的是从中发现攻驳和否定古文经学的学术根据。东汉一代今古文之间的辩难争议，大约有三次，而且从中可见今文博士对古文经学的研究日渐深入。第一次在光武帝时。尚书令韩歆上琉请立《费氏易》与《左氏春秋》博士，光武帝诏下其议。反对者以博士范升为主，与韩歆等相互辩难，并奏上《左氏》之失凡十四事及《左氏春秋》不可录三十一事。第二次对古文经学的驳难以博士李育为代表。李育“以为前世陈元、范升之徒，更相排折而多引图谶，不据理体。于是作《难左氏议》四十一事……诏与诸儒论五经于白虎观，育以《公羊》义难贾逵，往返皆有理证，最为通儒。”（13）第三次以何休为代表。何休“与其师博士羊弼，追述李育意以难二传，作《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁废疾》。”（14）从这三次争议的情况看，双方辩难水平不断提高，这显然反映出今文博士对古文经学的研究在日益深入。此外，仅由此对东汉今古之争的简短介绍中，已可见到《左传》是两派争辩的焦点。因为刘歆争立古文经时，今文家已指出《左传》“不传《春秋》”。为此，古文家对《左传》有所改造。其中较重要的是刘歆与贾逵二人。刘歆为使《左传》与《春秋》相符，在《左传》的解经体例上颇下功夫。《汉书·刘歆传》曰：“初，《左氏传》多古字古言，学者传训诂而已。及歆治《左氏》，引传文以解经，转相发明，由是章句义理备焉。”贾逵为迎合朝廷崇尚谶纬之习，力言《左传》与图谶合，并牵引谶纬为之作传诂。由今古两家围绕《左传》所作的辩难，无疑可以得出这样的结论，即它既可以促使古文经学更趋完善，而且又可以扩大古文经学在各方面的影响。例如，由于围绕《左传》的辩难之多，一方面使《左传》成为东汉魏晋时代的显学，另一方面也产生关于《左传》立学的讹闻。如《左传》于东汉仅在光武时一度立学，旋即罢废，再不曾立学。但《经典释文》及《左传正义》并谓东汉和帝时曾为《左传》立学。此实不可信据（15）。但此事却从负面上反映了《左传》的影响在扩大。上举东汉时今文家对古文的攻驳，其中博士范升及李育皆在朝廷大议上驳难古文经学，今文家何休则是“世儒无及者”的大儒，所以，他们对古文经学的攻驳影响相当大。但古文经学的发展并未因此受到阻抑，反而在东汉一代日益隆盛。这样，今文博士为攻驳古文经学而作的研究，其结果适导致古文经学对今文经学的渗透。如何休为攻驳《左传》、《谷梁传》，特作《左氏膏盲》与《谷梁废疾》，而当他撰作《公羊传解诂》这一今文经学的权威之作时，竟对《左传》及《谷梁传》之义有所采取（16）。所以，后来今古文合流通过郑玄兼采今古遍注群经的形式实现，作为其原因之一，应与今文博士为攻驳古文而研究古文的作法有关。
    东汉所立十四博士，一仍西汉成例，皆为今文博士，故古文经学不得列为太学讲授的正式科目。但由于东汉朝廷选博士时对古文经学表现出的优容，以及今文博士为应付古文经学的挑战而被迫研究古文经学的作法，使古文经学得以借博士为媒介，在太学中流传。汉代经学最终导致今古文合流的结局，此乃又一重要原因。据《后汉书·儒林传》所载，孙期“少为诸生，习《京氏易》、《古文尚书》，”张驯“少游太学，能诵《春秋左氏传》，”尹敏“少为诸生，初习《欧阳尚书》，后受古文，兼善《毛诗》、《谷梁》、《左氏春秋》，”杨伦“少为诸生，师事司徒丁鸿，习《古文尚书》，”服虔“少以清苦建志，入太学受业……作《春秋左氏传解》，”以上诸例，皆乃曾受业太学而又兼习古文者。最值得注意者乃贾逵。其父贾徽，乃纯习古文经学者。贾逵悉传父业，古文造诣极深，但据说他“自为儿童，常在太学，不通人间事”（17），是贾逵自幼长于太学，却不影响其成为古文大家。所以，古文经学虽未正式立于学官，但由于博士多兼习古文，加之弟子成员身分复杂，就不能排除太学中传习古文经的可能。很可能是太学中师与弟子间或弟子相互间，以私相授受讲学的方式传习古文经。上举诸例，可从事实上予此以佐证。其后果之一，使古文经学几乎获得在太学中与今文经学并立同授的地位。如荀悦主张今古文兼存并立，其在《申鉴》中有“备博士，广太学”之说，此实反映了久已同今文一样被讲习传授于太学的古文经，要求正式立于学官博士的愿望。
    总之，导致汉代今古文经学合流的原因是多方面的，但上面的论述应说明，其重要原因之一，实与博士一职密切相关。因为博士作为朝廷所立学官，成为经学发展中各方面利益和矛盾的交点。首先，如前所论，尽管两汉经学发展中存在着今古文对立的问题，但从西汉、新莽直至东汉，却始终存在着博士兼习今古文的现象，这应该是导致今古文经学合流的最重要因素。其次，如果说西汉今文经学的兴盛，以武帝所立五经博士为契机，那么，古文经学的发展则以王莽时得立博士为关键。东汉时古文经学虽基本未得再立于学官，但其发展却始终得到朝廷方面相当的支持，而且这种支持也通过博士一职有所体现。所以，东汉时古文经学表面上作为民间学派，但却经常在朝廷上与今文经学争议辩难，并借此巩固和扩大了其在学术上的地位和影响。今古文两派间的对立关系，最终导致二者间的渗透，尤其是古文经学向今文经学的渗透。由于二者间的对立和渗透过程，主要是围绕着博士一职进行的，所以今古文经学的最终合流，无疑是与博士的职任性质密切相关的。