《中国古代思想学说史》的基本特点是，注重思想史与社会史的密切联系。作者依据中国古代（即奴隶制）社会的历史发展，将古代（先秦）思想史划分为三个不同阶段，即（1 ）以诗书礼乐为代表的西周官学；（2）从春秋末期以邹鲁缙绅为代表的《诗》《书》传授之学， 演变为春秋战国之际的孔墨显学；（3）战国时代的诸子百家并鸣之学。 此书出版后受到郭沫若等人的称许。
    侯外庐本拟继续往下研究秦汉思想史，以及中古（魏晋南北朝）玄学，宋明理学，以迄近世思想。但在后来有了变化，改为研究近世思想史。作出这种转变的主观原因是，作者自己感到研究秦汉社会史是个大难题，如果搞不清秦汉社会的性质，也就很难究明秦汉思想的特质；就客观原因而言，当时周恩来建议他先研究近代史。侯外庐接受了周的建议，在1943-1944年间，撰成近80万言的《中国近世思想学说史》（上、下卷），还单独出版了《船山学案》。《船山学案》问世后，也很受学术界的重视，胡绳曾著文评论，认为著者对王船山唯物主义哲学的论断是确切的。当然也有学者，如熊十力就不赞成这个说法，他和侯外庐以书信往还，彼此辩难。
    侯外庐自30年代涉足史学，经过一段较长时间的学术积累，至40年代初便开始大踏步前进，无论在中国古代社会史和中国思想史研究方面都开拓了新领域，取得了突破性的成就。
    中期（40年代后期至50年代初期）以撰著《中国思想通史》为中心，可称之为发展期或成熟期。
    侯外庐自撰成《中国古代思想学说史》后，便萌发清理全部中国思想遗产的愿望。当《中国近世思想学说史》问世之后，他此种愿望更加增强起来了。1946年春，新知书店准备出版“新中国大学丛书”，向他约稿。他与杜国庠、赵纪彬、陈家康商定，合作撰著一部多卷本《中国思想通史》。不久后，侯外庐从重庆到南京，卸去《中苏文化》主编，复从南京抵上海。在上海，他和杜国庠、赵纪彬很快完成了该书第一卷的撰著，次年由新知书店出版。从该书第二、三卷起，邱汉生开始参与撰著工作。1947年，为躲避国民党政府的迫害，侯外庐、杜国庠移居香港，赵纪彬走青岛，邱汉生留在上海。他们在上海完成了第二卷的写作后，分别在各地完成了第三卷的写作，稿件集中上海，由邱汉生保管，至建国初期得以继续出版。
    50年代后期，侯外庐又主持了《中国思想通史》第四卷的撰著工作。除上述四位作者外，又有白寿彝、杨荣国、杨向奎、诸青（即杨超、李学勤、张岂之、林英、何兆武）参加。该书分上下册，约90万言，篇幅浩繁，为诸卷之最。第五卷即侯外庐原来所著的《中国早期启蒙思想史》。自1946年撰著《中国思想通史》第一卷，至1961年侯外庐为五卷六册本《中国思想通史》作序，历时15年，至此这部长达260 余万言的巨著得以问世。该书博大、严谨、完整，自成体系，充分显示出侯外庐学派的治学特色和风格。此书是国内外学术界所公认的史学名著，也是中国马克思主义新史学发展的一个标志，丰富了中国史学的宝库。
    在《中国思想通史》一书中，作者强化了社会史与思想史的联系，将两者作统一的叙述，而不是如《中国古代社会史论》和《中国古代思想学说史》那样将社会史与思想史分别叙述。
    该书第一卷吸收了《中国古代社会史论》一书中的重要成果，探讨了关于中国文明起源和古代社会的特殊路径，申述了以下几个主要论点：
    --关于亚细亚生产方式。侯外庐认为，马克思所谓“亚细亚的古代”与“古典的古代”（古希腊）是并列关系，不是先后次序；“亚细亚的古代”系指东方奴隶制社会而言，适应于中国古代社会。
    --关于氏族制度的残存和家、室的意义。侯外庐认为，中国进入文明社会的方式不同于古代希腊社会。古代希腊破坏了“旧的公社土地所有权”，中国则保留了原有的氏族公社，旧的公社土地所有权转移给了氏族贵族。家、室的奴隶成为特殊的劳动者，家、室本身则成为奴隶主财产的计算单位。
    --关于“城市国家”的起源和发展。侯外庐认为，中国古代的城市国家与“古典的古代”是有显著不同的，它被蒙在一层厚厚的“封建”外衣里面。如文王作邑于丰，是其建国的伊始，丰邑也就是初期的城市国家。因有城市国家，也就有了国野之分；至于后来东营洛邑，向东方殖民，这是周代国家的发展，具有划时代的意义。
    --关于古代先王问题。侯外庐认为，殷、周对于称王、尊王显然不同，殷代的帝王宗教观是一元的，周代却是二元的，在先王之外另创一个上帝，再由上帝授命于先王，使先王“克配上帝”，这是周代思想的秘密，也是古代希腊所没有的。到了春秋时代，出现了宗教先王向理想先王的转变。孔子是把先王加上理想上不可及的人性，墨子则把先王看成平常人的代表。孔门后学将先王更加神秘化，而墨家后学则把先王放弃了。
    第二、三、四卷，在社会史方面，着重研究了中国封建制社会的历史分期和封建土地国有制、封建社会的品级构成以及封建社会晚期的资本主义萌芽诸问题，令人瞩目。
    --关于历史分期，以法典化作为历时分期的标志。战国中期至秦统一六国之前，属于奴隶制社会向封建制社会的过渡时期；秦汉之际则是中国封建制社会的确立时期。关于封建社会内部的历史分期，亦是以若干立法为其依据，如以唐代的“两税法”作为封建制社会前期向后期转变的标志，以明代“一条鞭”法作为封建社会进入晚期的标志。